Общая бактериальная масса норма у мужчин: Развернутая диагностика ЗППП для мужчин (Андрофлор), ДНК количественно [реал-тайм ПЦР]

Содержание

Бактериальные инфекции

Пакет «Андрофлор» — это 24 показателя, необходимых для диагностики состояния урогенитального тракта.  Проводится количественное исследование микрофлоры урогенитального тракта у мужчин методом ПЦР в режиме реального времени.
Профили исследований:  Андрофлор и Андрофлор Скрин выявляют ДНК безусловно-патогенных (ИППП) и широкий спектр условно-патогенных микроорганизмов с целью диагностики причин  воспалительных заболеваний урогенитального тракта мужчин.
Исследование позволяет выявить причину острого и хронического воспалительного процесса,  даже в случае отсутствия характерных признаков заболевания и жалоб.
Учёт и интерпретация результатов реакции осуществляется автоматически с помощью программного обеспечения.
При наличии в исследуемом образце ДНК условно-патогенных микроорганизмов, указывается количество микроорганизма.

Показатели, определяемые Набором реагентов для исследования микрофлоры

урогенитального тракта мужчин методом «Андрофлор®»

Показатель

Андрофлор

Андрофлор Скрин

Геномная ДНК человека (ГДЧ)

+

+

Общая бактериальная масса (ОБМ)

+

+

Lactobacillus spp.

+

+

Staphylococcus spp.

+

+

Streptococcus spp.

+

+

Corynebacterium spp.

+

+

Gardnerella vaginalis

+

+

Atopobium cluster

+

Megasphaera spp./Veilonella spp./Dialister spp.

+

Sneathia spp./Leptotrihia spp. /Fusobacterium spp.

+

Ureaplasma urealyticum

+

+

Ureaplasma parvum

+

+

Mycoplasma hominis

+

+

Bacteroides spp./Porphyromonas spp./Prevotella spp.

+

Anaerococcus spp.

+

Peptostreptococcus spp./Parvimonas spp.

+

Pseudomonas aeruginosa/Ralstonia spp./Burkholderia spp.

+

Eubacterium spp.

+

Heamophilus spp.

+

Enterobacteriaceae/Enterococcus spp.

+

+

Candida spp.

+

+

Mycoplasma genitalium

+

+

Trichomonas vaginalis

+

+

Neisseria gonorrhoeae

+

+

Chlamydia trachomatis

+

+

Болезни мочеполовой системы являются ведущей причиной нарушения репродуктивной функции у мужчин, наиболее частой причиной которых, являются инфекционно-воспалительный процесс, длительность и интенсивность которого определяет степень нарушений репродуктивной функции.

Часто этиологическими факторами развития инфекционно-воспалительного процесса являются облигатные патогенны и вирусы (Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Trichomonas vaginalis, Mycoplasma genitalium, Herpes Simplex Virus типов 1 и 2), однако в последнее годы отмечается существенное увеличение роли условно-патогенных микроорганизмов (

Ureaplasma urealyticum, Ureaplasma parvum, Haemophilus, Candida и широкий спектр других микроорганизмов).

Микроорганизмы – возбудители заболеваний мочеполовой системы у мужчин (по данным литературы)

Заболевание

Возможные возбудители

Баланит,

баланопостит

 

Neisseria gonorrhoeae

Chlamydia trachomatis

Mycoplasma genitalium

Trichomonas vaginalis

Bacteroides/Prevotella

Аnaerococcus

Peptostreptococcus

Clostridium

Gardnerella vaginalis

Candida

Staphylococcus

Streptococcus

Уретрит

Neisseria gonorrhoeae

Chlamydia trachomatis

Mycoplasma genitalium

Trichomonas vaginalis

Ureaplasma urealyticum

Ureaplasma parvum

Haemophilus

Candida spp.

Leptotrichia/Sneathia

Megasphaera, Clostridium BVAB-2, BVAB-3

Staphylococcus

Streptococcus

Corynebacterium

 

Простатит

Chlamydia trachomatis

Ureaplasma urealyticum

Mycoplasma hominis

E.сoli

Enterococcus faecalis

Pseudomonas aeruginosa

Bacteroides/Prevotella/ Porphyromonas

Burkholderia pseudomallei

Staphylococcus

Streptococcus

Corynebacterium

Орхит, эпидидимит

Neisseria gonorrhoeae

Chlamydia trachomatis

Enterobacteriaceae

Pseudomonas aeruginosa

Материал для исследований

Для исключения искажений результатов определения состава микрофлоры урогенитального тракта мужчин из-за возможного присутствия в урогенитальном тракте транзиторной микрофлоры в течение трех дней перед взятием биоматериала рекомендуется половое воздержание или защищенный половой контакт.

Для диагностики заболеваний нижних отделов урогенитального тракта:    уретрита, баланопостита, мониторинга терапии данных заболеваний рекомендованными видами биологического материала являются:

  • соскоб из уретры,
  • соскоб с крайней плоти головки полового члена (ГПЧ),

первая порция утренней мочи или первая порция мочи, полученной через 2 и более часов после предшествующего мочеиспускания, используется в исключительных случаях только для идентификации патогенов, без количественной оценки.

Для диагностики заболеваний верхних отделов урогенитального тракта: простатита, мужского бесплодия, мониторинга терапии данных заболеваний рекомендованными видами биологического материала являются:

  • секрет (сок) простаты,
  • остаточная моча после массажа простаты,
  • эякулят,
  • биопсийный материал из ткани простаты.

Информативность биоматериала для исследования микробиоты урогенитального тракта мужчин методом ПЦР РВ (пилотное исследование)

В последнее десятилетие особое внимание исследователей, а также практических врачей уделено бессимптомным инфекционно-воспалительным процессам урогенитального тракта мужчин, ассоциированным с условно-патогенными микроорганизмами (УПМ), встречающимися при бесплодии [1].

Выявление УПМ с помощью традиционных диагностических инструментов (микроскопическое, культуральное исследование) затруднено в силу объективных ограничений методов. По данным Европейской ассоциации урологов (EAU, 2019) с помощью рутинных методов диагностики УПМ удается выявить только в 5-10% случаев и, соответственно, только в 5-10% случаев имеется рациональная основа для проведения антибактериальной терапии [2]. В остальных случаях лечение проводится эмпирически с использованием многочисленных лекарственных препаратов длительными курсами и, с многочисленными побочными эффектами, хронизацией воспалительного процесса и возникновением осложнений. Хронические воспалительные процессы, в том числе в передней уретре, являются основной причиной таких осложнений как простатит, эпидидимит и орхит [3,4]. По данным Национального института здоровья (National Institutes of Health, США, 1999) у мужчин, страдающих урологическими заболеваниями, простатит выявляют у каждого четвертого пациента [5]. В 1995 году ими была предложена классификация простатита, которая является актуальной и на сегодняшний день, при этом простатит категории IV (асимптоматический простатит) встречается в 6-10% случаев [4,5].

Особого внимания заслуживает вопрос диагностики и лечения асимптоматического простатита. Развитие симптомов заболевания может быть обусловлено не только изменением качественно-количественного состава микроорганизмов, встречающихся в предстательной железе (ПЖ), но и быть результатом патологического взаимодействия психологических факторов и дисфункций иммунной, нервной и эндокринной систем [6,7]. Вследствие разнообразия клинических проявлений и различий в их степени выраженности, хронический простатит (ХП) относится к трудно диагностируемым заболеваниям. ХП может протекать изначально со слабовыраженной клинической симптоматикой на фоне длительно текущего воспаления или быть следствием постепенно стихающего воспалительного процесса после острого поражения ПЖ [8,9].

Количественные значения микроорганизмов при ХП в сравнении с острым процессом будут значительно меньше, т.к. УПМ подвергаются частичной элиминации из ПЖ, запустив процесс продуктивного воспаления, а оставшегося количества микроорганизмов достаточно для поддержания патологического процесса [10]. Однако только 10% ХП предшествуют острые простатиты, что еще больше затрудняет диагностику заболевания рутинными диагностическими методами [9].

Распространенный в лабораторной практике метод полимеразной цепной реакции (ПЦР) является качественным исследованием и позволяет быстро и достоверно определить как возбудителей инфекций, передаваемых половым путем (ИППП), так и УПМ. Однако УПМ могут присутствовать в организме и в норме, поэтому качественное определение данных микроорганизмов не имеет диагностического значения. Именно поэтому современные клинические рекомендации указывают на важность определения не только вида возбудителя, но и его количества, титра [4,11-14].

С 2016 года в арсенале практикующего врача появился новыйметод выявления качественно-количественного соотношения УПМ в урогенитальном тракте мужчин и, соответственно, диагностики инфекционновоспалительных заболеваний, обусловленных не только основными ИППП, но и УПМ, основанный на методе ПЦР в режиме реального времени. Важное преимущество новой технологии – точное количественное определение компонентов микрофлоры, соответствующее содержанию бактерий в исследуемой локализации, по компонентам генома. Фактически результат анализа представляет собой «кальку» биотопа, включая количественные результаты по некультивируемым облигатным анаэробам, клинически значимым в развитии острых и хронических форм заболеваний репродуктивной системы мужчин. Методика определения качественно-количественного составамикроорганизмов, встречающихся в мужской мочеполовой системе, основанная на ПЦР в режиме реального времени, может использоваться для оценки инфекционного фактора при бесплодии, в том числе и при лейкоцитоспермии, в обследовании при подготовке к ЭКО, случаях неэффективного лечения острых и хронических форм урологических заболеваний.

На исследование могут быть направлены различные виды биоматериала (эякулят, секрет ПЖ, соскоб уретры, постмассажная моча). Выбор материала зависит от локализации инфекционного процесса: при уретрите целесообразно получать соскоб из уретры, баланите/баланопостите – соскоб головки полового члена, везикулите – эякулят, простатите – секрет ПЖ, постмассажную мочу, биоптат. Учитывая, что секрет ПЖ, содержащиймикроорганизмыпредстательной железы, является одной из составляющей эякулята, зачастую для диагностики инфекционно-воспалительного процесса в предстательной железе используют эякулят

Определение микробного «пейзажа» эякулята и секрета предстательной железы, а также сравнение информативности исследования биоматериала различных локализаций УГТ при бессимптомномтечении хронического простатита методом ПЦР в режиме реального времени явилось целью данной работы.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

В урологической клинике ФГБОУ ВО «ИвГМА» было обследовано 22 мужчины в возрасте от 30 до 55 лет (средний возраст составил 38,45 ± 7,25 лет), обратившихся по поводу бесплодия и с целью прегравидарной подготовки. Критерии включения в исследование: отсутствие ИППП на момент исследования, отсутствие жалоб и клинической симптоматики на момент исследования при наличии хронического бессимптомного течения простатита, отсутствие незащищенных половых контактов в течение 3 суток до процедуры, для снижения риска «выбраковки» биоматериала изза превышения пороговых значений транзиторной микрофлоры, а также наличие письменного информированного согласия на проведение исследований. Всем пациентам были проведены: сбор анамнеза, жалоб, клинический осмотр, пальпаторное исследование предстательной железы, лабораторная диагностика: трансректальное ультразвуковое исследование (ТРУЗИ) предстательной железы, микроскопическое исследование секрета ПЖ выполненное с помощью светового микроскопа при увеличении ×400 (объектив ×40, окуляр ×10). ПЦР в режиме реального времени проводили с помощью теста «Андрофлор®» (ООО «НПО ДНК-Технология», Россия) на приборе «ДТпрайм» (ООО «НПО ДНК-Технология», Россия). Для исследования методом ПЦР в режиме реального времени материал получали в течение одного дня из трех точек возможной локализации инфекционно-воспалительного процесса: соскоб из уретры, эякулят, секрет предстательной железы. Соскоб из уретры получали одноразовым стерильным урогенитальным зондом, вводя его в уретру на 3-4 см и совершая вращательные движения к наружному отверстию. Материал помещали в пластиковую пробирку объемом 1,5 мл объемом типа Эппендорф с 1,0 мл транспортной среды («Транспортная среда с муколитиком», ООО «ИнтерЛабСервис»). Круговыми движениями зонд споласкивали, отжимали избыток жидкости о края пробирки, зонд утилизировали. Пробирку центрифугировали при 13000 об/мин в течение 10мин, удаляли надосадочную жидкость (осадок + жидкая фракция), оставив в пробирке примерно 50мкл.Секрет ПЖполучали послемассажа ПЖв контейнер лабораторный для проб с завинчивающейся крышкой и ложкой. Эякулят мужчина получал путем мастурбации в лабораторный контейнер для проб.Для исследования спермы, секрета ПЖ, 20-30 мкл жидкого материала переносили с помощи пипетки в пластиковую пробирку объемом 1,5 мл типа Эппендорф с 1,0 мл транспортной среды («Транспортная среда с муколитиком», ООО «ИнтерЛабСервис»), центрифугировали пробирку при 13 000 об/мин в течение 10 мин, удаляли надосадочную жидкость, оставив в пробирке примерно 50 мкл, которую использовали для последующего выделения ДНК.

Надосадочную жидкость использовали для последующего выделения ДНК с помощью комплекта реагентов ПРОБА-ГC-ПЛЮС (ООО «НПО ДНКТехнология», Москва) в соответствии с инструкцией производителя.

Учитывая, что все пациентыдлительное время обследовались и лечились в ФГБОУ ВО «ИвГМА» на момент исследования всем пациентам был установлен основной диагноз «Бессимптомный воспалительный простатит IV».

Клиническая трактовка результата осуществлялась по относительным показателям – доли группы микроорганизмов в общей бактериальной массе, что нивелирует ошибки интерпретации по абсолютным количествам, фиксируя только достоверные различия в структуре микрофлоры.

Статистический анализ проведен с использованием пакета прикладных программ Microso Excel 2013 и Statistica 10.0 (StatSoft, Inc., США). Статистическую значимость различий анализировали с помощью критерия Фишера, различия считали значимыми при p<0,05.

РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

Все мужчины 22 (100%) были пациентами клиники в течение длительного времени. При изучении анамнеза было установлено, что более половины пациентов предъявляютжалобына бесплодие (14; 63,63%), в т.ч и вторичное (3; 13,64%). Перенесенные ИППП в анамнезе были у 4 (18,18%) пациентов, при этом, более одного полового партнера указывали также 4 (18,18%) мужчин. При изучении воздействия экзогенных факторов 5 (22,72%) пациентов сообщили, что выкуривают до 1 пачки сигарет в день; 1 (4,54%) указал на воздействие производственных вредностей; алкоголь принимают в умеренных количествах 15 (68,11%) пациентов, исключили прием алкоголя 7 (31,89%) пациентов. Регулярно стрессовые воздействия испытывают 11 (50%) пациентов, редко – 6 (27,27%), не испытывают – 5 (22,72%)мужчин.Такимобразом, исходя из полученных нами данных анамнеза, можно предположить, что стресс – наиболее частый патогенетическийфактор риска хронического воспалительного процесса, воздействующий на исследуемую группу.

При исследовании гормонального статуса в 59,09% (n=13) случаев было выявлено нарушение последнего, что также может оказывать влияние на состав биоты урогенитального трактамужчин и требует дальнейшего изучения. 

Следует отметить, что на момент обследования у всех пациентов клиническая симптоматика отсутствовала и единственной жалобой было бесплодие.

По результатам ТРУЗИ в 86,36% (n=19) случаев были выявлены признаки хронического простатита.

Примикроскопическомисследовании секрета предстательной железы повышение лейкоцитов было выявлено у 9 (40,9%) пациентов, эритроцитов – в 2 (9,09%) случаях. Лецитиновые зерна в большом количестве были обнаружены у 10 (45,45%) мужчин, снижение количества лецитиновых зерен до умеренных значений выявлено у 8 (36,36%) пациентов, небольшое количество и отсутствие диагностировано в 4 (18,18%) случаях. Таким образом, по совокупности выявленных показателей микроскопические признаки воспаления были выявлены в 45,46% (n=10) случаев, абсолютная норма примикроскопии ПЖ– у 12 (54,54%) пациентов.

Результаты исследования соскоба из уретры, секрета ПЖ и эякулята с помощью ПЦР в режиме реального времени у пациентов с нормальным результатом микроскопии секрета ПЖ не выявили инфекционного процесса ни в одномисследуемом отделе лишь у трех (13,64 %) мужчин, однако все трое предъявляли жалобы на бесплодие, которое, вероятно, было обусловлено у двоих пациентов варикоцеле, у одного присоединением аутоиммунного компонента.

У 8 (36,36%) мужчин с абсолютной нормой при микроскопии методом ПЦР РВ в соскобе из уретры был выявлен «Дисбиоз»: у 6 (27,27%) пациентов, в соскобе из уретры был выявлен дисбиоз без указания степени выраженности, т.е. общая бактериальная масса не превышала 105 , у двоих (9,09%) – «Дисбиоз умеренный» и «Дисбиоз выраженный». У 5 (22,73%) пациентов при наличии дисбиоза в уретре, результатыисследования эякулята и секрета ПЖ соответствовали норме. У 2 (9,09%) пациентов при наличии дисбиоза в уретре, дисбиоз был выявлен в секрете ПЖ при показателях нормы в эякуляте; у одного – и в секрете ПЖ, и в эякуляте.

У пациентов, имеющих признаки инфекционно-воспалительного процесса по результатам микроскопии секрета ПЖ (10; 45,45%), с помощью метода ПЦР РВ были получены следующие результаты: дисбиоз в соскобе из уретры выявлен в 7 (31,82%) случаях: в 4 (18,18%) случаях без указания степени выраженности; в 2 (9,09%) – «Дисбиоз выраженный»; в одном – «Дисбиоз умеренный». При наличии дисбиоза в уретре последний в секрете ПЖ был выявлен у 3 (13,63%) пациентов, в соскобе из уретры, эякуляте, секрете ПЖ только у 2 (9,09%) пациентов. В остальных случаях 2 (9,09%) зафиксирован вариант нормы.

У троих (13,63%) пациентов при наличии признаков инфекционно-воспалительного процесса в микроскопическом исследовании секрета ПЖ метод ПЦР РВ дисбиотических изменений не выявил.

На рисунке 1 представлены данные выявленных микроорганизмов и средние титры в зависимости от локализации полученного материала.

Рис. 1. Динамика выявления микроорганизмов и средних титров в зависимости от локализации полученного материала

По результатам теста Андрофлор® наименьшее значение бактериальной обсемененности в геном-эквивалентах (ГЭ) идентифицировано в эякуляте 3±1,3 ГЭ, в секрете ПЖ данный показатель составил 3,9±1,3. ГЭ, в уретре выявлено наибольшее значение 4,5±1,3 ГЭ. Больше чем у половины мужчин в уретре встречались Corynebacterium spp., Eubacterium spp., Anaerococcus spp. и Staphylococcus spp., при этом в эякуляте и секрете предстательной железы эти бактерии выявлялись значительно реже. Одинаково часто, как в эякуляте, так и в уретре встречались Lactobacillus spp. Ureaplasma parvum чаще встречалась в эякуляте, чем в секрете предстательной железы и уретре. Стоит отметить, что Sneathia spp./Leptotrichia spp./Fusobacterium spp. и Gardnerella vaginalis идентифицированы только в уретре и не обнаружены в секрете ПЖ и эякуляте. При статистическом анализе полученных результатов отмечается отсутствие статистически значимых различий в выявляемостимикроорганизмов в секрете ПЖ и эякуляте, но это, по-видимому, связано с недостаточной выборкой, имеются статистически значимые различия между биотопом эякулята и уретры (p<0,05), а также в биотопах секрета ПЖ и уретры (p<0,05).

ОБСУЖДЕНИЕ

Известно, чтомикроорганимына поверхности уротелия преимущественно существуют в виде биопленки, планктонные формы малочисленны, поэтому для получения адекватного результата исследования необходимо получать не отделяемое, а соскоб эпителиальных клеток с прикрепленным к ним участком биопленки

В нашем исследовании были отмечены случаи несовпадения микробного пейзажа нижних и верхних отделов УГТ (дисбиоз различной степени выраженности в уретре против нормоценоза микрофлоры секрета ПЖ и эякулята). Можно предположить, что при прохождении эякулята или секрета ПЖ через уретру недостаточно для массивного обсеменения эякулята и секрета ПЖ микроорганизмами, находящимися в просвете уретры, т.к. при прохождении секрета ПЖ или эякулята через уретру биоматериал захватывает только часть микроорганизмов, большая часть которых плотно фиксирована в составе биопленки. Наличие в клинической трактовке исследования с помощью метода ПЦР РВ такой возможности как оценка состояния биоценоза по относительным показателям позволяет нивелировать искажения, фиксируя только достоверные различия в структуре микрофлоры.

Наличие дисбиоза в уретре поддерживает течение хронического процесса, что согласуется с данными литературы [1,3]. Учитывая, что передняя уретра – источник восходящей инфекции, обследование пациента всегда необходимо начинать с оценки состояния биоты передней уретры. Анализ полученных результатов показал, что при наличии патологического процесса в ПЖ, подтвержденный тестом ПЦР РВ с заключением «Дисбиоз выраженный», аналогичные результаты, но с меньшей степенью выраженности были зафиксированы и в заключении исследования эякулята. При получении результата «Дисбиоз умеренный» при исследовании секрета ПЖ, в заключении исследования эякулята мы получали норму или невозможность указания степени дисбиоза вследствие снижения уровня общей бактериальной массы ниже 105 .

Таким образом, на основании полученных данных, мы считаем, что для выявления этиологического фактора инфекционно-воспалительного процесса, локализующегося в предстательной железе, при хронических вялотекущих процессах, при выборе вида биоматериала между эякулятом и секретом предстательной железы, предпочтение необходимо отдавать секрету ПЖ.

Те пациенты, у которых при исследовании секрета ПЖ не было выявлено качественно-количественного дисбаланса УПМ при наличии микроскопических признаков воспаления в секрете ПЖ требуют дальнейшего обследования для выявления этиологического фактора возникновения воспалительной реакции.

ВЫВОДЫ

1. При обследовании 22 пациентов с диагнозом«Бессимптомный воспалительный простатит IV» и одномоментном исследовании материала из уретры, эякулята и секрета ПЖ было выявлено, что передняя уретра у мужчин может выступать в качестве резервуара хронической инфекции, не вызывая клинических проявлений, поэтому обследование пациента всегда необходимо начинать с оценки состояния биоты передней уретры.

2. Для выявления хронического малосимптомного патологического процесса в предстательной железе во избежание гиподиагностики, несвоевременного лечения и, соответственно, развития осложнений, при выборе материала для исследования между эякулятом и секретом ПЖ, предпочтение необходимо отдавать секрету ПЖ. Безусловно, было обследовано небольшое количество пациентов, вследствие того, что не все мужчины давали согласие на получение материала в течение одного дня из трех точек возможной локализации патологического процесса, поэтому для подтверждения полученных нами результатов необходимо проведение дальнейших исследований, используя новую прогрессивную методику, основанную на количественном определении компонентов биоты УГТ, соответствующее содержанию бактерий в исследуемой локализации с помощью метода ПЦР в режиме реального времени.

ЛИТЕРАТУРА

  1. Курило Л.Ф. и соавт. Влияние бессимптомных инфекций урогенитального тракта на показатели эякулята у мужчин с бесплодием и варикоцеле. Андрология и генитальная хирургия. 2016; 17(2): 98-103. doi:10.17650/2-070-9781-2016-17-2-98-103.
  2. Guidelines on Urological infections© / G. Bonkat, R.R. Bartoletti[et. al.]// European Association of Urology 2019. http://www.uroweb.org/guidelines.
  3. Ashok Agarwal, R. John Aitken, Juan G. Alvarez Editors. Studies on Mens Health and Fertility. HumanPress, LLC 2012. Р. 671. Doi: 10.1007/978-1-61779-776-7
  4. Клинические рекомендации по андрологической урологии/ под ред. П. А. Щеплева. М.: Медфорум. 2016. 120 с.
  5. Krieger JN, Nyberg LJr, Nickel JC. NIH consensus definition and classification of prostatitis. JAMA 1999; 282: 236–7.
  6. 6. Magri V, Wagenlehner F, Perletti G, Schneider S, Marras E, Naber KG, Weidner W. Use of the UPOINT chronic prostatitis/chronic pelvic pain syndrome classification in European patient cohorts: sexual function domain improves correlations. J Urol. 2010 Dec;184(6): 2339-45. doi: 10.1016/j.juro.2010.08.025
  7. Nickel J.C. Is chronic prostatitis/chronic pelvic pain syndrome an infectious disease of the prostate? Investig Clin Urol. 2017 May; 58(3): 149-151. https:// doi.org/10.4111/icu.2017.58.3.149.
  8. Коган М.И., Мационис А.Э., Белоусов И.И., Повилайтите П.Е. Морфологические доказательства ишемической природы фиброза предстательной железы при классическом синдроме хронической тазовой боли/хроническом простатите IIIБ. Урология. 2018; (3): 12-18. doi:10.18565/urology.2018.3.12-18
  9. Magri V. et al. Multidisciplinary approach to prostatitis. Arch Ital Urol Androl. 2019 Jan 18; 90(4):227-248. doi: 10.4081/aiua.2018.4.227.
  10. Schuppe H.C. et al. Urogenital Infection as a Risk Factor for Male Infertility. Dtsch Arztebl Int. 2017 May 12;114(19):339-346. doi: 10.3238/arztebl.2017.0339.
  11. Яковлев С.В., Рафальский В.В., Сидоренко С.В., Спичак Т.В. Стратегия и тактика рационального применения антимикробных средств в амбулаторной практике: Евразийские клинические рекомендации. М.: Пре100 Принт; 2016; 144.
  12. Рахматулина МР, Соколовский ЕВ, Малова ИО, Серов ВН, Аполихина ИА, Мелкумян АГ. Федеральные клинические рекомендации по ведению больных хламидийной инфекцией. Акуш. и гин. 2016; (4 Прилож.): 57-63.
  13. Перепанова ТС, Козлов РС, Руднов ВА, Синякова ЛА. Антимикробная терапия и профилактика инфекций почек,мочевыводящих путей имужских половых органов. Федеральные клинические рекомендации. М: 2015; 72.
  14. Урология. Российские клинические рекомендации/ под ред. Ю.Г. Аляева, П.В. Глыбочко, Д.Ю. Пушкаря. М. «Медфорум»: 2018:544 с.
Прикрепленный файлРазмер
Скачать статью480.6 кб

Ключевые слова: хронический простатит, ПЦР в режиме реального времени,соскоб из уретры, эякулят,секрет ПЖ, условно- патогенные микроорганизмы, ДНК микроорганизмов

Новинка! Исследование для мужчин — Андрофлор Скрин.

Новинка! Исследование для мужчин — Андрофлор Скрин.

31 Марта 2018

Андрофлор Скрин, исследование микрофлоры урогенитального тракта мужчин.

Болезни мочеполовой системы являются ведущей причиной нарушения репродуктивной функции у мужчин, что имеет огромное социально-экономическое значение, особенно в современных условиях снижения рождаемости.

Наиболее частой причиной болезней мочеполовой системы у мужчин является инфекционно-воспалительный процесс, длительность и интенсивность которого определяет степень нарушений репродуктивной функции: хроническое воспаление оказывает продолжительное токсическое действие на сперматогенный эпителий, нарушает гематотестикулярный барьер, реологические свойства и химический состав семенной жидкости, а также может приводить к развитию аутоиммунных реакций, например к образованию антиспермальных антител.

В процессе развития воспалительной реакции возрастает количество активированных клеток иммунной системы, что сопровождается повышенным образованием свободных радикалов кислорода и увеличением секреции лимфокинов и монокинов, результатом чего является вторичное воспаление в тканях репродуктивного тракта

Выявляемые показатели:

Геномная ДНК человека (ГДЧ), общая бактериальная масса (ОБМ), Lactobacillus spp., нормофлора (Staphylococcus spp., Streptococcus spp., Corynebacterium spp.). 

Условно-патогенные микроорганизмы (УПМ), ассоциированные с бактериальным вагинозом (Gardnerella vaginalis, Ureaplasma urealyticum, Ureaplasma parvum, Mycoplasma hominis). 

УПМ Enterobacteriaceae spp./Enterococcus spp. 

Дрожжеподобные грибы Candida spp.  

Патогены (Mycoplasma genitalium, Trichomonas vaginalis, Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia

trachomatis). 

Подготовка:

ВНИМАНИЕ! Для исключения искажений результатов анализов определения состава микрофлоры урогенитального тракта мужчин из-за присутствия в урогенитальном тракте транзиторной микрофлоры в течение трех дней перед взятием биоматериала рекомендуется воздержаться от половых контактов или использовать барьерные средства контрацепции (презервативы). 

Перед взятием биоматериала рекомендуется воздержаться от мочеиспускания в течение 1,5-2 часов. 

Не рекомендуется взятие биоматериала на фоне проведения антибактериальной терапии (общей или местной). 

Взятие биоматериала рекомендуется не ранее, чем через 14 дней после применения местных антибактериальных препаратов, и не ранее, чем через один месяц после применения системных антибиотиков.

Показания:

  • Диагностика острых инфекционно-воспалительных заболеваний мочеполовой системы у мужчин. 
  • Контроль эффективности антибактериальной терапии (не ранее, чем через месяц после окончания приема антибактериальных препаратов).

Интерпретация:

Интерпретация результатов исследований содержит информацию для лечащего врача и не является диагнозом. Информацию из этого раздела нельзя использовать для самодиагностики и самолечения. Точный диагноз ставит врач, используя как результаты данного обследовани¤, так и нужную информацию из других источников: анамнеза, результатов других обследований и т.д.

Заключение по данному исследованию выдается автоматически с помощью программного обеспечения производителя тест-системы.

Подробнее об услугах врача уролога по ссылке.

Андрофлор скрин :: Sapat Социальная медицинская лаборатория

ЧТО ТАКОЕ «АНДРОФЛОР СКРИН»?

«Андрофлор Скрин» — метод диагностики воспалительной патологии урогенитального тракта (УГТ) мужчин, вызванной условно-патогенными микроорганизмами (УПМ) и облигатными патогенами, основанный на ПЦР в режиме реального времени.

По сравнению с расширенным исследованием «Андрофлор» — данный тест включает набор основных показателей и может назначаться дерматовенерологами или урологами вместо традиционного обследования пациентов на инфекции методом классической ПЦР (качественный формат ответа — «есть/нет»).

На исследование может быть направлен соскоб из уретры, головки полового члена, первая порция мочи или (в ряде случаев) — эякулят.

 

ПОКАЗАНИЯ К НАЗНАЧЕНИЮ:

* диагностика острых воспалительных процессов, вызванных УПМ и облигатными патогенами;

* обследование пациентов при профилактическом обследовании, в т.ч. выявление ИППП.

 

ПОКАЗАТЕЛИ, ВЫЯВЛЯЕМЫЕ «АНДРОФЛОР СКРИН»

Геномная ДНК человека (ГДЧ) — оценивает количество биоматериала

в пробирке по количеству ДНК в эпителиальных клетках человека.

Общая бактериальная масса (ОБМ) — бактериальная обсемененность

биотопа — регистрирует общее количество бактерий в образце биоматериала, представленном на исследование. С данным показателем для определения баланса (соотношений) микрофлоры будут сравниваться количества выявленных УПМ/ групп УПМ.

Если показатели ОБМ и ГДЧ одновременно ниже пороговых значений, то анализ микрофлоры не проводится и рекомендуется повторить взятие биоматериала.

Транзиторная микрофлора (Lactobacillus spp.) — служит маркером наличия в половых путях пациента лактобактерий, попадающих в УГТ мужчины от его гетеросексуального полового партнера. Наличие Lactobacillus spp. и острого инфекционно-воспалительного процесса в УГТ мужчины является показанием для обследования полового партнера с помощью «Фемофлор». Этот относительный показатель оценивает долю Lactobacillus spp. в ОБМ. При превышении порогового значения Lactobacillus spp. оценка состояния микрофлоры не проводится и автоматическое заключение не выдается. В этом случае рекомендуется повторное взятие биоматериала при условии защищенных половых контактов или отсутствия незащищенных половых контактов в течение 3–5 дней. По некоторым данным — у мужчин с дисбалансом половых гормонов повышенное значение уровня лактобактерий является физиологическим и может устойчиво диагностироваться, в т.ч. при соблюдении всех требований преаналитики.

 

Нормофлора

Нормофлора у мужчин представлена ассоциациями бактерий, попадающих в УГТ с поверхности кожи, — Staphylococcus spp., Streptococcus spp., Corynebacterium spp. Данный показатель оценивает долю нормофлоры в ОБМ, то есть является относительным. В норме представители Staphylococcus spp., Streptococcus spp., Corynebacterium spp. должны превалировать в ОБМ. Однако доминирование только одной группы данных микроорганизмов не является вариантом нормы и свидетельствует о нарушении структуры бактериального микробиома.

Условно-патогенные микроорганизмы

Gardnerella vaginalis; Enterobacteriaceae spp. / Enterococcus spp. — относительные количественные показатели; определяют долю микроорганизмов в ОБМ.

Генитальные микоплазмы (Ureaplasma urealyticum, Ureaplasma parvum,

Mycoplasma hominis) и дрожжевые грибы рода Candida spp. — абсолютные количественные показатели. При трактовке данных показателей следует учитывать количество условно-патогенных микоплазм и/или дрожжевых грибов

Candida, бактериальное окружение — структуру микробиома и особенности клинической картины.

 

Облигатные патогены

Облигатные патогены (Mycoplasma genitalium, Trichmonas vaginalis, Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis) — возбудители ИППП. В норме

присутствовать не должны, поэтому показатель качественный, то есть отвечает на вопрос: есть микроорганизм или его нет.

 

ВАРИАНТЫ СОСТОЯНИЯ МИКРОФЛОРЫ

(ВАРИАНТЫ ЗАКЛЮЧЕНИЯ)

НОРМА

1. ДНК патогенных микроорганизмов не выявлена, ДНК дрожжевых грибов Candida spp. ниже пороговых значениий, структура бактериального микробиома соответствует норме.

2. ДНК патогенных микроорганизмов не выявлена, ДНК дрожжевых грибов Candida spp. (в зависимости от количества), низкая бактериальная обсемененность соответствуют норме.

НЕ НОРМА

Обнаружение облигатных патогенов и/или превышение пороговых значений дрожжевых грибов Candida spp. и/или нарушение баланса между нормофлорой и условно-патогенными микроорганизмами.

МАТЕРИАЛ ДЛЯ ИССЛЕДОВАНИЙ

Соскоб (с головки полового члена, крайней плоти, препуциального мешка, уретры): рекомендуется для выявления этиологии острых и хронических инфекционно-воспалительных процессов нижних отделов мочеполового тракта.

Моча (первая порция свободно выпущенной утренней мочи или мочи, взятой через три часа после последнего мочеиспускания): рекомендуется использовать при острых воспалительных процессах в связи с выраженной болезненностью введения уретральных зондов в уретру.

Эякулят: рекомендуется для диагностики эпидидимитов, простатитов, может быть направлен на исследование у пациентов с асимптоматическим течением инфекций, передающихся половым путем, или пациентов, обратившихся в связи с обследованием женщины относительно невынашивания беременности, бесплодия, прегравидарной подготовки или др. по усмотрению врача.

Описание анализа Андрофлор Скрин (оценка биоценоза урогенит. тракта у мужчин) в Шахтерск

Код: 04-133

Цена: 1900 руб

Описание

Имеющиеся в арсенале специалистов традиционные методы не позволяют в короткий срок объективно диагностировать инфекций, передающихся половым путем. Не все микробы удается выявляются с помощью стандартных бактериологических тестов в посеве.

Тест Андрофлор — скрин относится к современным методам лабораторной диагностики инфекций, передающихся половым путем. Исследование ПЦР (полимеразная цепная реакция)  позволяет выявлять и определять количество микроорганизмов быстрым и самым надежным в настоящий момент способом: по идентификации их генетического материала (ДНК/РНК). Комбинация высокой чувствительности и специфичности, возможность количественного анализа и диагностики некультивируемых микроорганизмов делают технологию ПЦР максимально удобной и клинически значимой в исследовании инфекционных заболеваний.

Тест Андрофлор — скрин — способ выявить возбудителей инфекций, передающихся половым путем, и определить их количество одновременно из одной пробы биологического материала. Метод дает возможность за один раз оценить состояние микрофлоры мочеполовой системы у мужчин, выявить скрытые инфекции, точно определить возбудителя воспалительных процессов при простатите, уретрите, эпидидимите. Полученная в результате исследования информация позволяет планировать необходимый объем терапии, а повторное исследование оценить эффективность лечения.

Важность теста Андрофлор – скрин:

  • при диагностике и мониторинге эффективности лечения любых инфекционно-воспалительных заболеваний мочеполовой системы у мужчин
  • при бесплодии
  • при подготовке к ЭКО
  • в рамках профилактического обследования
  • обследование мужчин, у половых партнеров которых выявлен бактериальный вагиноз
  • мониторинг эффективности лекарственной терапии

 

Подготовка к анализу

            При взятии материала из урогенитального тракта необходимо в течение 2-х часов перед сдачей воздержаться от мочеиспускания; в течение 3-х суток исключить половую жизнь; в течение 2-х недель перед сдачей анализов не принимать антибиотики.4

ПАТОГЕНЫ

 

 

12. Mycoplasma genitalium

KOE

не обнаружено

13. Trichmonas vaginalis

KOE

не обнаружено

14. Neisseria gonorrhoeae

KOE

не обнаружено

15. Chlamydia trachomatis

KOE

не обнаружено

 

Добавить

Панель ПЦР 12 (фемофлор скрининг) в Москве

Интерпретация результатов анализов носит информационный характер, не является диагнозом и не заменяет консультации врача. Референсные значения могут отличаться от указанных в зависимости от используемого оборудования, актуальные значения будут указаны на бланке результатов.

Количественная оценка влагалищной микрофлоры проводится как в абсолютных, так и относительных показателях. Абсолютный показатель: количество ДНК искомого микроорганизма в образце принято выражать в геном-эквивалентах (ГЭ), которое пропорционально количеству микроорганизма. ГЭ соответствует количеству копий ДНК искомого микроорганизма в образце, количество ДНК искомого микроорганизма может быть представлено и в виде десятичного логарифма — Lg (ГЭ/образец). Например, количество Lactobacillus spp. в образце =  107 ГЭ/образец, или в виде Lg (ГЭ/образец) = 7,0. Абсолютный показатель, зависит от техники взятия биоматериала и способа выделения ДНК. Разная техника взятия образца может приводить к тому, что в пробирку будет попадать разное количество биоматериала, что влияет на количественные показатели. 

Относительный количественный показатель микрорганизма рассчитывается как отношение количества искомого микроорганизма к количеству общей бактериальной массы (ОБМ). Относительные показатели являются более точными и объективными, так как на них в значительно меньшей степени влияют погрешности, допускаемые как врачами-клиницистами при получении биоматериала, так и врачами клинической лабораторной диагностики при выполнении анализа. Относительное количество микрооганизма может быть представлено в двух форматах: разница десятичных логарифмов количества соответствующей группы микроорганизмов и ОБМ и в процентах по отношению к ОБМ.

Интерпретация результатов проведённого исследования:

I этап. Оценка взятия биоматериала и общей бактериальной массы.

  • Контроль взятия материала (КВМ): для получения адекватных результатов исследования, КВМ должен быть более 104 ГЭ/образец [Lg (ГЭ/образец) > 4,0]. Если КВМ менее 104 ГЭ/образец [Lg (ГЭ/образец) < 4,0] – материала для исследования недостаточно, рекомендуется повторное взятие материала.
  • Общая бактериальная масса (ОБМ): показатель общей бактериальной обсеменённости. Нормальное значение ОБМ: 105,5 — 109  ГЭ/образец [Lg (ГЭ/образец): 5,5-9,0]. Если ОБМ меньше 106 ГЭ/образец [Lg (ГЭ/образец) < 6,0], общая бактериальная обсеменённость влагалища низкая. Чаще всего низкое значение ОБМ у женщин репродуктивного возраста является следствием применения антибактериальных препаратов. В этом случае исследование рекомендуется повторить не ранее чем через 1-2 недели после окончания курса терапии.

II этап. Оценка нормофлоры влагалища.

  • Относительное количество Lactobacillus spp., выше  -0,1 lg (> 80%): нормоценоз.
  • Относительное количество Lactobacillus spp., от -0,7 до -0,1 lg (20-80%): умеренный дисбиоз.
  • Относительное количество Lactobacillus spp., ниже -0,7 (< 20%): выраженный дисбиоз.

III этап. Оценка количественного соотношения условно-патогенных облигатно-анаэробных микроорганизмов.

  • Проводиться при умеренном или выраженном дисбиозе влагалища.
  • Относительное количество микрорганизма менее  -2,0 lg (<1,0%): незначительно повышенный уровень.
  • Относительное количество микроорганизма от -2,0 до -1,0 lg (1-10%): умеренно повышенный уровень.
  • Относительное количество микрорганизма более -1,0 (> 10%): значительно повышенный уровень.

IV этап. Оценка наличия микоплазм, уреаплазм и грибов рода Candida.

Количественную оценку Mycoplasma hominis, Ureaplasma spp., Candida spp. проводят только по абсолютным показателям. Пороговым диагностическим уровнем для Ureaplasma spp. и Mycoplasma hominis является значение абсолютного показателя 105  ГЭ/образец [Lg (ГЭ/образец) – 5,0]. Для грибов рода Candida абсолютное значение 104 ГЭ/образец [Lg (ГЭ/образец) – 4,0].

V этап. Выявление 7 основных возбудителей ИППП.

Mycoplasma genitalium/Trichomonas vaginalis/Neisseria gonorrhoeae/Chlamydia trachomatis/Цитомегаловирус/Herpes simplex virus 1/ Herpes simplex virus 2 при данном исследовании выявляются качественным методом. Данные микроорганизмы являются абсолютными патогенами, их выявление свидетельствует о заболевании урогенитального тракта.

Единица измерения: абсолютные, относительные количественные показатели микрофлоры, качественное выявление патогенов — возбудителей ИППП

НОВЫЙ МЕТОД ДИАГНОСТИКИ ИНФЕКЦИОННО-ВОСПАЛИТЕЛЬНЫХ ЗАБОЛЕВАНИЙ НИЖНИХ ОТДЕЛОВ МОЧЕПОЛОВОГО ТРАКТА МУЖЧИН

1 Липова Е. В., Чекмарев А. С., Болдырева М. Н. НОВЫЙ МЕТОД ДИАГНОСТИКИ ИНФЕКЦИОННО-ВОСПАЛИТЕЛЬНЫХ ЗАБОЛЕВАНИЙ НИЖНИХ ОТДЕЛОВ МОЧЕПОЛОВОГО ТРАКТА МУЖЧИН (тест «Андрофлор», «Андрофлор Скрин»)

2

3 Липова Е. В., Чекмарев А. С., Болдырева М. Н. НОВЫЙ МЕТОД ДИАГНОСТИКИ ИНФЕКЦИОННО-ВОСПАЛИТЕЛЬНЫХ ЗАБОЛЕВАНИЙ НИЖНИХ ОТДЕЛОВ МОЧЕПОЛОВОГО ТРАКТА МУЖЧИН (тест «Андрофлор», «Андрофлор Скрин») 1

4 I. ВВЕДЕНИЕ Инфекционно-воспалительные заболевания мочеполовой системы у мужчин являются одной из причин нарушения репродуктивной функции и снижения качества жизни, что имеет огромное социально-экономическое значение. Повреждение тканей в ходе инфекционно-воспалительного процесса может происходить в результате прямого действия микроорганизмов и опосредованного, вследствие неадекватной воспалительной реакции в ответ на инфицирование патогенными микроорганизмами, значительными количествами условно-патогенных микроорганизмов (УПМ) или размножение эндогенных УПМ. Степень повреждения тканей репродуктивного тракта зависит от длительности и интенсивности воспаления: хроническое воспаление оказывает более продолжительное токсическое действие на ткани, может также приводить и к развитию аутоиммунных заболеваний при генетической предрасположенности к подобным иммунным реакциям. Заболевания нижних отделов мочеполовой системы широко распространены у мужчин, особенно в возрасте половой активности. Баланит или баланопостит, занимают до 11 % мужской мочеполовой клиники, могут быть периодическими или постоянными [1]. Приблизительно в 60 % случаев баланит имеет инфекционную причину [2]. Причинами баланита/ баланопостита могут быть Candida, аэробные и анаэробные бактерии, Gardnerella vaginalis, часто в сочетании с анаэробными бактриями, вирусы, паразиты и другие возбудители инфекций, передаваемых половым путем (ИППП). Среди неинфекционных причин могут быть механическое воздействие [2], красный плоский лишай (Lichen planus), псориаз и контактный дерматит [3]. Уретрит является наиболее распространенным синдромом мочеполового тракта у мужчин. Хотя известны неинфекционные причины, большинство случаев уретрита связывают с инфекциями [4]. Самыми частыми причинами уретрита являются Neisseria gonorrhoeae (НГ) и Chlamydia trachomatis (ХТ). Однако в ряде случаев ни НГ, ни ХТ при уретрите не обнаруживают [4]. В таких случаях уретрит называют неспецифическим не-хламидийным не-гонококковым (НХНГУ). Развитие НХНГУ связывают с Mycoplasma genitalium (МГ), Trichomonas vaginalis (ТВ) и значительно реже с вирусами простого герпеса (HSV) или аденовирусом [5]. В некоторых исследованиях ведущая роль в развитии симптомов уретрита отводилась Ureaplasma urealyticum [6 8], но в других нет [8, 9]. Почти в 50 % случаев НГУ возбудитель не был установлен [5]. Кандидатами на участие в развитии НХНГУ у мужчин явля- 2

5 ются бактерии, вызывающие заболевания репродуктивного тракта у женщин [5, 6], а также другие группы анаэробных бактерий [8 10]. Облигатные анаэробы трудно получить живыми из инфицированных биотопов из-за серьезных требований отсутствия кислорода. Противоречивые данные относительно их роли в развитии воспалительных заболеваний МПС [8 10] могут быть связаны с тем, что анаэробы остаются незамеченными из-за указанных ограничений, от которых зависят и получение, и транспортировка, и культивирование анаэробных микроорганизмов. В настоящее время некультуральные методы, такие как ПЦР с регистрацией результатов в режиме реального времени, позволяющие проводить количественную оценку микробиома, включая плохо- и некультивируемые облигатно-анаэробные микроорганизмы, являются, возможно, единственной альтернативой методам стандартной лабораторной диагностики. Потребность в развитии отечественных современных лабораторных методов медицинской микробиологической диагностики подтверждается тем, что на заседании профильной комиссии по специальности «Клиническая лабораторная диагностика» 30 мая 2013 г. было принято решение о создании рабочей группы по медицинской микробиологии, задачей которой является в том числе определение стратегических направлений развития микробиологической диагностики, в рамках которых наряду с планами ликвидации значительного технологического отставания отечественной медицинской микробиологии от передового мирового уровня планируется использование высокочувствительных молекулярных технологий [11, 12]. 3

6 II. ПОКАЗАНИЯ И ПРОТИВОПОКАЗАНИЯ К ИСПОЛЬЗОВАНИЮ МЕТОДА Показания: наличие жалоб и/ или клинических объективных симптомов воспаления нижних отделов мочеполовой системы у мужчин: выделения из уретры, нарушения мочеиспускания, чувство дискомфорта в уретре, покраснение, зуд, отек, сыпь на головке полового члена (ГПЧ), неприятный запах и т. д.; нарушение репродуктивной функции, подготовка к ЭКО; оценка эффективности проводимой терапии и результатов лечения. Противопоказания отсутствуют. III. МАТЕРИАЛЬНО-ТЕХНИЧЕСКОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ МЕТОДА Бокс лабораторный с УФ-лампой для проведения полимеразной цепной реакции (ПЦР-бокс) БЛ-ПЦР РЗН 2015/3193 от 16 октября 2015 г., срок действия не ограничен. Прибор для проведения полимеразной цепной реакции в режиме реального времени амплификатор детектирующий «ДТпрайм» (по ТУ , ООО «НПО ДНК-Технология», Россия, рег. уд. ФСР 2011/ от 03 марта 2011 года, срок действия не ограничен, ООО «НПО ДНК- Технология»), или амплификатор детектирующий ДТ-96 (по ТУ , ФСР 2007/ от 04 мая 2010 года, срок действия не ограничен, ООО «НПО ДНК-Технология, Россия), или амплификатор детектирующий «ДТлайт» (по ТУ , ФСР 2011/ от 03 марта 2011 года, срок действия не ограничен, ООО «НПО ДНК- Технология», Россия) с программным обеспечением и ini-файлом с параметрами анализа «Андрофлор». Холодильник бытовой с морозильной камерой. Микроцентрифуга-вортекс MICROSPIN FV-2400 (BioSan, Латвия). Штатив «рабочее место» для стрипованных пробирок объёмом 0,2 мл. Дозатор переменного объема со сменными наконечниками, позволяющими отбирать объемы жидкости 2,0-20 мкл, мкл. 4

7 Наконечники для дозатора вместимостью 1,0-200 мкл, мкл. Наконечники для дозатора, вместимостью 1,0-200 мкл, мкл. Перчатки одноразовые без талька. Емкость с дезинфицирующим раствором для сброса использованных наконечников, пробирок и других расходных материалов. Комплект для выделения нуклеиновых кислот ПРОБА НК/ПРОБА-НК-ПЛЮС ( ФСР 2010/ 08867, ООО «НПО ДНК-Технология, Москва, Россия, от 21 сентября 2010 г., срок действия не ограничен) или комплект реагентов для выделения ДНК по ТУ в форме комплектации ПРОБА-ГС-ПЛЮС ( ФСР 2010/ 08696, ООО «НПО ДНК-Технология», Москва, Россия, от 19 августа 2010 г., срок действия не ограничен). Набор реагентов для исследования микрофлоры урогенитального тракта мужчин методом ПЦР в режиме реального времени «Андрофлор», «Андрофлор Скрин» ( РЗН 2016/ 4490 ООО «НПО ДНК-Технология», Москва, Россия от 25 июля 2016 г., срок действия не ограничен). IV. ОПИСАНИЕ МЕТОДА «Андрофлор» и «Андрофлор Скрин» предназначены для установления этиологии инфекционно-воспалительных процессов нижнего отдела мочеполового тракта мужчин при следующих нозологиях (МКБ10): N34.1 Неспецифический уретрит N34.2 Другие уретриты N34.3 Уретральный синдром неуточненный N48.1 Баланопостит N48.6 Баланит Учитывая, что причиной перечисленных заболеваний могут быть как облигатные патогены возбудители ИППП, так и условно-патогенные микроорганизмы дрожжевые грибы рода Candida, простейшие и другие, действующие стандарты медико-санитарной и специализированной помощи, утвержденные Министерством здравоохранения России г., предусматривают использование нескольких видов микробиологических исследований для этиологической диагностики инфекционно-воспалителных процессов (табл. 1). 5

8 Таблица 1. Методы лабораторной диагностики инфекционно-воспалительных процессов нижнего отдела мочеполового тракта мужчин, рекомендованные стандартами медико-санитарной и специализированной помощи (утверждены Министерством здравоохранения России г.) п/п Код исследования Содержание исследования Заболевание Код по МКБ10 Приказа МЗ РФ 1 A Бактериологическое исследование отделяемого секрета простаты на аэробные и факультативно-анаэробные условно-патогенные микроорганизмы Неспецифический уретрит N н Другие уретриты N34.2 Уретральный синдром неуточненный N н 2 A Микробиологическое исследование отделяемого из уретры на микоплазмы (Mycoplasma genitalium) и уреаплазму (Ureaplasma urealyticum) 3 A Молекулярно-биологическое исследование отделяемого из уретры на хламидии (Chlamidia trachomatis) Неспецифический уретрит N н Другие уретриты N34.2 Уретральный синдром неуточненный N н Неспецифический уретрит N н Другие уретриты N34.2 Уретральный синдром неуточненный N н Баланопостит N н Баланит N48.6 6

9 п/п Код исследования Содержание исследования 4 A Микроскопическое исследование отделяемого из уретры на гонококк (Neisseria gonorrhoeae) 5 A Микроскопическое исследование отделяемого из уретры на гарднереллы (Gardnerella vaginalis) 6 A Паразитологическое исследование секрета простаты на трофозоиты трихомонад (Trichomonas vaginalis) 7 A Микологическое исследование отделяемого из уретры на грибы рода кандида (Candida spp.) Заболевание Код по МКБ10 Приказа МЗ РФ Неспецифический уретрит N н Другие уретриты N34.2 Уретральный синдром неуточненный N н Баланопостит N н Баланит N48.6 Неспецифический уретрит N н Другие уретриты N34.2 Уретральный синдром неуточненный N н Баланопостит N н Баланит N48.6 Неспецифический уретрит N н Другие уретриты N34.2 Уретральный синдром неуточненный N н Баланопостит N н Баланит N48.6 7

10 Перечисленный выше список рекомендованных лабораторных диагностических тестов включает как методы, направленные на выделение и идентификацию микроорганизмов до вида (Neisseria gonorrhoeae (A ), Trichomonas vaginalis (A ) и другие), так и методы, позволяющие определить родовую принадлежность микроорганизмов (A , A ) без указания вида. До недавнего времени все данные о возможных инфекционных возбудителях заболеваний мочеполовой системы у мужчин были получены с помощью культуральных исследований, которые до настоящего времени продолжают оставаться золотым стандартом диагностики инфекционно-воспалительных процессов. Однако в последние годы в результате активного внедрения в практическую медицину молекулярно-биологических методов исследования спектр микроорганизмов, возможных этиологически значимых участников патологических процессов в урогенитальном тракте, был значительно расширен за счет открытия новых труднокультивируемых или неподдающихся культивированию микроорганизмов, которые ранее были неизвестны. В соответствии с современными представлениями возбудителями заболеваний мочеполовой системы (МПС) у мужчин могут быть как безусловные патогены, такие как Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Mycoplasma genitalium, Trichomonas vaginalis, так и условно-патогенные микроорганизмы (УПМ), которые в норме могут присутствовать в мочеполовых путях в количествах, не превышающих значение допустимой нормы. Именно поэтому для установления этиологической роли тех или иных условно-патогенных микроорганизмов в развитии заболеваний МПС требуется их количественная характеристика. При установлении этиологической роли УПМ в развитии заболеваний мочеполовой системы у мужчин необходимо учитывать, что в ее нижних отделах (дистальный отдел уретры, головка полового члена, венечная борозда) в норме могут обнаруживаться такие микроорганизмы, как Staphylococci spp., Streptococci spp., Corynebacterium spp., Lactobacillus spp., попадающие туда с кожи или во время полового контакта [13, 14]. Количество условно-патогенной биоты можно установить с помощью культуральных и некультуральных молекулярно-биологических методов исследования. В практической медицине значительно чаще используются культуральные методы диагностики, имеющие ряд ограничений и требований к протоколу исследования. УПМ не только широко распространены в окружающей среде, но они также могут контаминировать биопробу в момент взятия биоматериала, поэтому требуется строгое соблюдение правил получения и транспортировки клинического образца для исследования. Необходима максимально быстрая доставка биопробы 8

11 в лабораторию для того, чтобы сохранить количественные соотношения между микроорганизмами, обладающими разной степенью устойчивости во внешней среде. Например, аэробные и анаэробные микроорганизмы до посева на питательные среды. Следующим условием является обеспечение равных условий для роста разных микроорганизмов, например аэробных и анаэробных для сохранения исходных количественных соотношений между ними. Время, необходимое для получения результата анализа, также имеет большое значение для принятия врачом решения о необходимости и объеме терапевтического вмешательства. Срок получения результата культурального исследования обычно составляет более семи дней, поэтому врачу приходится эмпирически принимать решение о назначении пациенту терапии, что, как правило, ведет к избыточному назначению лекарственных препаратов и, соответственно, увеличению риска нежелательных последствий. В последние годы происходит бурное развитие некультуральных, молекулярнобиологических методов на основе анализа нуклеиновых кислот микроорганизмов. Одним из них является метод полимеразной цепной реакции с регистрацией результатов в режиме реального времени (ПЦР-РВ) метод, обеспечивающий возможность количественной оценки любого необходимого спектра микроорганизмов в биологической пробе. Метод был разработан в 1996 г. [15] вслед за «классической» ПЦР. Метод ПЦР-РВ обеспечивает высокую чувствительность и эквивалентную специфичность «классической» ПЦР, в то же время по сравнению с ней имеет ряд преимуществ. Поскольку амплификация и детекция происходят в одной и той же закрытой пробирке, риск попадания амплифицированных нуклеиновых кислот в окружающую среду незначителен. Автоматическая регистрация увеличения флюоресцентного сигнала в ходе положительной реакции обеспечивает возможность его количественной оценки. Результат реакции программное обеспечение прибора выдает сразу по окончании реакции. Некультуральный метод ПЦР-РВ имеет ряд преимуществ перед культуральными микробиологическими методами. Так, это значительно менее жесткие требования к преаналитическому этапу для сохранения количественных соотношений между микроорганизмами (нуклеиновыми кислотами микроорганизмов), включая взятие материала и его доставку в лабораторию, значительно меньший риск влияния на результат исследования контаминации образцов микроорганизмами из внешней среды, равные условия по чувствительности и специфичности для всех микроорганизмов, в том числе некультивируемых и труднокультивируемых, которые предполагается идентифицировать. Одним из наиболее значительных преимуществ ПЦР-РВ является скорость получения результата (несколько часов). 9

12 Сравнение чувствительности ПЦР-РВ и культуральных методов в отношении относительно легко культивируемых аэробных бактерий показало 100 % чувствительность ПЦР-РВ [16]. При исследовании плевральной жидкости детей с параплевральным выпотом/эмпиэмой возбудители воспалительного процесса были выявлены методом ПЦР-РВ в 82 % случаев, культуральным методом в 25 % [17]. Horváth Á. и соавт. (2013) в результате сравнения ПЦР-РВ и культуральных методов в отношении грибов, грамположительных и грамотрицательных бактерий пришли к заключению, что сделали заключение, что ПЦР-РВ является специфичной, но более быстрой по отношению к культуральным методам [18]. Сравнение культуральных методов и ПЦР-РВ показало 100 % конкордантность при диагностике таких клинически значимых бактерий, как Acinetobacter baumannii, Escherichia coli, Klebsiella pneumonia и Pseudomonas aeruginosa [19]. Было сделано заключение, что ПЦР-РВ является, точным, быстрым и экономически более эффективным лабораторным методом. Комбинация высокой чувствительности и специфичности, низкий риск контаминации, скорость получения результата исследования (1 1,5 часа), возможность количественного анализа и идентификации некультивируемых микроорганизмов делают технологию ПЦР-РВ высоковостребованной для диагностики инфекционных болезней наряду с другими лабораторными методами исследования [20, 21]. Количественный анализ микроорганизмов с помощью ПЦР-РВ в настоящее время уже используется для изучения нормальной, патогенной и условно-патогенной микробиоты биоты в разных биотопах человека: периодонте [22], респираторном тракте [23], образцах из желудочно-кишечного тракта [24] и вагинального микробиома у женщин [25]. Подобный подход использован в тест-системе «Набор реагентов для исследования биоценоза урогенитального тракта у женщин методом ПЦР в режиме реального времени «ФЕМОФЛОР» (регистрационное удостоверение ФСР ) который применяется в лабораторной диагностике с 2009 г., его эффективность подтверждена научно-клиническими исследованиями и клинической практикой [26-28]. Медицинское изделие для диагностики in vitro набор реагентов для исследования микробиоты урогенитального тракта мужчин методом ПЦР в режиме реального времени по ТУ «Андрофлор», «Андрофлор Скрин» (РУ РЗН 2016/4490) предназначен для характеристики микробиоты урогенитального тракта мужчин путем анализа ДНК микроорганизмов методом ПЦР в режиме реального времени. 10

13 В зависимости от спектра выявляемых микроорганизмов набор может поставляться в следующих вариантах комплектации: «Андрофлор»; «Андрофлор Скрин». Комплектация «Андрофлор» предназначена для выявления ДНК патогенных микроорганизмов, количественной оценки грибов рода Candida, урогенитальной нормобиоты, широкого спектра УПМ с целью этиологической диагностики острых и хронических воспалительных заболеваний мочеполовой системы у мужчин. Комплектация «Андрофлор Скрин» является сокращенным вариантом комплектации «Андрофлор» и предназначена для выявления ДНК патогенных микроорганизмов, количественной оценки грибов рода Candida, урогенитальной нормобиоты, ограниченного спектра УПМ, с целью этиологической диагностики острых воспалительных заболеваний мочеполовой системы у мужчин. ПОЛУЧЕНИЕ И ХРАНЕНИЕ ОБРАЗЦОВ Общие требования Для получения корректных результатов ПЦР-РВ большое значение имеет преаналитический этап: получение биоматериала, условия хранения образца и его транспортировки в лабораторию. Исследование ДНК микроорганизмов методом ПЦР в режиме реального времени относится к прямым лабораторным тестам, поэтому биоматериал необходимо получать из локализаций, максимально близких к предполагаемому очагу инфекционного процесса. МАТЕРИАЛ ДЛЯ ИССЛЕДОВАНИЙ Соскоб (с головки полового члена, крайней плоти, препуциального мешка, уретры): рекомендуется использовать для выявления этиологии острых и хронических инфекционно-воспалительных процессов нижних отделов мочеполового тракта. Моча (первая порция свободновыпущенной утренней мочи или мочи, взятой через три часа после последнего мочеиспускания): рекомендуется использовать при острых воспалительных процессах в связи с выраженной болезненностью введения уретральных зондов в уретру. 11

14 Техника получения клинических образцов для лабораторного исследования методом ПЦР-РВ 1. Соскоб из уретры Соскоб выполняют стерильным одноразовым мужским уретральным зондом. Перед взятием биоматериала пациенту рекомендуется воздержаться от мочеиспускания в течение не менее трех часов. Непосредственно перед взятием биоматериала необходимо обработать наружное отверстие уретры сухим стерильным ватным тампоном для удаления свободных выделений. При наличии обильных уретральных выделений клинический образец получают через минут после мочеиспускания. Уретральный зонд вводится в уретру на глубину 3 4 см, затем осторожными вращательными движениями продвигается к наружному отверстию уретры. У детей материал для исследования берут только с губок уретры. Уретральный зонд погружают в пробирку типа «Эппендорф» объемом 1,5 мл с транспортной средой для ПЦР-исследований. Тщательно споласкивают зонд в транспортной среде, избегая разбрызгивания жидкости, после чего вращательным движением отжимают зонд о стенку пробирки, не покрытую жидкостью. Полностью удаляют уретральный зонд из пробирки. Пробирку плотно закрывают крышкой и маркируют. 2. Соскоб эпителия крайней плоти, головки полового члена и препуциального мешка Перед взятием биоматериала пациенту рекомендуется воздержаться от мочеиспускания в течение 3 4 часов. Соскоб выполняют стерильным одноразовым мужским/женским уретральным зондом с поверхности крайней плоти, ГПЧ и препуциального мешка. Уретральный зонд погружают в пробирку типа «Эппендорф» объемом 1,5 мл с транспортной средой для ПЦР-исследований. 3. Порядок взятия первой порции мочи Поскольку первая порция мочи является аналогом соскоба эпителиальных клеток из уретры, первую порцию утренней мочи собирают в минимально возможном объеме (несколько мл) для увеличения концентрации микроорганизмов в пробе. Менее предпочтительно использовать для исследования первую порцию мочи, полученную через три и более часов после последнего мочеиспускания. 12

15 Отбор мочи проводят в специальную сухую стерильную емкость объемом до 60 мл, снабженную герметично завинчивающейся крышкой. После сбора мочи контейнер плотно закрывают и маркируют. УСЛОВИЯ ХРАНЕНИЯ И ДОСТАВКИ МАТЕРИАЛА В сопроводительном документе-направлении необходимо указать: фамилию, имя, отчество, возраст пациента, вид материала, предполагаемый диагноз, показания к обследованию, дату и время взятия пробы, наименование учреждения (подразделения), направляющего клинический материал (Приказ МЗ СССР 1030 от ). Клинический материал доставляется в лабораторию лицами, пршедшими специальный инструктаж, при соблюдении правил транспортировки. Если время хранения и транспортировки клинического материала от момента взятия до момента его доставки в лабораторию составляет не более суток, то пробирку с клиническим материалом необходимо хранить и доставлять в лабораторию при температуре бытового холодильника плюс 4 10 С, не замораживая. В случае невозможности доставки клинического образца в лабораторию в течение суток допускается однократное замораживание и хранение образца клинического материала при минус 20 С до одного месяца. ПРОВЕДЕНИЕ АНАЛИЗА Выделение нуклеиновых кислот из клинического материала и проведение реакции ПЦР в режиме реального времени проводятся в клинико-диагностической лаборатории строго в соответствии с инструкцией производителя комплекта реагентов. ТРАКТОВКА РЕЗУЛЬТАТОВ АНАЛИЗА Трактовка результатов исследования осуществляется на основании результатов реакции ПЦР-РВ автоматически программным обеспечением приборов для ПЦР- РВ (производства «ДНК-Технологии») на основании алгоритма, разработанного производителем тест-системы (см. приложение). Расчет общей бактериальной обсемененности уретрального биотопа (общая бактериальная масса ОБМ), а также абсолютных количеств микроорганизмов в геномных эквивалентах (ГЭ) проводится программным обеспечением (ПО) к прибору на основании математической формулы, учитывающей номер порогового цикла при проведении ПЦР в реальном 13

16 времени. Относительные количества микроорганизма/ группы микроорганизмов ПО рассчитывает в виде разницы абсолютных значений Lg10 микроорганизма/ группы микроорганизмов и ОБМ. В процессе формирования заключения ПО анализирует и оценивает следующие показатели в зависимости от комплектации тест-системы в формате «Андрофлор» или «Андрофлор Скрин» (табл. 2). Таблица 2. Показатели тест-системы «Андрофлор» в зависимости от комплектации ПОКАЗАТЕЛИ Андрофлор Скрин Андрофлор Общая бактериальная масса (ОБМ) Геномная ДНК человека (ГДЧ) Транзиторная микрофлора: Lactobacillus spp. Нормофлора Staphylococcus spp. Streptococcus spp. Corynebacterium spp. Сумма: Нормофлора УПМ, ассоциированные с бактериальным вагинозом (БВ) Gardnerella vaginalis Ureaplasma urealyticum Ureaplasma parvum Mycoplasma hominis Atopobium cluster Megasphaera spp./ Veillonella spp./ Dialister spp. Sneathia spp./ Leptotrichia spp./ Fusobacterium spp. Сумма: УПМ, ассоциированные с бактериальным вагинозом (БВ) УПМ анаэробы Bacteroides spp./ Porphyromonas spp./ Prevotella spp. Anaerococcus spp. 14

17 ПОКАЗАТЕЛИ Андрофлор Скрин Андрофлор Eubacterium spp. Peptostreptococcus spp./ Parvimonas spp. Сумма: УПМ анаэробы УПМ: Pseudomonas aeruginosa/ Ralstonia spp./ Burkholderia spp. УПМ: Haemophilus spp. УПМ: Enterobacteriaceae spp./ Enterococcus spp. Дрожжеподобные грибы: Candida spp. Патогены Neisseria gonorrhoeae Chlamydia trachomatis Mycoplasma genitalium Trichomonas vaginalis Общая бактериальная масса (ОБМ) бактериальная обсемененность биотопа абсолютный показатель количества бактерий, с которым сравнивают все определяемые бактерии/группы бактерий, минимальное пороговое значение Геномная ДНК человека (ГДЧ) оценивается в абсолютных значениях, содержится в любых клетках человека, кроме эритроцитов, служит для подтверждения наличия в пробирке человеческого биоматериала. Минимальное пороговое значение В случае, если в образце биоматериала одновременно ОБМ и ГДЧ ниже пороговых значений, анализ микрофлоры не проводится. В этом случае рекомендуется повторить взятие биоматериала. Транзиторная микрофлора: Lactobacillus spp. Относительный показатель, служит маркером наличия в половых путях транзиторной микрофлоры, попадающей в половые пути от гетеросексуального полового партнера. При диагностике острых заболеваний нижних отделов МПС может служить косвенным маркером того, что причиной заболевания является транзиторная микрофлора. При диагностике хронических заболеваний служит маркером качества подготовки пациента к проведению исследования. Пороговое значение 10 % от ОБМ. При превышении порогового значения Lactobacillus spp. количественно-качествен- 15

18 ная оценка микрофлоры не проводится и заключение не выдается. В этом случае требуется повторное взятие биоматериала при условии защищенных половых контактов или отсутствия незащищенных половых контактов в течение трех дней. Нормофлора: Staphylococcus spp., Streptococcus spp., Corynebacterium spp. Сумма количества микроорганизмов нормофлоры относительный показатель, снижение которого трактуется как дисбиоз. Низкая общая бактериальная масса (ОБМ<10 4 ) биотопа при условии подтвержденного получения биоматериала от человека (ГДЧ>10 3 ) трактуется как НОРМО- ЦЕНОЗ. Если нормофлора составляет большую часть ОБМ, а относительное количество УПМ ниже пороговых значений, структура микробиома оценивается как «НОРМОЦЕНОЗ». Количество нормофлоры ниже пороговых значений оценивается как дисбиоз и степень дисбиоза зависит от уровня снижения нормофлоры. Степень дисбиоза рассчитывается при условии наличия ОБМ>10 5. При ОБМ= степень дисбиоза не оценивается из-за возможных математических погрешностей в связи с низкими значениями ОБМ. В этом случае любое снижение нормобиоты трактуется как дисбиоз без указания его степени. Условно-патогенные микроорганизмы (УПМ). Показатель оценивается в относительных значениях. Относительное количество УПМ и/ или группы УПМ выше пороговых значений свидетельствует об их участии в развитии дисбиоза. Сравнение относительных количеств отдельных УПМ и групп УПМ между собой обеспечивает возможность определения этиологии дисбиоза. Если среди разных групп УПМ преобладает какая-то одна, в лабораторном заключении эта группа УПМ указывается как ПРЕОБЛАДАЮЩАЯ. Если преобладающей группы УПМ нет, дисбиоз трактуется как СМЕШАННЫЙ. Если снижение относительного количества нормофлоры не сопровождается увеличением исследованных УПМ, то результат трактуется как ДИСБИОЗ НЕЯС- НОЙ ЭТИОЛОГИИ. Дрожжеподобные грибы: Candida spp. Показатель оценивается в абсолютных значениях, клинически значимое пороговое значение Патогены: Trichomonas vaginalis, Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Mycoplasma genitalium. Качественный показатель, оценивается наличие или отсутствие микроорганизма. 16

19 ОПИСАНИЕ БЛАНКА РЕЗУЛЬТАТА Структура бланка результата исследования «Андрофлор» на примере конкретного пациента показана на рис. 1. Результаты представлены в виде таблицы, состоящей из трех колонок и столбчатой диаграммы. В левой колонке таблицы перечислены исследуемые показатели. В средней колонке (выделено цветной линией) абсолютные значения показателей в виде 10 n и окрашенные или неокрашенные квадратики соответствуют показателям, которые оценивают в абсолютных значениях. В правой колонке таблицы (выделено цветной линией) относительные значения показателей в двух вариантах представления информации: в виде разницы Lg10 (степеней 10) показателя и ОБМ и в скобках доля (%) показателя от ОБМ. Математически более корректным является значение разницы Lg10, более привычным % от ОБМ. Окрашенные или неокрашенные квадратики соответствуют показателям, которые оценивают в относительных значениях. Справа от таблицы приведена гистограмма (выделено цветной линией) всех количественных показателей. Цветом выделены столбики, соответствующие показателям, влияющим на формирование итогового заключения. Вверху диаграммы на линиях сетки указаны % от ОБМ, внизу значения Lg10. Окраска оценочных квадратиков в таблице означает следующее: Контрольные показатели (геномная ДНК человека, общая бактериальная масса, Lactobacillus spp.): соответствие критериям, несоответствие критериям. Нормофлора: соответствие критериям нормы, умеренное отклонение от критериев нормы, выраженное отклонение от критериев нормы. УПМ и дрожжеподобные грибы: соответствие критериям нормы, умеренное отклонение от критериев нормы, выраженное отклонение от критериев нормы. Патогены: не выявлено, обнаружено. 17

20 Результат Наименование исследования Относительный Количественный Lg (X/ОБМ) Геномная ДНК человека 10 4,7 1 Общая бактериальная масса 10 5,7 Транзиторная микрофлора 2 Lactobacillus spp. не выявлено НОРМОФЛОРА 3 Staphylococcus spp. не выявлено 4 Streptococcus spp. 10 4,9-0,7 (16-21 %) 5 Corynebacterium spp. 10 4,2-1,5 (3-4 %) Сумма: НОРМОФЛОРА 10 6,0-0,7 (19-25 %) УПМ, ассоциированные с баквагинозом 6 Gardnerella vaginalis не выявлено 7 Megasphaera spp. /Veillonella spp. /Dialister spp. 10 6,6-1,1 (7-10 %) 8 Sneathia spp. / Leptotrichia spp. / Fusobacterium spp. не выявлено 9 Ureaplasma urealyticum* не выявлено 10 Ureaplasma parvum* не выявлено 11 Mycoplasma hominis* не выявлено 12 Atopobium cluster 10 4,3-1,4 (4-5 %) Сумма: УПМ, ассоциированные с баквагинозом 10 4,6-0,9 (11-15 %) УПМ анаэробы 13 Bacteroides spp. / Porphyromonas spp. / Prevotella spp. 10 5,0-0,1 (63-85 %) 14 Anaerococcus spp. 10 4,9-0,5 (13-18 %) 15 Peptostreptococcus spp. / Parvimonas spp. 10 5,2-0,4 (31-42 %) 16 Eubacterium spp. 10 5,3-0,4 (34-45 %) Сумма: УПМ анаэробы 10 5,9 0,2 ( %) УПМ Haemophilus spp. 17 Haemophilus spp. не выявлено УПМ Pseudomonas aeruginosa / Ralstonia spp. / Burkholderia spp. 18 Pseudomonas aeruginosa / Ralstonia spp. /Burkholderia spp. не выявлено УПМ Enterobacteriaceae / Enterococcus spp. 19 Enterobacteriaceae / Enterococcus spp. не выявлено Дрожжеподобные грибы 20 Candida spp.* не выявлено Дрожжеподобные грибы 21 Mycoplasma genitalium** не выявлено 22 Trichоmonas vaginalis** не выявлено 23 Mycoplasma genitalium** не выявлено 24 Chlamydia trachomatis** не выявлено * Абсолютный анализ Lg(X) ** Качественный анализ Заключение: Дисбиоз ВЫРАЖЕННЫЙ Абсолютные значения, оценка абс. значений Относительные значения, оценка отн. значений % от ОБМ логарифмическая шкала Lg Графическое изображение показателей, окрашены столбцы показателей, влияющих на заключение Рис. 1. Структура бланка результатов исследования «Андрофлор», сформированная автоматически ПО приборов производства компании «ДНК-Технология» 18

21 Для более детального описания структуры бланк результата был разделен на четыре части (рис. 2 5). На рис. 2 представлена 1-я часть бланка результатов со следующими показателями: «Геномная ДНК человека» (ГДЧ) контрольный абсолютный показатель, где значение 10 4,7 соответствует критериям нормы. Оценочный квадратик не окрашен, что свидетельствует о наличии в пробе ДНК человека. «Общая бактериальная масса» (ОБМ) контрольный абсолютный показатель, где значение 10 5,7 соответствует критериям нормы. Оценочный квадратик не окрашен, что свидетельствует о достаточной микробной обсемененности, позволяющей оценить степень дисбиоза (ОБМ>10 5 ). «Транзиторная микрофлора» Lactobacillus spp. контрольный относительный показатель, результат «не выявлено», соответствует критериям нормы, оценочный квадратик не окрашен. «Сумма: Нормофлора» относительный показатель, -0,7Lg10 (19 25 %) от ОБМ, что соответствует выраженному отклонению от критериев нормы, оценочный квадратик для показателя «Сумма: Нормофлора» окрашен в красный цвет. Окрашенность столбика указывает на то, что этот показатель участвует в формировании заключения. Результат Наименование исследования Относительный Количественный Lg (X/ОБМ) Геномная ДНК человека 10 4,7 1 Общая бактериальная масса 10 5,7 Транзиторная микрофлора 2 Lactobacillus spp. не выявлено НОРМОФЛОРА 3 Staphylococcus spp. не выявлено 4 Streptococcus spp. 10 4,9-0,7 (16-21 %) 5 Corynebacterium spp. 10 4,2-1,5 (3-4 %) Сумма: НОРМОФЛОРА 10 6,0-0,7 (19-25 %) % от ОБМ Абс. значения ГДЧ и ОБМ выше пороговых значений Отн. значения суммы нормофлоры ниже пороговых значений Отн. значения транзиторной микрофлоры ниже пороговых значений Рис. 2. Описание бланка результатов, часть 1 19

22 На рис. 3 представлена часть 2 бланка результатов со следующими показателями: «УПМ, ассоциированные с баквагинозом» включает абсолютные и относительные показатели. В абсолютных значениях оценивают условно-патогенные генитальные микоплазмы, все остальные УПМ в относительных значениях. В представленном бланке условно-патогенные генитальные микоплазмы не обнаружены, оценочные квадратики не окрашены. Среди остальных УПМ значения двух показателей умеренно отличаются от критериев нормы оценочные квадратики окрашены в желтый цвет. Относительное значение суммы всех «УПМ, ассоциированные с баквагинозом», включая генитальные микоплазмы, значительно отличается от критериев нормы: -0,9Lg10 (11 15 %) от ОБМ, оценочный квадратик красный. Столбик гистограммы, соответствующий показателю, участвующему в формировании заключения, окрашен. УПМ, ассоциированные с баквагинозом 6 Gardnerella vaginalis не выявлено 7 Megasphaera spp. /Veillonella spp. /Dialister spp. 10 6,6-1,1 (7-10 %) 8 Sneathia spp. / Leptotrichia spp. / Fusobacterium spp. не выявлено 9 Ureaplasma urealyticum* не выявлено 10 Ureaplasma parvum* не выявлено 11 Mycoplasma hominis* не выявлено 12 Atopobium cluster 10 4,3-1,4 (4-5 %) Сумма: УПМ, ассоциированные с баквагинозом 10 4,6-0,9 (11-15 %) Абс. значения УПМ генитальные микоплазмы ниже пороговых значений клинической значимости Отн. значение показателя УПМ «Сумма: УПМ, ассоциированные с баквагинозом» значимо превышает пороговое значение Отн. значения двух показателей УПМ ниже пороговых значений, один показатель клинически не значимо превышает пороговое значение Рис. 3. Описание бланка результатов, часть 2 На рис. 4 представлена часть 2 бланка результатов со следующими показателями: «УПМ анаэробы» включает относительные показатели. Две группы УПМ выраженно отличаются от критериев нормы (оценочные квадратики окрашены в красный цвет), две группы УПМ умеренно отличаются от критериев нормы (оценочные квадратики окрашены в желтый цвет). Показатель «Сумма: УПМ анаэробы» также выраженно превышает критерии нормы (оценочный квадратик красный), столбик гистограммы, соответствующий этому показателю, окрашен, т.к. показатель учитывается при формировании заключения. 20

23 «УПМ Haemophilus spp.», «УПМ Pseudomonas aeruginosa/ Ralstonia spp./ Burkholderia spp.», «УПМ Enterobacteriaceae/ Enterococcus spp.» относительные показатели, микроорганизмы не выявлены, что соответствует критериям нормы, оценочные квадратики не окрашены. УПМ анаэробы 13 Bacteroides spp. / Porphyromonas spp. / Prevotella spp. 10 5,0-0,1 (63-85 %) 14 Anaerococcus spp. 10 4,9-0,5 (13-18 %) 15 Peptostreptococcus spp. / Parvimonas spp. 10 5,2-0,4 (31-42 %) 16 Eubacterium spp. 10 5,3-0,4 (34-45 %) Сумма: УПМ анаэробы 10 5,9 0,2 ( %) УПМ Haemophilus spp. 17 Haemophilus spp. не выявлено УПМ Pseudomonas aeruginosa / Ralstonia spp. / Burkholderia spp. 18 Pseudomonas aeruginosa / Ralstonia spp. /Burkholderia spp. не выявлено УПМ Enterobacteriaceae / Enterococcus spp. 19 Enterobacteriaceae / Enterococcus spp. не выявлено Отн. значения УПМ ниже пороговых значений Отн. значения трех показателей УПМ значимо превышают пороговые значения, два показателя клинически не значимо превышает пороговое значение Рис. 4. Описание бланка результатов, часть 3 На рис. 5 представлена часть 3 бланка результатов со следующими показателями: «Дрожжеподобные грибы», Candida spp. абсолютный показатель, результат «не выявлено» соответствует критериям нормы, оценочный показатель не окрашен. «Патогены», Trichomonas vaginalis, Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Mycoplasma genitalium качественный показатель, оценивается наличие или отсутствие патогена, ни один из патогенов не выявлен, что соответствует критериям нормы, оценочные квадратики не окрашены. 21

24 Дрожжеподобные грибы 20 Candida spp.* не выявлено Дрожжеподобные грибы 21 Mycoplasma genitalium** не выявлено 22 Trichоmonas vaginalis** не выявлено 23 Mycoplasma genitalium** не выявлено 24 Chlamydia trachomatis** не выявлено * Абсолютный анализ Lg(X) ** Качественный анализ Заключение: Дисбиоз ВЫРАЖЕННЫЙ Качественное определение патогенов: выявлено/ не выявлено Абс. значения Candida ниже пороговых значений клинической значимости логарифмическая шкала Lg Рис. 5. Описание бланка результатов, часть 4 В соответствии с разработанным алгоритмом (приложение) программное обеспечение прибора автоматически сформировало заключение «ДИСБИОЗ ВЫРА- ЖЕННЫЙ» (рис. 6) на основании выраженного отклонения от критериев нормы показателя «Сумма: Нормофлора». Заключение «с преобладанием анаэробов» сформировано на основании того, что показатель «Сумма: УПМ анаэробы» значительно превышает показатель «Сумма: УПМ, ассоциированные с баквагинозом». 22

25 Результат Наименование исследования Относительный Количественный Lg (X/ОБМ) Геномная ДНК человека 10 4,7 1 Общая бактериальная масса 10 5,7 Транзиторная микрофлора 2 Lactobacillus spp. не выявлено НОРМОФЛОРА 3 Staphylococcus spp. не выявлено 4 Streptococcus spp. 10 4,9-0,7 (16-21 %) 5 Corynebacterium spp. 10 4,2-1,5 (3-4 %) Сумма: НОРМОФЛОРА 10 6,0-0,7 (19-25 %) УПМ, ассоциированные с баквагинозом 6 Gardnerella vaginalis не выявлено 7 Megasphaera spp. /Veillonella spp. /Dialister spp. 10 6,6-1,1 (7-10 %) 8 Sneathia spp. / Leptotrichia spp. / Fusobacterium spp. не выявлено 9 Ureaplasma urealyticum* не выявлено 10 Ureaplasma parvum* не выявлено 11 Mycoplasma hominis* не выявлено 12 Atopobium cluster 10 4,3-1,4 (4-5 %) Сумма: УПМ, ассоциированные с баквагинозом 10 4,6-0,9 (11-15 %) УПМ анаэробы 13 Bacteroides spp. / Porphyromonas spp. / Prevotella spp. 10 5,0-0,1 (63-85 %) 14 Anaerococcus spp. 10 4,9-0,5 (13-18 %) 15 Peptostreptococcus spp. / Parvimonas spp. 10 5,2-0,4 (31-42 %) 16 Eubacterium spp. 10 5,3-0,4 (34-45 %) Сумма: УПМ анаэробы 10 5,9 0,2 ( %) УПМ Haemophilus spp. 17 Haemophilus spp. не выявлено УПМ Pseudomonas aeruginosa / Ralstonia spp. / Burkholderia spp. 18 Pseudomonas aeruginosa / Ralstonia spp. /Burkholderia spp. не выявлено УПМ Enterobacteriaceae / Enterococcus spp. 19 Enterobacteriaceae / Enterococcus spp. не выявлено Дрожжеподобные грибы 20 Candida spp.* не выявлено Дрожжеподобные грибы 21 Mycoplasma genitalium** не выявлено 22 Trichоmonas vaginalis** не выявлено 23 Mycoplasma genitalium** не выявлено 24 Chlamydia trachomatis** не выявлено * Абсолютный анализ Lg(X) ** Качественный анализ Заключение: Дисбиоз ВЫРАЖЕННЫЙ с преобладанием анаэробов % от ОБМ логарифмическая шкала Lg Рис. 6. Пример формирования заключения 23

26 ПРИМЕРЫ формирования разных вариантов заключений Результат Наименование исследования Относительный Количественный Lg (X/ОБМ) Геномная ДНК человека 1 Общая бактериальная масса 10 3,2 Транзиторная микрофлора 2 Lactobacillus spp. не выявлено НОРМОФЛОРА 3 Staphylococcus spp. не выявлено 4 Streptococcus spp. не выявлено 5 Corynebacterium spp. 10 2,1 0,0 ( %) Сумма: НОРМОФЛОРА 10 2,1 0,0 ( %) УПМ, ассоциированные с баквагинозом 6 Gardnerella vaginalis не выявлено 7 Megasphaera spp. /Veillonella spp. /Dialister spp. не выявлено 8 Sneathia spp. / Leptotrichia spp. / Fusobacterium spp. не выявлено 9 Ureaplasma urealyticum* не выявлено 10 Ureaplasma parvum* не выявлено 11 Mycoplasma hominis* не выявлено 12 Atopobium cluster не выявлено Сумма: УПМ, ассоциированные с баквагинозом не выявлено УПМ анаэробы 13 Bacteroides spp. / Porphyromonas spp. / Prevotella spp. не выявлено 14 Anaerococcus spp. не выявлено 15 Peptostreptococcus spp. / Parvimonas spp. не выявлено 16 Eubacterium spp. не выявлено Сумма: УПМ анаэробы не выявлено УПМ Haemophilus spp. 17 Haemophilus spp. не выявлено УПМ Pseudomonas aeruginosa / Ralstonia spp. / Burkholderia spp. 18 Pseudomonas aeruginosa / Ralstonia spp. /Burkholderia spp. не выявлено УПМ Enterobacteriaceae / Enterococcus spp. 19 Enterobacteriaceae / Enterococcus spp. не выявлено Дрожжеподобные грибы 20 Candida spp.* не выявлено Дрожжеподобные грибы 21 Mycoplasma genitalium** не выявлено 22 Trichоmonas vaginalis** не выявлено 23 Mycoplasma genitalium** не выявлено 24 Chlamydia trachomatis** не выявлено * Абсолютный анализ Lg(X) ** Качественный анализ Заключение: Недостаточное количество биоматериала, рекомендуется повторное взятие биоматериала ГДЧ = 0 % от ОБМ ОБМ = 10 3, логарифмическая шкала Lg Рис. 7. Пример 1. Заключение «Недостаточное количество биоматериала, рекомендуется повторное взятие биоматериала» Лабораторное заключение сформировано на основании того, что два контрольных показателя ГДЧ (геномная ДНК человека) и ОБМ (общая бактериальная масса) одновременно не соответствуют критериям, то есть нет доказательств того, что биоматериал получен от человека. 24

27 Результат Наименование исследования Относительный Количественный Lg (X/ОБМ) Геномная ДНК человека 10 4,1 1 Общая бактериальная масса 10 3,1 Транзиторная микрофлора 2 Lactobacillus spp. не выявлено НОРМОФЛОРА 3 Staphylococcus spp. не выявлено 4 Streptococcus spp. не выявлено 5 Corynebacterium spp. не выявлено Сумма: НОРМОФЛОРА не выявлено УПМ, ассоциированные с баквагинозом 6 Gardnerella vaginalis не выявлено 7 Megasphaera spp. /Veillonella spp. /Dialister spp. не выявлено 8 Sneathia spp. / Leptotrichia spp. / Fusobacterium spp. не выявлено 9 Ureaplasma urealyticum* не выявлено 10 Ureaplasma parvum* не выявлено 11 Mycoplasma hominis* не выявлено 12 Atopobium cluster не выявлено Сумма: УПМ, ассоциированные с баквагинозом не выявлено УПМ анаэробы 13 Bacteroides spp. / Porphyromonas spp. / Prevotella spp. не выявлено 14 Anaerococcus spp. не выявлено 15 Peptostreptococcus spp. / Parvimonas spp. не выявлено 16 Eubacterium spp. не выявлено Сумма: УПМ анаэробы не выявлено УПМ Haemophilus spp. 17 Haemophilus spp. не выявлено УПМ Pseudomonas aeruginosa / Ralstonia spp. / Burkholderia spp. 18 Pseudomonas aeruginosa / Ralstonia spp. /Burkholderia spp. не выявлено УПМ Enterobacteriaceae / Enterococcus spp. 19 Enterobacteriaceae / Enterococcus spp. не выявлено Дрожжеподобные грибы 20 Candida spp.* не выявлено Дрожжеподобные грибы 21 Mycoplasma genitalium** не выявлено 22 Trichоmonas vaginalis** не выявлено 23 Mycoplasma genitalium** не выявлено 24 Chlamydia trachomatis** не выявлено * Абсолютный анализ Lg(X) ** Качественный анализ Заключение: НОРМОЦЕНОЗ ГДЧ = 10 % 4,1 от ОБМ ОБМ = 10 3, логарифмическая шкала Lg Рис. 8. Пример 2. Заключение «Нормоценоз» Лабораторное заключение сформировано на основании того, что контрольный показатель ГДЧ (геномная ДНК человека) соответствует критериям, то есть образец биоматериала получен от человека, а контрольный показатель ОБМ (общая бактериальная масса) не соответствует критериям, то есть слишком низкий для проведения анализа структуры микробиоты. Низкая обсемененность урогенитального биотопа является нормой при отсутствии или ограничении половых контактов. 25

28 Результат Наименование исследования Относительный Количественный Lg (X/ОБМ) ЛБ= % % от ОБМ Геномная ДНК человека 10 6, Общая бактериальная масса 10 4,8 Транзиторная микрофлора 2 Lactobacillus spp. 10 4,1 0,4 ( %) НОРМОФЛОРА 3 Staphylococcus spp. не выявлено 4 Streptococcus spp. не выявлено 5 Corynebacterium spp. 10 3,4-1,1 (0-9 %) Сумма: НОРМОФЛОРА 10 3,4-1,1 (0-9 %) УПМ, ассоциированные с баквагинозом 6 Gardnerella vaginalis не выявлено 7 Megasphaera spp. /Veillonella spp. /Dialister spp. не выявлено 8 Sneathia spp. / Leptotrichia spp. / Fusobacterium spp. не выявлено 9 Ureaplasma urealyticum* не выявлено 10 Ureaplasma parvum* не выявлено 11 Mycoplasma hominis* не выявлено 12 Atopobium cluster не выявлено Сумма: УПМ, ассоциированные с баквагинозом не выявлено УПМ анаэробы 13 Bacteroides spp. / Porphyromonas spp. / Prevotella spp. не выявлено 14 Anaerococcus spp. не выявлено 15 Peptostreptococcus spp. / Parvimonas spp. не выявлено 16 Eubacterium spp. не выявлено Сумма: УПМ анаэробы не выявлено УПМ Haemophilus spp. 17 Haemophilus spp. не выявлено УПМ Pseudomonas aeruginosa / Ralstonia spp. / Burkholderia spp. 18 Pseudomonas aeruginosa / Ralstonia spp. /Burkholderia spp. не выявлено УПМ Enterobacteriaceae / Enterococcus spp. 19 Enterobacteriaceae / Enterococcus spp. не выявлено Дрожжеподобные грибы 20 Candida spp.* не выявлено Дрожжеподобные грибы 21 Mycoplasma genitalium** не выявлено 22 Trichоmonas vaginalis** не выявлено 23 Mycoplasma genitalium** не выявлено 24 Chlamydia trachomatis** не выявлено * Абсолютный анализ Lg(X) Lg Заключение: Превышение пороговых значений транзиторной микрофлоры. ** Качественный анализ логарифмическая шкала Рекомендуется повторное взятие биологического материала не менее чем через три дня (с соблюдением правил подготовки к взятию биоматериала). Внимание! Транзиторная микрофлора может быть причиной острых воспалительных процессов нижних отделов урогенитального тракта. Рис. 9. Пример 3. Заключение «Превышение пороговых значений транзиторной микрофлоры. Рекомендуется повторное взятие биологического материала не менее чем через три дня (с соблюдением правил подготовки к взятию биоматериала. ВНИМАНИЕ! Транзиторная микрофлора может быть причиной острых воспалительных процессов в нижних отделах урогенитального тракта» Лабораторное заключение сформировано на основании того, что контрольный показатель «Транзиторная микрофлора Lactobacillus spp.» не соответствует критериям, то есть превышает допустимое значение. Это делает невозможным проведение анализа структуры собственно мужской микрофлоры. 26

29 Результат Наименование исследования Относительный Количественный Lg (X/ОБМ) ЛБ= % % от ОБМ Геномная ДНК человека Общая бактериальная масса 10 6,8 Транзиторная микрофлора 2 Lactobacillus spp. 10 5,7 0,5 ( %) НОРМОФЛОРА 3 Staphylococcus spp. не выявлено 4 Streptococcus spp. не выявлено Сумма: Нормофлора = 5-7% 5 Corynebacterium spp. 10 4,2-1,2 (5-7 %) Сумма: НОРМОФЛОРА 10 4,2-1,2 (5-7 %) УПМ, ассоциированные с баквагинозом 6 Gardnerella vaginalis 10 4,5-0,6 (21-28 %) 7 Megasphaera spp. /Veillonella spp. /Dialister spp. 10 3,7-1,7 (1,8-2,4 %) 8 Sneathia spp. / Leptotrichia spp. / Fusobacterium spp. не выявлено 9 Ureaplasma urealyticum* не выявлено 10 Ureaplasma parvum* не выявлено Сумма: УПМ, ассоциированные с БВ = 43-58% 11 Mycoplasma hominis* не выявлено 12 Atopobium cluster 10 4,5-0,6 (58-97 %) Сумма: УПМ, ассоциированные с баквагинозом 10 5,1-0,3 (43-58 %) УПМ анаэробы 13 Bacteroides spp. / Porphyromonas spp. / Prevotella spp. 10 4,5-0,6 ( %) 14 Anaerococcus spp. 10 3,4-2,0 (0,8-1,1 %) 15 Peptostreptococcus spp. / Parvimonas spp. не выявлено 16 Eubacterium spp. 10 5,3-1,5 (2,5-3,4 %) Сумма: УПМ анаэробы 10 4,9-0,6 (24-32 %) УПМ Haemophilus spp. 17 Haemophilus spp. 10 4,1-1,4 (4-5 %) УПМ Pseudomonas aeruginosa / Ralstonia spp. / Burkholderia spp. 18 Pseudomonas aeruginosa / Ralstonia spp. /Burkholderia spp. не выявлено УПМ Enterobacteriaceae / Enterococcus spp. 19 Enterobacteriaceae / Enterococcus spp. 10 3,0-2,4 (0,3-0,5 %) Дрожжеподобные грибы 20 Candida spp.* не выявлено Дрожжеподобные грибы 21 Mycoplasma genitalium** не выявлено 22 Trichоmonas vaginalis** не выявлено Заключение: Превышение пороговых значений транзиторной микрофлоры. 23 Mycoplasma genitalium** не выявлено 24 Рекомендуется Chlamydia trachomatis** повторное взятие биологического не выявлено материала не менее чем через три дня (с соблюдением правил подготовки к взятию биоматериала). * Абсолютный анализ Lg(X) Lg ** Качественный Внимание! анализ Транзиторная микрофлора может быть причиной острых воспалительных логарифмическая шкала процессов нижних отделов урогенитального тракта. Рис. 10. Пример 4. Заключение «Превышение пороговых значений транзиторной микрофлоры. Рекомендуется повторное взятие биологического материала не менее чем через три дня (с соблюдением правил подготовки к взятию биоматериала. ВНИМАНИЕ! Транзиторная микрофлора может быть причиной острых воспалительных процессов в нижних отделах урогенитального тракта» Лабораторное заключение сформировано на основании того, что контрольный показатель «Транзиторная микрофлора Lactobacillus spp.» не соответствует критериям. Относительный показатель «Сумма: УПМ, ассоциированные с баквагинозом» составляет %, что значительно отличается от критериев нормы, но избыток транзиторной микрофлоры делает невозможным формирование заключения о структуре собственно мужской микрофлоры. У данного пациента транзиторная микрофлора может быть причиной острого заболевания нижних отделов МПС. 27

30 Результат Наименование исследования Относительный Количественный ОБМ = 10 Lg (X/ОБМ) % от ОБМ Геномная ДНК человека 10 2, Общая бактериальная масса 10 4,3 Транзиторная микрофлора 2 Lactobacillus spp. не выявлено НОРМОФЛОРА 3 Staphylococcus spp. не выявлено 4 Streptococcus spp. не выявлено Сумма: Нормофлора = 70-95% 5 Corynebacterium spp. 10 4,2-0,1 (70-95 %) Сумма: НОРМОФЛОРА 10 4,2-0,1 (70-95 %) УПМ, ассоциированные с баквагинозом 6 Gardnerella vaginalis не выявлено 7 Megasphaera spp. /Veillonella spp. /Dialister spp. 10 2,0-1,3 (5-6 %) 8 Sneathia spp. / Leptotrichia spp. / Fusobacterium spp. не выявлено 9 Ureaplasma urealyticum* не выявлено 10 Ureaplasma parvum* не выявлено 11 Mycoplasma hominis* не выявлено 12 Atopobium cluster не выявлено Сумма: УПМ, ассоциированные с баквагинозом 10 3,0-1,3 (5-6 %) УПМ анаэробы 13 Bacteroides spp. / Porphyromonas spp. / Prevotella spp. 14 Anaerococcus spp. Сумма: УПМ анаэробы = % 15 Peptostreptococcus spp. / Parvimonas spp. 10 3,3-1,0 (8-11 %) 16 Eubacterium spp. 10 4,0-0,2 (14-25 %) Сумма: УПМ анаэробы 10 4,5 0,2 ( %) УПМ Haemophilus spp. 17 Haemophilus spp. не выявлено УПМ Pseudomonas aeruginosa / Ralstonia spp. / Burkholderia spp. 18 Pseudomonas aeruginosa / Ralstonia spp. /Burkholderia spp. не выявлено УПМ Enterobacteriaceae / Enterococcus spp. 19 Enterobacteriaceae / Enterococcus spp. не выявлено Дрожжеподобные грибы 20 Candida spp.* не выявлено Дрожжеподобные грибы 21 Mycoplasma genitalium** не выявлено 22 Trichоmonas vaginalis** не выявлено 23 Mycoplasma genitalium** не выявлено 24 Chlamydia trachomatis** не выявлено * Абсолютный анализ Lg(X) Lg ** Качественный анализ логарифмическая шкала Заключение: ДИСБИОЗ с преобладанием анаэробов Рис. 11. Пример 5. Заключение «Дисбиоз с преобладанием анаэробов» Лабораторное заключение сформировано на основании того, что ОБМ=4,3, то есть попадает в интервал 4,0-5,0 lg10, при котором оценка степени дисбиоза не проводится из-за возможных значительных математических погрешностей. Значение единственного показателя «Сумма: УПМ анаэробы» значительно превышает критерии нормы, поэтому в заключении указано «с преобладанием анаэробов». 28

Ученые развеяли миф о том, что в нашем организме больше бактерий, чем человеческих клеток

Вернемся к многолетнему предположению о микробиоте.

Красные кровяные тельца доминируют в нашем общем количестве клеток (но не по массе). Предоставлено: SUSUMU NISHINAGA/SCIENCE PHOTO LIBRARY

Часто говорят, что количество бактерий и других микробов в нашем организме превышает количество наших собственных клеток примерно в десять раз.Это миф, о котором следует забыть, говорят исследователи в Израиле и Канаде. Они подсчитали, что соотношение между резидентными микробами и клетками человека, скорее всего, будет один к одному.

Bacteria Bonanza обнаружен в отдаленной деревне Амазонки

«Эталонный человек» (тот, кто весит 70 кг, имеет возраст 20–30 лет и рост 1,7 метра) содержит в среднем около 30 триллионов человеческих клеток и 39 триллионов бактерий, говорят Рон Майло и Рон Сендер из Института науки Вейцмана в Реховоте. , Израиль, и Шай Фукс в больнице для больных детей в Торонто, Канада.

Эти цифры приблизительны — например, у другого человека может быть вдвое или в два раза больше бактерий, — но они далеки от общепринятого соотношения 10:1.

«Числа достаточно похожи, чтобы каждый акт дефекации мог изменить соотношение в пользу человеческих клеток, а не бактерий», — деликатно заключают они в рукописи, размещенной на сервере препринтов bioRxiv 1 .

Создание глобального микробиома

Миф 10:1 сохранился после оценки микробиолога Томаса Лаки в 1972 году, которая была «элегантно выполнена, но, вероятно, никогда не предназначалась для широкого цитирования спустя десятилетия», говорят авторы статьи.В 2014 году молекулярный биолог Джуда Рознер из Национального института здравоохранения США в Bethesda выразил сомнения по поводу утверждения 10: 1, отметив, что было очень мало хороших оценок количества человеческих и микробных клеток в организме.

Майло, Сендер и Фукс решили переоценить количество, изучив широкий спектр недавних экспериментальных данных в литературе, включая анализ ДНК для расчета количества клеток и магнитно-резонансную томографию для расчета объема органа. Они отмечают, что подавляющее большинство клеток человека представляют собой эритроциты (см. «Подсчет клеток человека»).

Кредит: Источник: Реф. 1

Особая переоценка в работе Лаки связана с долей бактерий в нашем кишечнике, говорят Майло и его коллеги. Лаки подсчитал, что кишечник содержит около 10 14 бактерий, предполагая, что в грамме фекалий содержится 10 11 бактерий, и увеличив это на литровый объем пищеварительного канала, который простирается от рта до рта. анус.

Заменители сахара связаны с ожирением

Но большинство бактерий обитает только в толстой кишке (объем которой равен 0.4 литра), Майло и его коллеги отмечают, и измерения показывают, что в образцах стула меньше бактерий, чем предполагал Лаки.

Объединяя эти виды расчетов, исследователи получают отношение микробных клеток к человеческим для среднего человека 1,3:1 с большой неопределенностью. Майло отказался комментировать статью, потому что она находится на рассмотрении в научном журнале.

«Хорошо, что теперь у всех нас есть более точная оценка для цитаты», — говорит Пир Борк, биоинформатик из Европейской лаборатории молекулярной биологии в Гейдельберге, Германия, работающий над человеческим и другими сложными микробиомами.«Но я не думаю, что это будет иметь какое-то биологическое значение».

Науке о микробиоме угрожает загрязнение

Об этой статье

Процитировать эту статью

Abbott, A. Ученые развенчивают миф о том, что в нашем организме больше бактерий, чем человеческих клеток. Природа (2016). https://doi.org/10.1038/nature.2016.19136

Загрузить цитату

Поделиться этой статьей

Любой, с кем вы поделитесь следующей ссылкой, сможет прочитать этот контент:

Получить ссылку для общего доступа

К сожалению, ссылка для совместного использования в настоящее время недоступна для этой статьи.

Предоставлено инициативой Springer Nature SharedIt по обмену контентом.

Пересмотренные оценки количества клеток человека и бактерий в организме

%PDF-1.5 % 1 0 объект >/Метаданные 694 0 R/Страницы 2 0 R/StructTreeRoot 3 0 R/Тип/Каталог>> эндообъект 694 0 объект >поток приложение/pdf

  • Рон Сендер; Рон Мило
  • Пересмотренные оценки количества клеток человека и бактерий в организме
  • 2016-01-06T20:49:05+02:00Microsoft® Word 20162022-04-05T04:04:53-07:002022-04-05T04:04:53-07:00Microsoft® Word 2016uuid:7f651749-1dd2-11b2- 0a00-850927edca00uuid:7f65174c-1dd2-11b2-0a00-380000000000 конечный поток эндообъект 2 0 объект > эндообъект 3 0 объект > эндообъект 128 0 объект > эндообъект 129 0 объект > эндообъект 131 0 объект [154 0 R 155 0 R 156 0 R 157 0 R 158 0 R 159 0 R 160 0 R 161 0 R 358 0 R 359 0 R 360 0 R 361 0 R 362 0 R 163 0 R 164 0 R 165 0 R 166 0 Р 167 0 Р 168 0 Р] эндообъект 132 0 объект > эндообъект 133 0 объект > эндообъект 134 0 объект [169 0 R 170 0 R 171 0 R 172 0 R 173 0 R 174 0 R 175 0 R 176 0 R] эндообъект 135 0 объект [365 0 Ч 366 0 Ч 178 0 Ч 180 0 Ч 179 0 Ч] эндообъект 136 0 объект [181 0 R 182 0 R 183 0 R 184 0 R 185 0 R 186 0 R 187 0 R 367 0 R 368 0 R 368 0 R 368 0 R 368 0 R 368 0 R 368 0 R 369 0 R 370 0 R 370 0 R 370 0 R 370 0 R 370 0 R 370 0 R 371 0 R 371 0 R 371 0 R 371 0 R 372 0 R 373 0 R 373 0 R 373 0 R 373 0 R 373 0 R 374 0 R 375 0 R 375 0 Р 375 0 Р 375 0 Р 375 0 Р 375 0 Р 375 0 Р 376 0 Р 377 0 Р 378 0 Р 379 0 Р 380 0 Р 381 0 Р 382 0 Р 383 0 Р 384 0 Р 385 0 Р 386 0 Р 387 0 Р 388 0 Р 389 0 Р 390 0 Р 391 0 Р 392 0 Р 393 0 Р 394 0 Р 395 0 Р 396 0 Р 397 0 Р 398 0 Р 399 0 Р 400 0 Р 401 0 Р 402 0 Р 403 0 R 404 0 R 405 0 R 406 0 R 407 0 R 408 0 R 409 0 R 410 0 R 411 0 R 412 0 R 413 0 R 414 0 R 415 0 R 416 0 R 417 0 R 418 0 R 189 0 R 190 0 Р 191 0 Р] эндообъект 137 0 объект [192 0 R 193 0 R 194 0 R 195 0 R 196 0 R 197 0 R 198 0 R] эндообъект 138 0 объект [199 0 R 200 0 R 201 0 R 202 0 R 203 0 R 470 0 R 471 0 R 471 0 R 471 0 R 472 0 R 473 0 R 473 0 R 473 0 R 473 0 R 473 0 R 473 0 R 473 0 R 473 0 R 473 0 R 473 0 R 473 0 R 473 0 R 474 0 R 475 0 R 475 0 R 475 0 R 475 0 R 475 0 R 475 0 R 476 0 R 477 0 R 477 0 R 477 0 R 477 0 Р 477 0 Р 477 0 Р 477 0 Р 477 0 Р 477 0 Р 477 0 Р 477 0 Р 477 0 Р 478 0 Р 479 0 Р 479 0 Р 479 0 Р 480 0 Р 481 0 Р 482 0 Р 483 0 Р 484 0 Р 485 0 Р 486 0 Р 487 0 Р 488 0 Р 489 0 Р 490 0 Р 491 0 Р 492 0 Р 493 0 Р 494 0 Р 495 0 Р 496 0 Р 497 0 Р 498 0 Р 499 0 Р 500 0 R 501 0 R 502 0 R 503 0 R 504 0 R 505 0 R 506 0 R 507 0 R 508 0 R 509 0 R 510 0 R 511 0 R 512 0 R 513 0 R 514 0 R 515 0 R 516 0 R 517 0 Р 518 0 Р 519 0 Р 520 0 Р 521 0 Р 522 0 Р 523 0 Р 524 0 Р 525 0 Р 526 0 Р 527 0 Р 528 0 Р 529 0 Р 530 0 Р 531 0 Р 532 0 Р 533 0 Р 534 0 Р 535 0 Р 536 0 Р 537 0 Р 538 0 Р 539 0 Р 540 0 Р 541 0 Р 542 0 Р 543 0 Р 544 0 Р 545 0 Р 546 0 Р] эндообъект 139 0 объект [632 0 R 633 0 R 633 0 R 633 0 R 634 0 R 635 0 R 635 0 R 635 0 R 635 0 R 635 0 R 635 0 R 635 0 R 635 0 R 635 0 R 635 0 R 635 0 R 635 0 R 636 0 R 637 0 R 637 0 R 637 0 R 637 0 R 637 0 R 637 0 R 638 0 R 639 0 R 639 0 R 639 0 R 639 0 R 639 0 R 639 0 R 639 0 R 639 0 R 639 0 Р 639 0 Р 639 0 Р 639 0 Р 640 0 Р 641 0 Р 641 0 Р 641 0 Р 626 0 Р 642 0 Р 643 0 Р 644 0 Р 645 0 Р 646 0 Р 647 0 Р 648 0 Р 649 0 Р 650 0 Р 651 0 Р 652 0 Р 653 0 Р 654 0 Р 655 0 Р 656 0 Р 657 0 Р 658 0 Р 659 0 Р 660 0 Р 661 0 Р 661 0 Р 661 0 Р 662 0 Р 663 0 Р 663 0 R 663 0 R 664 0 R 665 0 R 665 0 R 665 0 R 665 0 R 665 0 R 666 0 R 667 0 R 667 0 R 667 0 R 667 0 R 667 0 R 668 0 R 669 0 R 669 0 R 669 0 R 670 0 R 206 0 R 207 0 R 208 0 R 209 0 R 210 0 R 211 0 R 212 0 R 213 0 R] эндообъект 140 0 объект [214 0 Р 215 0 Р 216 0 Р 217 0 Р 218 0 Р 219 0 Р] эндообъект 141 0 объект [220 0 Ч 691 0 Ч 692 0 Ч 222 0 Ч 223 0 Ч] эндообъект 142 0 объект [224 0 R 225 0 R 227 0 R 228 0 R 229 0 R 230 0 R 231 0 R 232 0 R 226 0 R] эндообъект 143 0 объект [233 0 R 234 0 R 235 0 R 237 0 R 238 0 R 239 0 R 240 0 R 241 0 R 236 0 R] эндообъект 144 0 объект [242 0 R 243 0 R 244 0 R 245 0 R 246 0 R 248 0 R 249 0 R 247 0 R] эндообъект 145 0 объект [250 0 Р 251 0 Р 252 0 Р 253 0 Р 254 0 Р 255 0 Р] эндообъект 146 0 объект [256 0 Р 257 0 Р 258 0 Р] эндообъект 147 0 объект [259 0 R 260 0 R 261 0 R 262 0 R 263 0 R 264 0 R 265 0 R 266 0 R 267 0 R] эндообъект 148 0 объект [268 0 R 269 0 R 270 0 R 271 0 R 272 0 R 273 0 R 274 0 R 275 0 R 276 0 R 277 0 R 278 0 R 279 0 R 280 0 R 281 0 R 282 0 R 283 0 R] эндообъект 149 0 объект [284 0 R 285 0 R 286 0 R 287 0 R 288 0 R 289 0 R 290 0 R 291 0 R 292 0 R 293 0 R 294 0 R 295 0 R 296 0 R 297 0 R 298 0 R 299 0 R 300 0 Р 301 0 Р 302 0 Р] эндообъект 150 0 объект [303 0 R 304 0 R 305 0 R 306 0 R 307 0 R 308 0 R 309 0 R 310 0 R 311 0 R 312 0 R 313 0 R 314 0 R 315 0 R 316 0 R 317 0 R 318 0 R 319 0 Р 320 0 Р] эндообъект 151 0 объект [321 0 R 322 0 R 323 0 R 324 0 R 325 0 R 326 0 R 327 0 R 328 0 R 329 0 R 330 0 R 331 0 R 332 0 R 333 0 R 334 0 R] эндообъект 152 0 объект [335 0 R 336 0 R 337 0 R 338 0 R 339 0 R 340 0 R 341 0 R 342 0 R 343 0 R 344 0 R 345 0 R 346 0 R 347 0 R 348 0 R 349 ​​0 R 350 0 R] эндообъект 153 0 объект [351 0 Ч 352 0 Ч 353 0 Ч 354 0 Ч 355 0 Ч 356 0 Ч 357 0 Ч] эндообъект 351 0 объект > эндообъект 352 0 объект > эндообъект 353 0 объект > эндообъект 354 0 объект > эндообъект 355 0 объект > эндообъект 356 0 объект > эндообъект 357 0 объект > эндообъект 130 0 объект > эндообъект 24 0 объект >/MediaBox[0 0 594.96 842.04]/Parent 2 0 R/Resources>/Font>/ProcSet[/PDF/Text]>>/StructParents 22/Tabs/S/Type/Page>> эндообъект 695 0 объект [699 0 Р 700 0 Р] эндообъект 696 0 объект >поток HWr8}W-«V*U’QƕqRS4[S$F7$N!hsz~X*[m|-WbnٗlRf+YNkUfJM;q?,LF, wVY9Y,’\vL˥L̙H]x,NC.\Ms M-‘h~ow16傑8z ?»mUՎO3NKMe99zu- 0sulnY!sf>OlK>;Ļnf% 💨vmuEՂ·(vQ*A9 굾Pd/YAcw*%9O>~ԍNo%#~0k; ARgB:|+RC=pփU/Mӡ‡’$R’nbʩԷUOoNLsLy2]X%킢?.3eXyO4{Fp=O8iwR9֗dw~j\ Pspoke J Qe=/M5ny

    j06zǣ2v1-RyK3YѮtH.·2o1Ɯ]; \xE»DMXt$?H[y[

    O.lFP~$٩} H&OU먼>`’s’[email protected]{>ɧYM`k,0# C\?8a]ɞlJx*

    Вот сколько клеток в вашем теле на самом деле не являются человеческими

    Если вы когда-либо читали что-нибудь о колониях бактерий, живущих на вас и внутри вас, вы, без сомнения, сталкивались с лаконичным «фактом» о том, что число микробных клеток в вашем теле превышает количество человеческих клеток примерно в 10 раз: 1.

     

    Вы найдете это в научных статьях, журнальных статьях, выступлениях TED и научно-популярных книгах, и хотя они хорошо иллюстрируют, насколько важны бактерии для существования человека, на самом деле это неправда. .

    В 2016 году обзор более чем четырех десятилетий исследований микробиома человека показал, что нет никаких научных доказательств, подтверждающих этот часто цитируемый фактоид.

    Вместо этого соотношение выглядит примерно 1,3 к 1, при этом средний человек играет хозяина примерно 100 триллионам микробов, плюс-минус. Но даже это еще не вся история.

    Чтобы выяснить истинное число, группа биологов во главе с Роном Майло из Научного института Вейцмана решила просмотреть всю доступную литературу о популяциях микробов, живущих внутри нас.

    Они обнаружили, что для мужчины в возрасте от 20 до 30 лет, весом около 70 кг (154 фунта) и ростом 170 см (около 5 футов 7 дюймов) — они называют его «эталонным мужчиной» — будет около 39 триллионов бактериальных клеток, живущих среди 30 триллионов человеческих клеток.

    Это дает нам соотношение примерно 1,3:1 — почти равные части человека и микроба.

     

    Так откуда же взялось соотношение 10:1 и почему Майло и его команда должны были так точно указывать характеристики «эталонного человека», вместо того, чтобы просто придумать соотношение для обычного среднего человека? ?

    Происхождение соотношения 10:1 восходит к статье, опубликованной в 1970 году американским микробиологом Томасом Д.Лаки, который подсчитал, что в грамме кишечной жидкости или фекалий человека содержится 100 миллиардов микробов.

    Поскольку в среднем взрослом человеке содержится около 1000 граммов этих материалов, это соответствует в общей сложности 100 триллионам микробов. (Имейте в виду, что каждая из этих цифр не имеет никакого научного подтверждения, как заметил Эд Йонг в The Atlantic .)

    Семь лет спустя известный микробиолог Дуэйн Сэвидж сделал эту расплывчатую оценку: соединили это с фактом, что в среднем человеке около 10 триллионов человеческих клеток, и получили соотношение 10:1.

    Все, от коллег-ученых до широкой публики, взяли этот факт и усвоили его, и только в 2014 году кто-то попытался его проверить.

     

    Джуда Л. Рознер, молекулярный биолог и генетик из Национальных институтов здравоохранения, написал письмо в журнал Microbe Magazine , настаивая на том, что более поздние оценки числа клеток человека далеки от 10 триллионов.

    На самом деле, подсчитать количество клеток для среднего человека было бы практически невозможно, как объясняет Эд Йонг:

    «По более поздним оценкам, отметил он, общее количество клеток человека составляет от 15 до 724 триллионов, а количество кишечных микробов — от 30 до 400 триллионов.Что дает соотношение, которое лучше всего выражается как ¯\_(ツ)_/¯.»

    Здесь на помощь приходит эталонный человек — сужение пола, возраста, веса и роста гипотетического человека значительно облегчило рецензентам вычисление среднего числа человеческих клеток.

    Для их эталонного человека это около 30 триллионов, по оценкам исследователей.

    Вдобавок к этому, Майло и его команда также обнаружили, что количество микробных клеток в толстой кишке, откуда Лаки получил свою первоначальную цифру, регулярно завышается в научной литературе.

     

    «[Когда] предыдущие исследования делали свои оценки, они использовали плотность бактерий на грамм «влажного содержимого» толстой кишки, умноженную на объем всего пищеварительного канала», — отметила Линдси Краточвилл в Popular Science. .

    «Но эти исследователи утверждают, что плотность бактерий в толстой кишке намного выше, чем в остальной части тракта, поэтому предположение, что весь пищеварительный канал заполнен бактериями так же, как толстая кишка, было бы излишним».

    Учитывая это, а также тот факт, что у нас в кишечнике гораздо более высокая концентрация бактерий, чем в других органах и частях тела (это означает, что вы не можете взять образец из толстой кишки и сказать, что он репрезентативен для всего тела). la Luckey), команда Майло на основе имеющихся данных представила обновленную и более точную с научной точки зрения оценку в 39 триллионов микробных клеток.

    Но даже это соотношение 1,3:1 — 39 триллионов микробных клеток на 30 триллионов клеток — не то, что мы должны цитировать в наших учебниках и научных статьях, как утверждает Эд Йонг.

    «Эти новые оценки могут быть лучшими, которые у нас есть в настоящее время, но исследования и цифры, которые собрал Майло, имеют свои собственные предубеждения и неопределенности», — говорит он.

    «Я бы предпочел вообще не упоминать какие-либо отношения — вам не нужно, чтобы они передавали важность микробиома.

    Обзор опубликован в PLOS One .

    Версия этой статьи была первоначально опубликована в 2016 году.

    Введение

    В ряде случаев мужское бесплодие связывают с бактериальными инфекциями половых путей (Gimenes et al., 2014), которые могут вызвать, среди прочего, воспаление тканей, обструкцию половых путей, эпидидимит и орхит.Более того, бактерии могут оказывать прямое негативное влияние на физиологию сперматозоидов, снижая их жизнеспособность или подвижность (Reichart et al., 2000; Hosseinzadeh et al., 2001; Baud et al., 2017), но истинное влияние бактериальных инфекций на мужскую фертильность сохраняется. спорный. Хотя ранее считалось, что бактериоспермия негативно связана с фертильностью, недавние исследования показывают, что присутствие бактерий в сперме встречается относительно часто, в том числе у фертильных лиц с нормальными параметрами спермы (Cottell et al., 2000; Родин и др., 2003). Как и в случае с другими участками человеческого тела, похоже, что сперма имеет специфическую микробиоту, и можно постулировать, что присутствие специфической бактериальной среды может быть не вредным, а необходимым для нормальной функции сперматозоидов (Hou et al., 2013; Weng et al. ., 2014; Мандар и др., 2015).

    По сравнению с другими участками тела микробиота семенной жидкости изучена минимально. Первоначальные исследования, основанные на культурально-зависимых методах, направленной ПЦР-амплификации последовательностей генов рибосомной РНК и микроскопии, недооценивали обилие бактерий в сперме и были сосредоточены в основном на обнаружении известных патогенов.С появлением секвенирования следующего поколения стало возможным выяснить бактериальный состав спермы с большей точностью и лучше понять ее взаимодействие с хозяином. Иммунная система хозяина может играть решающую роль в динамике микробиоты спермы, поскольку ее активация при инфекциях связана со значительными изменениями в составе микробиоты. ВИЧ-инфекция была связана со снижением разнообразия и богатства микробиоты спермы (Liu et al., 2014), в то время как более высокое видовое разнообразие в сперме наблюдалось у пациентов с простатитом по сравнению с контрольной группой, в дополнение к снижению относительной численности лактобацилл (Mändar и другие., 2017).

    При мужском бесплодии важно оценить, коррелируют ли специфические микробиологические сигнатуры со статусом фертильности человека. В первоначальном исследовании Хоу и соавт. (2013) выявили шесть кластеров микробиоты, ни один из которых не был конкретно связан с бесплодием. Однако присутствие Anaerococcus в сперме отрицательно ассоциировалось с ее качеством. Во втором исследовании бактериальный состав спермы был разделен на три группы, две из которых, преобладающие Pseudomonas и Prevotella , были связаны с аномальными параметрами спермы (Weng et al., 2014). В третьей группе с преобладанием Lactobacillus наблюдалась более высокая доля нормоспермических больных.

    Нехватка исследований требует дальнейших исследований влияния семенного микробиома на мужскую фертильность и бесплодие. В данной работе мы описываем бактериальный состав спермы 94 пациентов от бесплодных пар и его связь с мужской фертильностью. На основании анализа спермиограмм мы разделили субъектов на группы с нормоспермией и аномальными параметрами спермы, чтобы оценить, связана ли определенная микробиота или бактерии с аномальными параметрами спермы.Включенные пациенты были в основном европейцами, и микробиота семенной жидкости еще не исследовалась в этой популяции, за исключением исследования, включающего 20 человек (Mändar et al., 2015). Два вышеупомянутых исследования были проведены на пациентах азиатского происхождения (Китай и Тайвань соответственно), но из-за географической изменчивости микробиоты, наблюдаемой на разных участках тела (Suzuki and Worobey, 2014; Gupta et al., 2017) и противоречивые выводы, необходимо оценить влияние семенной микробиоты на функцию спермы в другой популяции.

    Материалы и методы

    Образцы спермы

    Образцы, проанализированные в этом исследовании, были получены в отделении медицины бесплодия Университетской больницы Лозанны в период с октября 2014 г. по июль 2016 г. Это исследование было проведено в соответствии с рекомендациями Кантональной комиссии по этике исследований человека в Во (CER-VD), согласно Федеральный закон Швейцарии об исследованиях с участием человека. Протокол утвержден ЦЭИ-ВД (протокол 265-14). Все пациенты были полностью проинформированы о проекте исследования и дали письменное согласие на участие в исследовании.Образцы обрабатывались для плановой оценки спермы в Лаборатории андрологии и репродуктивной биологии (ЛАБР) в соответствии с рекомендациями ВОЗ (Всемирная организация здравоохранения, 2010 г.). Сперму собирали после 2–5 дней полового воздержания путем мастурбации и исследовали после 30-минутного разжижения при 37°C. Образцы вручную оценивали по объему и рН, а затем оценивали с помощью оптической микроскопии концентрацию и морфологию. Концентрацию и подвижность (общую и прогрессивную) оценивали с помощью компьютерного инструмента анализа спермы CASA SCA (5.4, Microptic SL, Барселона, Испания). Для морфологии мазки окрашивали по методу Папаниколау и исследовали под микроскопом при 100-кратном увеличении.

    Экстракция ДНК и подготовка библиотеки

    Экстракцию ДНК

    из полных эякулятов проводили, как описано ранее (Baud et al., 2017). Кроме того, в исследование были включены два отрицательных контроля экстракции, в которых стерильные H 2 O обрабатывались так же, как и образцы. Вкратце, мини-набор QIAamp DNA (Qiagen AG, Базель, Швейцария) использовали в соответствии с протоколом производителя с добавлением 43 мМ DTT к буферу для лизиса.Бактериальную ДНК амплифицировали с использованием специальных праймеров со штрих-кодом, нацеленных на область V1-V2 гена 16S рРНК (F-27/R-338), с адаптерами для секвенирования Illumina, как описано ранее (Rapin et al., 2017). Каждый образец амплифицировали с использованием набора Kapa HiFi PCR Kit (KAPA Biosystems, Кейптаун, Южная Африка). Условия циклирования включали 3 мин денатурации при 95°С, 30 циклов по 30 с при 98°С, 30 с при 56°С и 1 мин 30 с при 72°С, заканчивавшихся заключительным этапом удлинения 5 мин при 72°С. °С. Ампликоны количественно определяли с использованием прибора LabChip GX (Perkin Elmer, Уолтем, Массачусетс, США), объединяли в эквимолярных количествах и очищали с использованием системы очистки гранул AMPure XP (Beckman Coulter).Библиотеку разводили до 12 пМ и добавляли 25% phiX перед загрузкой в ​​прибор Illumina MiSeq с использованием набора реагентов v2-500 (парные концы, 2×250) (Illumina, Сан-Диего, Калифорния, США).

    Предварительная обработка последовательностей 16S рРНК бактерий

    необработанных последовательности обрабатывали с использованием программного обеспечения Quantitative Insights in Microbial Ecology (QIIME, v1.9.1) (Caporaso et al., 2010). Парные прочтения прямого и обратного секвенирования были собраны с использованием fastq-соединения, демультиплексированы на основе их нуклеотидного штрих-кода и отфильтрованы по качеству (оценка качества Phred Q < 20, более 3 низкокачественных базовых вызовов, более 75% их исходной длины) .Обнаружение и удаление химер De novo выполняли с использованием usearch61 (Edgar, 2010). Демультиплексированные последовательности были объединены в оперативные таксономические единицы (OTU) с usearch61 при пороге идентичности 97% с использованием стратегии выбора закрытых эталонов по сравнению с 97% эталонной базой данных Greengenes (v13.5) (DeSantis et al., 2006). 78,56% из первоначальных 6 540 482 качественных и отфильтрованных химер чтений соответствовали эталонной базе данных. Образцы с менее чем 10 000 прочтений высокого качества (которые также включали отрицательный контроль извлечения) были исключены.Затем окончательная таблица OTU была нормализована с использованием одного разрежения на глубине 10 000 последовательностей. Все последующие анализы проводились на уровне рода с использованием статистического программного обеспечения R. Последовательности, о которых сообщается в этой статье, были депонированы в архиве чтения последовательностей Национального центра биотехнологической информации (инвентарный номер BioProject PRJNA509076).

    Кластеризация профилей микробиоты и тестирование разнообразия

    Альфа-разнообразие оценивали с использованием индексов chao1 и Shannon, рассчитанных в QIIME.Бета-разнообразие было визуализировано с использованием анализа основных координат (PCoA) по матрице расстояний Брея-Кертиса на уровне рода. Образцы были отнесены к профилям микробиоты с использованием алгоритма кластеризации Partitioning Around Medoid (PAM). Анализ сходства (ANOSIM) был выполнен с 999 случайными перестановками в одной и той же матрице расстояний Брея-Кертиса, чтобы проверить различия в составе микробиоты среди разных групп.

    Сетевой анализ совпадения и дифференциальное тестирование изобилия

    Структура сообщества микробиоты была оценена путем построения сетей совместной встречаемости наиболее распространенных родов (> 1% средней относительной численности в глобальном наборе данных) с использованием алгоритма разреженных корреляций для данных о составе (SparCC) (Friedman and Alm, 2012).Псевдо p -значения рассчитывали с использованием процедуры начальной загрузки с 999 случайными перестановками и 999 итерациями для каждого расчета SparCC. Значимые ассоциации были определены как положительные корреляции SparCC со значением p <0,05. Ненаправленная сеть, взвешенная по величине корреляции SparCC, была сгенерирована с использованием пакета igraph. Величина эффекта линейного дискриминантного анализа (LDA) (LEfSe) использовалась для идентификации дифференциально распространенных бактериальных родов среди параметров спермы.Бактериальные роды с показателем LDA > 2 и скорректированным значением p <0,05 считались значимыми (Segata et al., 2011).

    Количественная оценка общей бактериальной нагрузки

    Количественную оценку количества копий 16S рДНК проводили с использованием метода, описанного Castillo et al. (Кастильо и др., 2006). Мы использовали универсальный набор KAPA SYBR ® FAST (KAPA Biosystems), следуя протоколу производителя и используя 300 нМ обоих праймеров F-tot (5′-GCAGGCCTAACACATGCAAGTC-3′) и R-tot (5′-CTGCCTGCCTCCCGTAGGAGT-3′). ).

    Статистический анализ

    Различия в бактериальной нагрузке, богатстве и разнообразии оценивались с использованием непараметрического критерия Крускала-Уоллиса с последующим апостериорным критерием суммы рангов Уилкоксона с коррекцией непрерывности. Альфа-уровень значимости был установлен на 0,05 для всех статистических тестов со значениями p <0,05, <0,01 и <0,001, представленными как , ∗∗ и ∗∗∗ соответственно.

    Результаты

    Исследуемая группа

    Все мужчины в целом были в хорошем состоянии, без продолжающихся урогенитальных осложнений или заболеваний, передающихся половым путем.Ни один из них не проходил лечение антибиотиками во время отбора проб. Среди 94 мужчин, включенных в исследование, 26 имели нормальные параметры спермограммы, в то время как 68 имели один или несколько аномальных параметров (общее количество сперматозоидов, концентрация сперматозоидов, прогрессирующая подвижность сперматозоидов, общая подвижность сперматозоидов и морфология сперматозоидов) в соответствии с рекомендациями ВОЗ (Дополнительное Таблица 1). Схематическое представление стратификации выборки показано на рисунке 1.

    Рис. 1. Схематическое изображение стратификации выборки. В дополнение к статусу спермиограммы пять категорий, включая общее количество сперматозоидов, концентрацию сперматозоидов, общую подвижность, прогрессирующую подвижность и морфологию, были проанализированы независимо путем сравнения нормальных и аномальных значений. Для категорий концентрации сперматозоидов и прогрессивной подвижности аномальные значения были дополнительно разделены на два класса (аномальные и тяжелые). Нижние контрольные пределы, установленные ВОЗ, указаны для каждой категории.

    Отдельные профили микробиоты в сперме

    Большинство образцов содержали 10 4 –10 5 копий 16S рРНК на мл спермы (табл. 1).В целом, наиболее обильные бактериальные розы в образцах спермы включали в себя элементы актинобактерий ( CORYNEBACTERIUM ), бактерииа ( prevotella ), укрепляющие ( Lactobacilus , Streptococcus , Staphylocccus , PlanCocoldia ), и Proteobacteria ( Haemophilus , Burkholderia ) фила. Все образцы были сгруппированы в три профиля микробиоты (рис. 2А). Они характеризовались обогащением представителей рода Prevotella для профиля 1 (медиана относительной численности 17%), родов Lactobacillus для профиля 2 (медиана относительной численности 37%) и сбалансированным представлением родов в профиле 3.Анализ альфа-разнообразия показал, что профиль микробиоты 3 демонстрирует наибольшее богатство и разнообразие (рис. 2B, C). Кроме того, общую бактериальную нагрузку оценивали с помощью количественной ПЦР с направленными панбактериальными праймерами 16S. Интересно, что бактериальная нагрузка была самой высокой в ​​образцах , обогащенных Prevotella ( p <0,05 и <0,001 ∗∗∗ по сравнению с профилями 2 и 3 соответственно) (рис. 2D).

    Таблица 1. Подробная информация об общей информации, параметрах спермиограммы и бактериальной нагрузке 16S рРНК в группах нормальных и аномальных спермиограмм.

    Рисунок 2. Характеристика профилей микробиоты спермы. (A) График показателей анализа основных координат (PCoA) на расстоянии Брея-Кертиса на таксономическом уровне рода, где каждая точка представляет отдельного пациента, что объясняет 19% (ось x) и 12% (ось y) дисперсии соответственно. Цвета обозначают профиль микробиоты, определяемый беспристрастной кластеризацией Partitioning Around Medoid (PAM) с пунктирной линией, представляющей связь с центроидом кластера. (B) Коробчатая диаграмма, сравнивающая богатство профилей микробиоты, измеренное индексом chao1. (C) Блочная диаграмма, сравнивающая разнообразие профилей микробиоты, измеренное индексом chao1. (D) Коробчатая диаграмма, сравнивающая общую бактериальную нагрузку профилей микробиоты, определенную с помощью Pan 16S qPCR. Каждая точка представляет отдельного пациента со средним квадратным графиком, указывающим среднее плюс или минус стандартное отклонение. Статистика представляет собой результат постфактум одностороннего критерия суммы рангов Уилкоксона.

    Структура сообщества микробиоты спермы

    Наша следующая цель состояла в том, чтобы исследовать структуру сообщества микробиоты спермы и взаимодействия с использованием сетевого анализа совместной встречаемости (рис. 3). Сеть взаимодействия состояла из 21 узла (наиболее распространенные роды бактерий, средняя относительная численность > 1%), соединенных 26 ребрами, как определено алгоритмом SparCC. Эти роды сгруппированы в три основных модуля взаимодействия, определенные здесь как группа, состоящая как минимум из 3 взаимосвязанных родов бактерий.Модуль 1 состоял из строго анаэробных родов ( Prevotella, Finegoldia, Campylobacter, Actinomyces, Fusobacterium, Dialister, Peptoniphilus ), тогда как модуль 2 содержал факультативные анаэробы ( Lactobacillus , Gardnerella , Ureaplasma ). Наконец, модуль 3 включал как строгие, так и факультативные анаэробы ( Staphylococcus , Corynebacterium , Propionibacterium , Planocaccaceae и Delftia ).

    Рисунок 3. Сеть взаимодействия наиболее распространенных родов (> 1% средней относительной численности) с использованием алгоритма SparCC. Соединяющие ребра представляют значительные взаимодействия (одностороннее p -значение <0,05) с толщиной, пропорциональной значениям совпадения SparCC. Узлы имеют размер в соответствии со средней относительной численностью соответствующего рода в наборе данных. Элементы модуля взаимодействия 1, 2 и 3 выделены красным, зеленым и желтым цветом соответственно.

    Влияние конкретных родов на параметры спермы

    Для оценки влияния микробиоты на качество спермы пациенты были разделены на группы с нормоспермией и аномалиями на основании параметров спермограммы (рис. 1). Мы не наблюдали никакой разницы в показателях альфа-разнообразия (богатство и разнообразие) между двумя основными фенотипами (таблица 2А). Так же обстояло дело и при стратификации пациентов по характерным дефектам спермиограммы за исключением незначительного повышения индекса chao1 в группе с аномальным параметром общей подвижности (Крускал-Уоллис или Хи-квадрат, p = 0.02 ) (табл. 2А). Затем мы использовали ANOSIM на матрице расстояний Брея Кертиса, чтобы сравнить состав микробиоты между двумя основными фенотипами и подгруппами, специфичными для дефектов (таблица 2B). Общий состав микробиоты между группами не различался (таблица 2 и рисунок 4А).

    Таблица 2А. Резюме анализов альфа-разнообразия.

    Таблица 2В. Сводка результатов анализа бета-разнообразия.

    Рисунок 4. Различно распространенные роды бактерий с параметрами спермы. (A) Тепловая карта наиболее распространенных родов (> 1% средней относительной численности) с соответствующей дендрограммой сцепления Уорда, основанной на матрице расстояний Брея Кертиса на уровне рода. Каждый столбец представляет отдельный образец и полосу цветовой шкалы, указывающую относительную численность операционной таксономической единицы (OTU). Образцы, сгруппированные по спермиограмме и профилю микробиоты (1- Prevotella -обогащенные, 2- Lactobacillus -обогащенные и 3-полимикробные) указаны в аннотациях столбцов.OTU маркируются на основе их типа (p), класса (c), порядка (o), семейства (f) и рода (g). (B) Гистограмма, представляющая дифференциально распространенные роды бактерий, как определено с помощью анализа размера эффекта линейного дискриминантного анализа (LEfSe), сравнивающего группы спермиограмм. (C) Тот же анализ, сравнивающий группы с общей подвижностью. (D) Тот же анализ, сравнивающий морфологические группы. Каждая полоса окрашена в соответствии с ее принадлежностью к нормальной (зеленый) или ненормальной (красный) группе.

    Наконец, мы использовали размер эффекта линейного дискриминантного анализа (LEfSe) для выявления дифференциально распространенных родов среди групп.Бактерии рода Prevotella были значительно обогащены в группе с аномальными параметрами спермограммы (рис. 4В). С другой стороны, бактерий рода Staphylococcus были значительно обогащены в нормоспермической группе. Чтобы дополнительно проанализировать взаимосвязь между дискретными параметрами спермиограммы и численностью конкретных родов, мы провели аналогичный анализ с использованием подгрупп, специфичных для дефектов. Мы обнаружили, что два вышеупомянутых рода были связаны с различиями в общей подвижности сперматозоидов (рис. 4С).Более того, было обнаружено, что относительная численность рода Lactobacillus выше в образцах с нормальной морфологией сперматозоидов по сравнению с соответствующей контрольной группой (рис. 4D).

    Обсуждение

    В этом исследовании мы исследовали микробный состав спермы мужчин с нормальными и аномальными параметрами спермограммы. Бактериоспермия ранее считалась патологическим состоянием и ассоциировалась с бесплодием, но несколько недавних исследований показали, что сперма фертильных мужчин содержит уникальную микробиоту (Hou et al., 2013; Лю и др., 2014; Венг и др., 2014; Зозая и др., 2016). Учитывая ограниченное количество исследований, до сих пор неясно, может ли присутствие определенных бактериальных сообществ влиять на функцию сперматозоидов. В настоящее время нет четкого консенсуса относительно наиболее подходящей гипервариабельной области гена 16S рРНК для секвенирования, каждая из которых имеет свои преимущества и ограничения. Поскольку в двух знаковых исследованиях семенной микробиоты (Hou et al., 2013; Weng et al., 2014) для секвенирования использовались области V1-V2, мы решили следовать той же стратегии, которая позволила нам напрямую сравнить наши результаты.

    Мы определили три широких профиля микробиоты с различиями в богатстве, разнообразии и общей бактериальной нагрузке. Два из них характеризовались обогащением одним конкретным родом, Prevotella и Lactobacillus соответственно. Третья группа не имела преобладающего рода (полимикробные). Это согласуется с предыдущими наблюдениями, сделанными в тайваньском исследовании (Weng et al., 2014), в котором аналогичным образом были идентифицированы три типа сообществ семенной микробиоты, два из которых соответствуют представленным здесь ( Lactobacillus -преобладающая группа и Prevotella — преобладающая группа).Кроме того, Хоу и соавт. (2013) также наблюдали отдельные кластеры семенной микробиоты, причем Lactobacillus и Prevotella были одними из наиболее представленных родов в их исследовании. Тот факт, что три исследования независимо определили сопоставимые профили микробиоты, убедительно подтверждает наличие высококонсервативных сигнатур микробиоты спермы среди различных групп населения мира.

    Используя сетевой анализ совместной встречаемости, мы определили три основных модуля, потенциально отражающих микробные взаимодействия в семенных жидкостях.Интересно, что модуль 1 и модуль 2 состояли из членов, ранее идентифицированных как часть комменсальной вагинальной флоры ( Prevotella, Lactobacillus, Finegoldia, Campylobacter, Actinomyces, Fusobacterium, Dialister, Peptoniphilus, Lactobacillus , Gardnerella ) (Ravel et al., 2011), а модуль 3 содержал роды, характерные для микробиоты кожи ( Corynebacterium , Staphylococcus , Planococcaceae , Propionibacterium , Delftia ) (Grice et al., 2009). Тот факт, что модули 1 и 2 содержали роды с одинаковыми потребностями в кислороде (строгие анаэробы против факультативных анаэробов соответственно), предполагает, что семенная жидкость может предлагать различные условия окружающей среды, способствующие выживанию определенных микробных популяций со схожими потребностями. Мы не наблюдали каких-либо существенных различий в составе или разнообразии микробиоты с параметрами спермы. Однако анализ LEfSe пролил свет на тонкие изменения в относительной численности определенных родов бактерий.Род Prevotella был обогащен аномальной группой (как минимум один дефектный параметр), тогда как Staphylococcus был связан с образцами с нормальными спермиограммами. Это наблюдение подтвердилось при группировке образцов по общей подвижности, что указывает на то, что на этот параметр больше всего влияют бактерии. Интересно, что образцы, обогащенные Prevotella , имели самую высокую бактериальную нагрузку, и представители этого рода тесно связаны с бактериальным вагинозом у женщин (Zozaya-Hinchliffe et al., 2010; Шринивасан и др., 2013 г.; Венг и др., 2014).

    Мы также наблюдали, что образцы с нормальной морфологией были значительно обогащены Lactobacillus рода . Ранее сообщалось о лактобациллах в нормоспермических образцах, и известно, что они положительно влияют на вагинальную экосистему (Younes et al., 2017). Кроме того, было показано, что воздействие лактобацилл на сперматозоиды положительно влияет на их подвижность и жизнеспособность (Barbonetti et al., 2011). Эти наблюдения согласуются с предыдущими культуральными исследованиями, в которых нормоспермическая микрофлора ассоциировалась с присутствием грамположительных бактерий (лактобактерий, коагулазонегативных стафилококков, стрептококков) (Иванов и соавт., 2009; Мандар, 2013).

    Таким образом, мы обнаружили, что сперма содержит уникальные профили микробиоты, которые, по-видимому, сохраняются во всех человеческих популяциях. Многие из родов бактерий, выявленных в этом исследовании, ранее были связаны с вагинальной микробиотой. Это неудивительно, поскольку обмен микроорганизмами происходит во время полового акта (Mändar et al., 2015). По аналогии с вагинальным аналогом, более низкое разнообразие семенной микробиоты, по-видимому, связано со здоровым состоянием, что, по-видимому, не относится к другим участкам тела, включая кишечник, легкие или кожу.Сетевой анализ показал, что бактериальные роды сгруппированы в модули с одинаковыми потребностями в кислороде, что указывает на различное семенное микроокружение. Можно предположить, что микробиота может влиять на среду, в которой созревают сперматозоиды, тем самым влияя на их физиологию. Хотя мы не наблюдали существенных различий в общем бактериальном составе и разнообразии в зависимости от качества спермы, мы обнаружили, что дифференциальная численность определенных родов бактерий, таких как Prevotella, Staphylococcus и Lactobacillus , коррелирует с подвижностью сперматозоидов и недостатками морфологии.Наши результаты требуют дальнейших исследований бактериальной колонизации урогенитального тракта и, как и в случае с женскими репродуктивными путями, открывают потенциальные ниши для пробиотических терапевтических возможностей (Anahtar et al., 2018).

    Вклад авторов

    DB, NV, BM и MS разработали экспериментальный проект. ДБ и НВ собрали биологические образцы. DB, CP, VC и MS обрабатывали образцы в лаборатории. CP обработал и проанализировал данные секвенирования. DB, CP, NV, BM и MS интерпретировали данные, подготовили рисунки и таблицы и написали рукопись.Все авторы прочитали и одобрили окончательный вариант рукописи.

    Финансирование

    Эта работа была поддержана отделением акушерства и гинекологии Университетской больницы Лозанны, Швейцария, а также номерами грантов SNSF 310030-156169/1, 320030-169853/1 и 320030-169853/2, приписанными DB. DB также был поддержан «Фондом Линаардса» через «Биржу академических исследований», «Фонд Дивеса» и «Романская лотерея».

    Заявление о конфликте интересов

    Авторы заявляют, что исследование проводилось при отсутствии каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могли бы быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.

    Благодарности

    Мы благодарим всех медсестер и врачей, принявших участие в этом исследовании. Их участие было необходимо для всего процесса. Это исследование было частично представлено на Ежегодном конгрессе Швейцарского общества микробиологии 2018 г., который проходил в Лозанне 28–30 августа 2018 г.

    Дополнительный материал

    Дополнительный материал к этой статье можно найти в Интернете по адресу: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2019.00234/full#supplementary-material

    .

    Ссылки

    Анахтар, М.Н., Гутенберг Д. Б., Митчелл К. М. и Квон Д. С. (2018). Цервиковагинальная микробиота и репродуктивное здоровье: достоинство простоты. Микроб-хозяин клетки 23, 159–168. doi: 10.1016/j.chom.2018.01.013

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Barbonetti, A., Cinque, B., Vassallo, M.R.C., Mineo, S., Francavilla, S., Cifone, M.G., et al. (2011). Влияние вагинальных пробиотических лактобацилл на индуцированное in vitro перекисное окисление липидов сперматозоидов и его влияние на подвижность и жизнеспособность сперматозоидов. Плодородный. Стерильно. 95, 2485–2488. doi: 10.1016/j.fertnstert.2011.03.066

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Бод, Д., Вуллимоз, Н., Аммердорфер, А., Гигер, Дж., Греуб, Г., Кастелла, В., и соавт. (2017). Waddlia chondrophila, родственная Chlamydia бактерия, оказывает негативное влияние на сперматозоиды человека. Гул. Воспр. 33, 1–8. doi: 10.1093/humrep/dex342

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Капорасо, Дж.G., Kuczynski, J., Stombaugh, J., Bittinger, K., Bushman, F.D., Costello, E.K., et al. (2010). QIIME позволяет анализировать данные секвенирования с высокой пропускной способностью. Нац. Методы 7, 335–336. doi: 10.1038/nmeth.f.303

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Кастильо М., Мартин-Оруэ С. М., Мансанилья Э. Г., Бадиола И., Мартин М. и Гаса Дж. (2006). Количественное определение общего количества бактерий, энтеробактерий и лактобацилл в пищеварительном тракте свиней с помощью ПЦР в реальном времени. Вет. микробиол. 114, 165–170. doi: 10.1016/j.vetmic.2005.11.055

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Коттелл, Э., Харрисон, Р.Ф., Маккаффри, М., Уолш, Т., Мэллон, Э., и Барри-Кинселла, К. (2000). Являются ли микроорганизмы семенной жидкости важными или просто загрязняющими веществами? Плодородный. Стерильно. 74, 465–470. doi: 10.1016/S0015-0282(00)00709-3

    Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

    ДеСантис, Т. З., Хугенхольц, П., Ларсен Н., Рохас М., Броди Э.Л., Келлер К. и соавт. (2006). Greengenes, проверенная химера база данных генов 16S рРНК и рабочая среда, совместимая с ARB. Заяв. Окружающая среда. микробиол. 72, 5069–5072. doi: 10.1128/AEM.03006-05

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Гименес, Ф., Соуза, Р. П., Бенто, Дж. К., Тейшейра, Дж. Дж. В., Мария-Энглер, С. С., Бонини, М. Г., и соавт. (2014). Мужское бесплодие: проблема общественного здравоохранения, вызванная возбудителями, передающимися половым путем. Нац. Преподобный Урол. 11, 672–687. doi: 10.1038/nrurol.2014.285

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Грайс, Э.А., Конг, Х.Х., Конлан, С., Деминг, С.Б., Дэвис, Дж., Янг, А.С., и соавт. (2009). Топографическое и временное разнообразие микробиома кожи человека. Наука 324, 1190–1192. doi: 10.1126/science.1171700

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Гупта, В.К., Пол, С., и Датта, К.(2017). География, этническая принадлежность или специфические для средств к существованию различия в составе и разнообразии микробиома человека. Фронт. микробиол. 8:1162. doi: 10.3389/fmicb.2017.01162

    Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

    Хоссейнзаде, С., Брюис, И. А., Эли, А., и Пейси, А. А. (2001). Совместная инкубация сперматозоидов человека с Chlamydia trachomatis серовара E вызывает преждевременную гибель сперматозоидов. Гул. Воспр. 16, 293–299. doi: 10.1093/humrep/16.2.293

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Хоу, Д., Zhou, X., Zhong, X., Settles, M.L., Herring, J., Wang, L., et al. (2013). Микробиота семенной жидкости здоровых и бесплодных мужчин. Плодородный. Стерильно. 100, 1261.e3–1269.e3. doi: 10.1016/j.fertnstert.2013.07.1991

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Иванов И.Б., Кузьмин М.Д., Гриценко В.А. (2009). Микрофлора семенной жидкости здоровых мужчин и мужчин, страдающих синдромом хронического простатита. Междунар. Дж. Андрол. 32, 462–467.doi: 10.1111/j.1365-2605.2008.00878.x

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Liu, C.M., Osborne, B.J.W., Hungate, B.A., Shahabi, K., Huibner, S., Lester, R., et al. (2014). Микробиом спермы и его связь с местной иммунологией и вирусной нагрузкой при ВИЧ-инфекции. PLoS Pathog. 10:e1004262. doi: 10.1371/journal.ppat.1004262

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Мяндар Р., Пунаб М., Боровкова Н., Лапп Э., Киикер Р., Корровиц П. и соавт. (2015). Комплементарный семиновагинальный микробиом у пар. Рез. микробиол. 166, 440–447. doi: 10.1016/j.resmic.2015.03.009

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Мандар Р., Пунаб М., Корровиц П., Тюрк С., Аусмеес К., Лапп Э. и др. (2017). Семенной микробиом у мужчин с простатитом и без него. Междунар. Дж. Урол. 24, 211–216. doi: 10.1111/iju.13286

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Рапин А., Паттарони, К., Марсленд, Б.Дж., и Харрис, Н.Л. (2017). Анализ микробиоты с использованием платформы Illumina MiSeq для секвенирования генов 16S рРНК. Курс. протокол Биол мыши. 7, 100–129. doi: 10.1002/cpmo.29

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Равель, Дж., Гайер, П., Абдо, З., Шнайдер, Г.М., Кениг, С.С.К., Маккалле, С.Л., и соавт. (2011). Вагинальный микробиом женщин репродуктивного возраста. Проц. Натл. акад. науч. США 108 (Приложение 1), 4680–4687.doi: 10.1073/pnas.1002611107

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Райхарт М., Кахане И. и Бартув Б. (2000). In vivo и in vitro нарушение целостности ядерного хроматина сперматозоидов человека и барана в результате передачи инфекции Ureaplasma urealyticum , передающейся половым путем. биол. Воспр. 63, 1041–1048. doi: 10.1095/biolreprod63.4.1041

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Роден, Д. М., Лароне, Д.и Гольдштейн, М. (2003). Взаимосвязь между культурами спермы, лейкоспермией и анализом спермы у мужчин, проходящих оценку фертильности. Плодородный. Стерильно. 79 (Прил. 3), 1555–1558. doi: 10.1016/S0015-0282(03)00340-6

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Сегата, Н., Изард, Дж., Уолдрон, Л., Геверс, Д., Миропольски, Л., Гарретт, В.С., и соавт. (2011). Открытие и объяснение метагеномных биомаркеров. Геном Биол. 12:R60. doi: 10.1186/gb-2011-12-6-r60

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Шринивасан, С., Morgan, M.T., Liu, C., Matsen, F.A., Hoffman, N.G., Fiedler, T.L., et al. (2013). Больше, чем кажется на первый взгляд: ассоциации вагинальных бактерий с морфотипами окраски по Граму с использованием молекулярно-филогенетического анализа. PLoS One 8:e78633. doi: 10.1371/journal.pone.0078633

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Weng, S.-L., Chiu, C.-M., Lin, F.-M., Huang, W.-C., Liang, C., Yang, T., et al. (2014). Бактериальные сообщества в сперме мужчин бесплодных пар: метагеномное секвенирование выявляет связь семенной микробиоты с качеством спермы. PLoS One 9:e110152. doi: 10.1371/journal.pone.0110152

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Всемирная организация здравоохранения (2010 г.). Лабораторное руководство ВОЗ по исследованию и обработке спермы человека , 5-е изд. Женева: ВОЗ Press.

    Академия Google

    Юнес, Дж. А., Ливенс, Э., Хуммелен, Р., ван дер Вестен, Р., Рейд, Г., и Петрова, М. И. (2017). Женщины и их микробы: неожиданная дружба. Тенденции микробиол. 26, 16–32. doi: 10.1016/j.tim.2017.07.008

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Зозая, М., Феррис, М. Дж., Сирен, Дж. Д., Лиллис, Р., Майерс, Л., Нсуами, М. Дж., и соавт. (2016). Бактериальные сообщества в коже полового члена, мужской уретре и влагалище гетеросексуальных пар с бактериальным вагинозом и без него. Микробиом 4:16. doi: 10.1186/s40168-016-0161-6

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Зозая-Хинчлифф, М., Лиллис, Р., Мартин, Д.Х., и Феррис, М.Дж. (2010). Количественная ПЦР-оценка видов бактерий у женщин с бактериальным вагинозом и без него. Дж. Клин. микробиол. 48, 1812–1819 гг. doi: 10.1128/JCM.00851-09

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Влияние диеты на микробиом кишечника и последствия для здоровья человека | Journal of Translational Medicine

  • Gill SR, Pop M, DeBoy RT, Eckburg PB, Turnbaugh PJ, Samuel BS, et al.Метагеномный анализ микробиома дистального отдела кишечника человека. Наука. 2006; 312:1355–9. http://www.sciencemag.org/cgi/doi/10.1126/science.1124234.

  • Флинт Х.Дж., Дункан С.Х., Скотт К.П., Луис П. Взаимодействие и конкуренция в микробном сообществе толстой кишки человека: связь между диетой и здоровьем. Окружающая среда микробиол. 2007; 9: 1101–11.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Уокер А.В., Инс Дж., Дункан С.Х., Вебстер Л.М., Холтроп Г., Зе Х и др.Доминирующие и чувствительные к диете группы бактерий в микробиоте толстой кишки человека. ISME J. 2011; 5: 220–30.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Арумугам М., Раес Дж., Пеллетье Э., Ле Паслье Д., Ямада Т., Менде Д.Р. и др. Энтеротипы микробиома кишечника человека. Природа. 2011; 473:174–80. http://www.nature.com/doifinder/10.1038/nature09944.

  • Курокава К., Ито Т., Кувахара Т., Осима К., Тох Х., Тойода А. и др.Сравнительная метагеномика выявила обычно обогащенные наборы генов в микробиомах кишечника человека. Рез. ДНК 2007; 14:169–81.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Уолтер Дж., Лей Р. Микробиом кишечника человека: экология и недавние эволюционные изменения. Анну Рев Микробиол. 2011;65:411–29.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Бекхед Ф., Лей Р.Э., Зонненбург Дж.Л., Петерсон Д.А., Гордон Дж.И.Хозяин-бактериальный мутуализм в кишечнике человека. Наука. 2005; 307:1915–20.

    ПабМед Статья КАС Google ученый

  • Topping DL, Clifton PM. Короткоцепочечные жирные кислоты и функция толстой кишки человека: роль устойчивого крахмала и некрахмальных полисахаридов. Physiol Rev. 2001; 81: 1031–64.

    КАС пабмед Google ученый

  • Лундин А., Бок С.М., Аронссон Л., Бьёркхольм Б., Густафссон Дж.А., Потт С. и др.Кишечная флора, толл-подобные рецепторы и ядерные рецепторы: трехсторонняя связь, которая настраивает врожденный иммунитет в толстой кишке. Клеточная микробиология. 2008; 10:1093–103.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Ли Ю.К., Мазманян С.К. Сыграла ли микробиота критическую роль в эволюции адаптивной иммунной системы? Наука. 2010; 330:1768–73. http://www.sciencemag.org/cgi/doi/10.1126/science.1195568.

  • Белкаид Ю., Хэнд Т.В.Роль микробиоты в иммунитете и воспалении. Клетка. 2014; 157:121–41. http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0092867414003456.

  • Noverr MC, Huffnagle GB. Регулирует ли микробиота иммунные реакции вне кишечника? Тенденции микробиол. 2004; 12: 562–8.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Дэвид Л.А., Морис С.Ф., Кармоди Р.Н., Гутенберг Д.Б., Баттон Дж.Е., Вулф Б.Е. и др. Диета быстро и воспроизводимо изменяет микробиом кишечника человека.Природа. 2014;505:559–63.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Voigt RM, Forsyth CB, Green SJ, Mutlu E, Engen P, Vitaterna MH, et al. Циркадная дезорганизация изменяет кишечную микробиоту. ПЛОС ОДИН. 2014;9:e97500.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • Эрли З.М., Ахтар С., Грин С.Дж., Накиб А., Хан О., Кэннон А.Р. и др.Ожоговая травма изменяет кишечный микробиом и увеличивает проницаемость кишечника и бактериальную транслокацию. ПЛОС ОДИН. 2015;10:e0129996. http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0129996.

  • Лукас Лопес Р., Гранде Бургос М.Дж., Гальвес А., Перес Пулидо Р. Желудочно-кишечный тракт человека и микробиота полости рта при воспалительных заболеваниях кишечника: обзор состояния науки. АПМИС. 2017. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/apm.12609/abstract.

  • Schäffler H, Herlemann DP, Alberts C, Kaschitzki A, Bodammer P, Bannert K, et al.Прикрепленное к слизистой оболочке бактериальное сообщество при болезни Крона согласуется с индексом клинической активности заболевания. Environ Microbiol Rep. 2016; 8: 614–21.

    Артикул Google ученый

  • Smith PM, Howitt MR, Pannikov N, Michaud M, Gallini CA, Bohlooly-Y M, et al. Микробные метаболиты, жирные кислоты с короткой цепью, регулируют гомеостаз treg-клеток толстой кишки. Наука. 2013; 341: 569–73.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Гринблюм С., Тернбо П.Дж., Боренштейн Э.Биология метагеномных систем микробиома кишечника человека выявляет топологические сдвиги, связанные с ожирением и воспалительными заболеваниями кишечника. Proc Natl Acad Sci. 2012;109:594–9. http://www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.1116053109.

  • Schicho R, Marsche G, Storr M. Сердечно-сосудистые осложнения при воспалительных заболеваниях кишечника. Curr Цели наркотиков. 2015;16:181–8.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Ву Х.Дж., Иванов И.И., Дарсе Дж., Хаттори К., Шима Т., Умесаки Ю. и др.Находящиеся в кишечнике сегментированные нитчатые бактерии вызывают аутоиммунный артрит через Т-хелперные клетки 17. Иммунитет. 2010;32:815–27.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Qin J, Li Y, Cai Z, Li S, Zhu J, Zhang F, et al. Метагеномное ассоциативное исследование микробиоты кишечника при диабете 2 типа. Природа. 2012; 490:55–60.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Тернбо П.Дж., Лей Р.Е., Маховальд М.А., Магрини В., Мардис Э.Р., Гордон Д.И.Связанный с ожирением кишечный микробиом с повышенной способностью собирать энергию. Природа. 2006; 444:1027–31.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Koeth RA, Wang Z, Levison BS, Buffa JA, Org E, Sheehy BT, et al. Метаболизм кишечной микробиоты L-карнитина, питательного вещества в красном мясе, способствует атеросклерозу. Нат Мед. 2013; 19: 576–85.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Пистоллато F и др.Роль кишечной микробиоты и питательных веществ в формировании амилоида и патогенезе болезни Альцгеймера. Nutr Rev. 2016; 74: 624–34.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Ву Г.Д., Чен Дж., Хоффманн С., Биттингер К., Чен Ю.Ю., Кейлбо С.А. и др. Связь долгосрочных моделей питания с кишечными микробными энтеротипами. Наука. 2011; 334:105–8.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Hentges DJ, Maier BR, Burton GC, Flynn MA, Tsutakawa RK.Влияние диеты с высоким содержанием говядины на фекальную бактериальную флору человека. Рак Рез. 1977; 37: 568–71.

    КАС пабмед Google ученый

  • Кларк С.Ф., Мерфи Э.Ф., О’Салливан О., Люси А.Дж., Хамфрис М., Хоган А. и др. Упражнения и связанные с ними экстремальные диеты влияют на микробное разнообразие кишечника. Кишка. 2014;63:1913–20.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Редди Б.С., Вайсбургер Д.Х., Уиндер Э.Л.Влияние диет с высоким и низким риском канцерогенеза толстой кишки на фекальную микрофлору и стероиды у человека. Дж Нутр. 1975; 105: 878–84.

    КАС пабмед Google ученый

  • Котийяр А., Кеннеди С.П., Конг Л.С., Прифти Э., Понс Н., Ле Шателье Э. и др. Диетическое вмешательство влияет на богатство микробных генов кишечника. Природа. 2013; 500: 585–8.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Свентецка Д., Доминика С., Нарбад А., Арьян Н., Риджуэй К.П., Карин Р.П. и др.Исследование влияния гликированных белков гороха на кишечные бактерии человека. Int J Food Microbiol. 2011; 145: 267–72.

    ПабМед Статья КАС Google ученый

  • Меддах А.Т., Язурх А., Десмет И., Рисбур Б., Верстрате В., Ромонд М.Б. Регуляторные эффекты сывороточного ретентата из кисломолочных бифидобактерий на микробиоту симулятора микробной экосистемы кишечника человека (SHIME). J Appl Microbiol. 2001;91:1110–7.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Romond MB, Ais A, Guillemot F, Bounouader R, Cortot A, Romond C. Бесклеточная сыворотка из молока, ферментированного с помощью Bifidobacterium breve C50, используемая для изменения микрофлоры толстой кишки здоровых людей. Дж. Молочная наука. 1998; 81: 1229–35.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Ким Ч., Пак Дж., Ким М.Короткоцепочечные жирные кислоты кишечной микробиоты, Т-клетки и воспаление. Иммунная сеть. 2014;14:277. http://synapse.koreamed.org/DOIx.php?id=10.4110/in.2014.14.6.277.

  • Де Филиппо С., Кавальери Д., Ди Паола М., Рамазотти М., Пулле Дж. Б., Массарт С. и др. Влияние диеты на формирование микробиоты кишечника, выявленное сравнительным исследованием детей из Европы и сельских районов Африки. Proc Natl Acad Sci USA. 2010; 107:14691–6.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Russell WR, Gratz SW, Duncan SH, Holtrop G, Ince J, Scobbie L, et al.Диеты с высоким содержанием белка и низким содержанием углеводов способствуют формированию профилей метаболитов, которые, вероятно, вредны для здоровья толстой кишки. Am J Clin Nutr. 2011;93:1062–72.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Канг С., Денман С.Е., Моррисон М., Ю З., Доре Дж., Леклерк М. и др. Дисбактериоз фекальной микробиоты у больных болезнью Крона по данным пользовательского филогенетического микрочипа. Воспаление кишечника Dis. 2010;16:2034–42. http://контент.wkhealth.com/linkback/openurl?sid=WKPTLP:landingpage&an=00054725-201012000-00009.

  • Eeckhaut V, Machiels K, Perrier C, Romero C, Maes S, Flahou B, et al. Butyricicoccus pullicaecorum при воспалительных заболеваниях кишечника. Кишка. 2013;62:1745–52. http://gut.bmj.com/cgi/doi/10.1136/gutjnl-2012-303611.

  • Machiels K, Joossens M, Sabino J, De Preter V, Arijs I, Eeckhaut V, et al. Снижение содержания бутиратпродуцирующих видов Roseburia hominis и Faecalibacterium prausnitzii определяет дисбактериоз у больных язвенным колитом.Кишка. 2014;63:1275–83. http://gut.bmj.com/cgi/doi/10.1136/gutjnl-2013-304833.

  • Jantchou P, Morois S, Clavel-Chapelon F, Boutron-Ruault M-C, Carbonnel F. Потребление животного белка и риск воспалительного заболевания кишечника: проспективное исследование E3N. Am J Гастроэнтерол. 2010;105:2195–201.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • ДеФилиппис Ф., Пеллегрини Н., Ваннини Л., Джеффри И.Б., Ла Сториа А., Лаги Л. и др.Приверженность средиземноморской диете на высоком уровне благотворно влияет на микробиоту кишечника и связанный с ней метаболом. Кишка. 2015: Гутджинл-2015. http://gut.bmj.com/lookup/doi/10.1136/gutjnl-2015-309957.

  • Левин М.Е., Суарес Дж.А., Брандхорст С., Баласубраманян П., Ченг К.В., Мадиа Ф. и др. Низкое потребление белка связано со значительным снижением IGF-1, рака и общей смертности в 65 лет и моложе, но не в старшем населении. Клеточный метаб. 2014;19:407–17.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Spady DK, Woollett LA, Dietschy JM.Регуляция уровня холестерина ЛПНП в плазме с помощью пищевого холестерина и жирных кислот. Анну Рев Нутр. 1993; 13: 355–81.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Стамлер Дж., Дэвиглус М.Л., Гарсайд Д.Б., Дайер А.Р., Гренландия П., Нитон Д.Д. Взаимосвязь исходных уровней холестерина в сыворотке в 3 больших когортах молодых мужчин с долгосрочной смертностью от коронарных, сердечно-сосудистых и всех причин, а также с продолжительностью жизни. ДЖАМА. 2000; 284:311–8.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Крис-Этертон PM.Потребление рыбы, рыбий жир, омега-3 жирные кислоты и сердечно-сосудистые заболевания. Тираж. 2002; 106: 2747–57. http://circ.ahajournals.org/cgi/doi/10.1161/01.CIR.0000038493.65177.94.

  • Симопулос А.П. Омега-3 жирные кислоты при воспалении и аутоиммунных заболеваниях. J Am Coll Nutr. 2002; 21: 495–505.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Пищевые жиры: общее количество жиров и жирных кислот в: диетическое справочное потребление энергии, углеводов, клетчатки, жира, жирных кислот, холестерина, белка и аминокислот (макроэлементы).Вашингтон, округ Колумбия: Издательство национальных академий; 2002. с. 335–432.

  • Драсар Б.С., Кроутер Дж.С., Годдард П., Хоксворт Г., Хилл М.Дж., Пич С. и др. Взаимосвязь диеты и микрофлоры кишечника у человека. Proc Nutr Soc. 2007; 32:49–52. http://www.journals.cambridge.org/abstract_S0029665173000170.

  • Фава Ф., Гитау Р., Гриффин Б.А., Гибсон Г.Р., Туохи К.М., Лавгроув Дж.А. Тип и количество пищевых жиров и углеводов изменяют фекальный микробиом и экскрецию короткоцепочечных жирных кислот в группе риска метаболического синдрома.Int J Obes (Лондон). 2013; 37: 216–23.

    КАС Статья Google ученый

  • Urwin HJ, Miles EA, Noakes PS, Kremmyda LS, Vlachava M, Diaper ND, et al. Влияние потребления лосося во время беременности на фекальную микробиоту матери и ребенка, секреторный IgA и кальпротектин. Бр Дж Нутр. 2014; 111:773–84.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Лекомт В., Какуш Н.О., Мэлони К.А., Райпурия М., Хуинао К.Д., Митчелл Х.М. и др.Изменения микробиоты кишечника у крыс, получавших диету с высоким содержанием жиров, коррелируют с метаболическими параметрами, связанными с ожирением. ПЛОС ОДИН. 2015;10:e0126931. http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0126931.

  • Cani PD, Bibiloni R, Knauf C, Waget A, Neyrinck AM, Delzenne NM, et al. Изменения в микробиоте кишечника контролируют воспаление, вызванное метаболической эндотоксемией, при ожирении и диабете, вызванных диетой с высоким содержанием жиров, у мышей. Диабет. 2008;57:1470–81.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Цезарь Р., Тремароли В., Ковачева-Дачари П., Кани П.Д., Бэкхед Ф.Взаимодействие между микробиотой кишечника и липидами пищи усугубляет воспаление WAT посредством передачи сигналов TLR. Клеточный метаб. 2015; 22: 658–68. http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1550413115003897.

  • Салтиэль АР. Передача сигналов инсулина в контроле гомеостаза глюкозы и липидов. Handb Exp Pharmacol. 2016.

  • Парвин С. Пищевой анализ финиковых плодов ( Phoenix dactylifera L.) с точки зрения Бангладеш. Am J Life Sci. 2015;3:274. http://www.sciencepublishinggroup.com/journal/paperinfo.aspx?journalid=118&doi=10.11648/j.ajls.20150304.14.

  • Ид Н., Энани С., Уолтон Г., Корона Г., Костабайл А., Гибсон Г. и др. Влияние плодов финиковой пальмы и составляющих их полифенолов на микробную экологию кишечника, бактериальные метаболиты и пролиферацию раковых клеток толстой кишки. J Nutr Sci. 2014;3:e46. http://www.journals.cambridge.org/abstract_S20486700160.

  • Джеффри И., О’Тул П. Взаимодействие диеты и микробиоты и их значение для здорового образа жизни.Питательные вещества. 2013;5:234–52. http://www.mdpi.com/2072-6643/5/1/234/.

  • Francavilla R, Calasso M, Calace L, Siragusa S, Ndagijimana M, Vernocchi P, et al. Влияние лактозы на микробиоту и метаболизм кишечника у детей раннего возраста с аллергией на коровье молоко. Детская Аллергия Иммунол. 2012;23:420–7.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Suez J, Korem T, Zeevi D, Zilberman-Schapira G, Thaiss CA, Maza O, et al. Искусственные подсластители вызывают непереносимость глюкозы, изменяя микробиоту кишечника.Природа. 2014; 514:181–6.

    КАС пабмед Google ученый

  • Lozupone CA, Stombaugh JI, Gordon JI, Jansson JK, Knight R. Разнообразие, стабильность и устойчивость микробиоты кишечника человека. Природа. 2012; 489: 220–30. http://www.nature.com/doifinder/10.1038/nature11550.

  • Sonnenburg ED, Sonnenburg JL. Голодание нашего микробного «я»: пагубные последствия диеты с дефицитом доступных для микробиоты углеводов.Клеточный метаб. 2014;20:779–86. http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1550413114003118.

  • де Врез М., Шрезенмейр Дж. Пробиотики, пребиотики и синбиотики. Adv Biochem Eng Biotechnol. 2008; 111:1–66.

    ПабМед Google ученый

  • Пандей К.Р., Наик С.Р., Вакил Б.В. Пробиотики, пребиотики и синбиотики – обзор. J Food Sci Technol. 2015;52:7577–87.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Halmos EP, Christophersen CT, Bird AR, Shepherd SJ, Gibson PR, Muir JG.Диеты, которые различаются по содержанию FODMAP, изменяют микроокружение просвета толстой кишки. Кишка. 2015;64:93–100.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Костабиле А., Клиндер А., Фава Ф., Наполитано А., Фольяно В., Леонард С. и др. Сухие завтраки из цельнозерновой пшеницы оказывают пребиотическое действие на микробиоту кишечника человека: двойное слепое плацебо-контролируемое перекрестное исследование. Бр Дж Нутр. 2008; 99: 110–20.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Карвальо-Уэллс А.Л., Хельмольз К., Нодет С., Молцер С., Леонард С., МакКевит Б. и др.Определение пребиотического потенциала цельнозерновых сухих завтраков на основе кукурузы in vivo: исследование питания человека. Бр Дж Нутр. 2010; 104:1353–6.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Кейм Н.Л., Мартин Р.Дж. Взаимодействие диетического цельного зерна с микробиотой: понимание механизмов здоровья человека. Ад Нутр. 2014;5:556–57.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Leitch ECM, Walker AW, Duncan SH, Holtrop G, Flint HJ.Селективная колонизация нерастворимых субстратов фекальными бактериями человека. Окружающая среда микробиол. 2007; 9: 667–79.

    ПабМед Статья КАС Google ученый

  • Liu Z, Lin X, Huang G, Zhang W, Rao P, Ni L. Пребиотические эффекты миндаля и кожицы миндаля на микробиоту кишечника у здоровых взрослых людей. Анаэроб. 2014; 26:1–6.

    ПабМед Статья КАС Google ученый

  • Гори А., Риззардини Г., Вантланд Б., Амор К.Б., ван Шайк Дж., Торти С. и др.Специфические пребиотики модулируют микробиоту кишечника и иммунную активацию у ВИЧ-инфицированных взрослых, ранее не получавших ВААРТ: результаты пилотного рандомизированного исследования «COPA». Иммунол слизистых оболочек. 2011; 4: 554–63.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Костабиле А., Фава Ф., Ройтио Х., Форсстен С.Д., Олли К., Клиевинк Дж. и др. Влияние полидекстрозы на фекальную микробиоту: двойное слепое перекрестное плацебо-контролируемое исследование питания здоровых людей.Бр Дж Нутр. 2012; 108: 471–81.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Кедиа Г., Васкес Х.А., Харалампопулос Д., Пандиелла С.С. Ферментация in vitro овсяных отрубей, полученных путем удаления отрубей со смешанной культурой фекальных бактерий человека. Карр микробиол. 2009; 58: 338–42.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Ю З.Т., Лю Б., Мукерджи П., Ньюбург Д.С.Экстракт Trametes versicolor изменяет состав фекальной микробиоты человека in vitro. Растительные продукты Hum Nutr. 2013;68:107–12.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Flickinger EA, Hatch TF, Wofford RC, Grieshop CM, Murray SM, Fahey GC. На свойства ферментации in vitro выбранных овощей, содержащих фруктоолигосахариды, и на популяции микробов толстой кишки in vivo влияет диета здоровых младенцев.Дж Нутр. 2002; 132:2188–94.

    КАС пабмед Google ученый

  • Капики А., Косталос С., Ойкономиду С., Триантафиллиду А., Лукату Э., Пертрохилоу В. Влияние смеси с добавлением фруктоолигосахаридов на кишечную флору недоношенных детей. Ранний Хам Дев. 2007; 83: 335–9.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • François IEJA, Lescroart O, Veraverbeke WS, Marzorati M, Possemiers S, Hamer H, et al.Влияние экстракта пшеничных отрубей, содержащего олигосахариды арабиноксилана, на параметры желудочно-кишечного тракта у здоровых детей предподросткового возраста. J Pediatr Gastroenterol Nutr. 2014; 58: 647–53.

    ПабМед Статья КАС Google ученый

  • Chen HM, Yu YN, Wang JL, Lin YW, Kong X, Yang CQ и др. Снижение потребления пищевых волокон и структурное изменение микробиоты кишечника у пациентов с прогрессирующей колоректальной аденомой. Am J Clin Nutr.2013;97:1044–52.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Мартинес И., Латтимер Дж. М., Хубах К. Л., Кейс Дж. А., Ян Дж., Вебер К. Г. и другие. Состав кишечного микробиома связан с иммунологическими улучшениями, вызванными употреблением цельного зерна. ISME J. 2013; 7: 269–80.

    ПабМед Статья КАС Google ученый

  • Ким М.С., Хван С.С., Пак Э.Дж., Пэ Дж.В. Строгая вегетарианская диета снижает факторы риска, связанные с метаболическими заболеваниями, путем модуляции микробиоты кишечника и уменьшения воспаления кишечника.Environ Microbiol Rep. 2013; 5:765–75.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • West NP, Christophersen CT, Pyne DB, Cripps AW, Conlon MA, Topping DL, et al. Бутирилированный крахмал увеличивает концентрацию бутирата в толстой кишке, но оказывает ограниченное влияние на иммунитет у здоровых физически активных людей. Exerc Immunol Rev. 2013; 19:102–19.

    ПабМед Google ученый

  • Schley PD, Field CJ.Иммуностимулирующие эффекты пищевых волокон и пребиотиков. Бр Дж Нутр. 2002; 87 (Приложение 2): S221–30.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Шэнь Дж., Цзо ZX, Мао А.П. Влияние пробиотиков на индукцию ремиссии и поддерживающую терапию язвенного колита, болезни Крона и поухита. Воспаление кишечника Dis. 2014; 20:21–35. http://content.wkhealth.com/linkback/openurl?sid=WKPTLP:landingpage&an=00054725-201401000-00004.

  • Foligné B, Parayre S, Cheddani R, Famelart MH, Madec MN, Plé C, et al. Иммуномодулирующие свойства кисломолочных продуктов разных видов. Пищевой микробиол. 2016;53:60–9.

    ПабМед Статья КАС Google ученый

  • Мацумото К., Такада Т., Симидзу К., Морияма К., Каваками К., Хирано К. и др. Влияние пробиотического кисломолочного напитка, содержащего штамм Lactobacillus casei Широта, на частоту дефекации, кишечную микробиоту и кишечную среду здоровых людей с мягким стулом.J Biosci Bioeng. 2010; 110: 547–52.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • He T, Priebe MG, Zhong Y, Huang C, Harmsen HJM, Raangs GC, et al. Влияние добавок йогурта и бифидобактерий на микробиоту толстой кишки у субъектов с непереносимостью лактозы. J Appl Microbiol. 2008; 104: 595–604.

    КАС пабмед Google ученый

  • Чжун Ю., Хуан С.И., Хе Т., Хармсен Х.М.Дж.Влияние пробиотиков и йогурта на микрофлору толстой кишки у лиц с непереносимостью лактозы. Вэй Шэн Янь Цзю. 2006; 35: 587–91.

    КАС пабмед Google ученый

  • Goossens DAM, Jonkers DMAE, Russel MGVM, Stobberingh EE, Stockbrügger RW. Влияние пробиотического напитка с Lactobacillus plantarum 299v на бактериальный состав фекалий и биоптатов слизистой прямой и восходящей ободочной кишки. Алимент Фармакол Тер. 2006; 23: 255–63.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Wang S, Zhu H, Lu C, Kang Z, Luo Y, Feng L, et al. Ферментированное молоко с добавлением пробиотиков и пребиотиков может эффективно изменять микробиоту кишечника и иммунитет животных-хозяев. Дж. Молочная наука. 2012;95:4813–22.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Сайранен У., Пиирайнен Л., Гростен С., Томпури Т., Матто Дж., Саарела М. и др.Влияние пробиотической кисломолочной продукции и инулина на функции и микроэкологию кишечника. Джей Молочные Рез. 2007; 74: 367–73.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • TormoCarnicer R, Infante Piña D, Roselló Mayans E, Bartolomé Comas R. Прием ферментированного молока, содержащего Lactobacillus casei DN-114 001, и его влияние на кишечную флору. Педиатр (Барк). 2006; 65: 448–53.

    КАС Статья Google ученый

  • Спанхаак С., Хавенаар Р., Шаафсма Г.Влияние потребления молока, ферментированного штаммом Lactobacillus casei Широта, на микрофлору кишечника и иммунные показатели человека. Eur J Clin Nutr. 1998; 52: 899–907.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Бухник Ю., Флури Б., Андриё К., Бизетти Н., Бриет Ф., Рамбо Д.К. Эффекты Bifidobacterium sp. ферментированное молоко, принимаемое внутрь с инулином или без него, на бифидобактерии толстой кишки и ферментативную активность у здоровых людей.Eur J Clin Nutr. 1996; 50: 269–73.

    КАС пабмед Google ученый

  • Link-Amster H, Rochat F, Saudan KY, Mignot O, Aeschlimann JM. Модуляция специфического гуморального иммунного ответа и изменения кишечной флоры, опосредованные употреблением кисломолочных продуктов. FEMS Immunol Med Microbiol. 1994; 10:55–63.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Ян Ю.Дж., Шеу Б.С.Йогурты, содержащие пробиотики, подавляют нагрузку Helicobacter pylori и модифицируют иммунный ответ и кишечную микробиоту у детей, инфицированных Helicobacter pylori . Хеликобактер. 2012; 17: 297–304.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Гарсия-Альбиах Р., ПосуэлодеФелипе М.Дж., Хосе М., деФелипе П., Ангуло С., Морозини М.И. и др. Молекулярный анализ йогурта, содержащего Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus и Streptococcus thermophilus в микробиоте кишечника человека. Am J Clin Nutr. 2008; 87: 91–6.

    ПабМед Google ученый

  • Bartram HP, Scheppach W, Gerlach S, Ruckdeschel G, Kelber E, Kasper H. Влияет ли йогурт, обогащенный Bifidobacterium longum , на микробиологию толстой кишки и фекальные метаболиты у здоровых людей? Am J Clin Nutr. 1994; 59: 428–32.

    КАС пабмед Google ученый

  • Иногути С., Охаши Ю., Нараи-Канаяма А., Асо К., Накагаки Т., Фудзисава Т.Влияние потребления неферментированного и ферментированного соевого молока на фекальную микробиоту и фекальные метаболиты у людей. Int J Food Sci Nutr. 2012;63:402–10.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Раджкумар Х., Махмуд Н., Кумар М., Варикути С.Р., Чалла Х.Р., Мьякала С.П. Влияние пробиотика (VSL#3) и омега-3 на профиль липидов, чувствительность к инсулину, маркеры воспаления и колонизацию кишечника у взрослых с избыточным весом: рандомизированное контролируемое исследование.Мед Инфламм. 2014; 2014:348959.

    Артикул КАС Google ученый

  • Liu JE, Zhang Y, Zhang J, Dong PL, Chen M, Duan ZP. Влияние пробиотического йогурта на кишечную флору больных хроническими заболеваниями печени. Нурс Рез. 2010; 59: 426–32.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Yoon H, Park YS, Lee DH, Seo JG, Shin CM, Kim N. Влияние введения многокомпонентной пробиотической смеси на изменения фекальной микробиоты и симптомы синдрома раздраженного кишечника: рандомизированное, двойное слепое исследование. , плацебо-контролируемое исследование.J Clin Biochem Nutr. 2015;57:129–34.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • дель Кампо Р., Гаррига М., Перес Арагон А., Гуалларте П., Ламас А., Майс Л. и др. Улучшение пищеварительного здоровья и сокращение популяций протеобактерий в микробиоте кишечника пациентов с муковисцидозом с использованием пробиотического препарата Lactobacillus reuteri : двойное слепое проспективное исследование. J Кистозные волокна. 2014;13:716–22.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Kwak DS, Jun DW, Seo JG, Chung WS, Park SE, Lee KN и др. Кратковременная терапия пробиотиками уменьшает избыточный бактериальный рост в тонкой кишке, но не улучшает проницаемость кишечника при хроническом заболевании печени. Eur J Гастроэнтерол Гепатол. 2014; 26:1353–9.

    ПабМед Google ученый

  • Акацу Х., Ивабути Н., Сяо Дж.З., Мацуяма З., Курихара Р., Окуда К. и др.Клинические эффекты пробиотика Bifidobacterium longum BB536 на иммунную функцию и кишечную микробиоту у пожилых пациентов, получающих энтеральное зондовое питание. JPEN J Parenter Enteral Nutr. 2013; 37: 631–40.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Колладо М.С., Суроно И.С., Мерилуото Дж., Салминен С. Потенциальные пробиотические характеристики штаммов Lactobacillus и Enterococcus, выделенных из традиционного ферментированного молока дади, против кишечной колонизации патогенами.J Пищевая защита. 2007; 70: 700–5.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Малинен Э., Ринттиля Т., Каяндер К., Матто Дж., Кассинен А., Крогиус Л. и др. Анализ фекальной микробиоты пациентов с синдромом раздраженного кишечника и здоровых людей с помощью ПЦР в реальном времени. Am J Гастроэнтерол. 2005; 100:373–82.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • McFarland LV.Метаанализ пробиотиков для профилактики диареи путешественников. Travel Med Infect Dis. 2007; 5: 97–105.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Pérez-Jiménez J, Neveu V, Vos F, Scalbert A. Идентификация 100 самых богатых диетических источников полифенолов: применение базы данных исследователя фенолов. Eur J Clin Nutr. 2010;64:S112–20.

    ПабМед Статья КАС Google ученый

  • Куэрво А., Вальдес Л., Салазар Н., де лос Рейес-Гавилан К.Г., Руас-Мадиедо П., Геимонде М. и др.Пилотное исследование диеты и микробиоты: интерактивные ассоциации волокон и полифенолов с кишечными бактериями человека. J Agric Food Chem. 2014;62:5330–6.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Вендраме С., Гульельметти С., Рисо П., Ариоли С., Климис-Закас Д., Поррини М. Шестинедельное употребление порошкового напитка из дикой черники увеличивает количество бифидобактерий в кишечнике человека. J Agric Food Chem. 2011;59:12815–20.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Кейпо-Ортуно М.И., Бото-Ордоньес М., Мурри М., Гомес-Сумакеро Х.М., Клементе-Постиго М., Эструч Р. и др.Влияние полифенолов красного вина и этанола на экологию кишечной микробиоты и биохимические биомаркеры. Am J Clin Nutr. 2012;95:1323–34.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Jin JS, Touyama M, Hisada T, Benno Y. Влияние потребления зеленого чая на фекальную микробиоту человека с особой ссылкой на видов Bifidobacterium . Микробиол Иммунол. 2012;56:729–39.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Цунис Х., Родригес-Матеос А., Вулевич Дж., Гибсон Г.Р., Квик-Урибе С., Спенсер JPE.Пребиотическая оценка флаванолов, полученных из какао, у здоровых людей с использованием рандомизированного контролируемого двойного слепого перекрестного интервенционного исследования. Am J Clin Nutr. 2011;93:62–72.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Куэва С., Санчес-Патан Ф., Монагас М., Уолтон Г.Э., Гибсон Г.Р., Мартин-Альварес П.Дж. и др. Ферментация in vitro фракций флаван-3-ола виноградных косточек фекальной микробиотой человека: изменения микробных групп и фенольных метаболитов.FEMS Microbiol Ecol. 2013; 83: 792–805.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Bialonska D, Ramnani P, Kasimsetty SG, Muntha KR, Gibson GR, Ferreira D. Влияние побочного продукта граната и пуникалагинов на отдельные группы кишечной микробиоты человека. Int J Food Microbiol. 2010; 140:175–82.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Куэрво А., Хевиа А., Лопес П., Суарес А., Диас С., Санчес Б. и др.Фенольные соединения красного вина и кофе связаны со специфическими кишечными микроорганизмами у аллергиков. Функция питания 2015.

  • Барросо Э., Вандевиле Т., Хименес-Хирон А., Муньос-Гонсалес И., Мартин-Альварес П.Дж., Морено-Аррибас М.В. и др. Lactobacillus plantarum IFPL935 влияет на метаболизм толстой кишки в симуляторе микробиоты кишечника человека во время кормления полифенолами красного вина. Приложение Microbiol Biotechnol. 2014;98:6805–15.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Martin FPJ, Montoliu I, Nagy K, Moco S, Collino S, Guy P, et al.Конкретные диетические предпочтения связаны с различной метаболической активностью микробов кишечника в ответ на потребление темного шоколада. Дж Протеом Рез. 2012;11:6252–63.

    КАС Статья Google ученый

  • Паркар С.Г., Стивенсон Д.Э., Скиннер М.А. Потенциальное влияние полифенолов фруктов на микрофлору толстой кишки и здоровье кишечника человека. Int J Food Microbiol. 2008; 124: 295–8.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Ли Х.К., Дженнер А.М., Лоу К.С., Ли Ю.К.Влияние фенолов чая и их ароматических фекальных бактериальных метаболитов на микробиоту кишечника. Рез микробиол. 2006; 157: 876–84.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Друарт К., Дьюульф Э.М., Кани П.Д., Нейринк А.М., Тиссен Д.П., Делзенн Н.М. Кишечные микробные метаболиты полиненасыщенных жирных кислот коррелируют со специфическими фекальными бактериями и сывороточными маркерами метаболического синдрома у женщин с ожирением. Липиды. 2014;49:397–402.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Санчес-Патан Ф., Куэва С., Монагас М., Уолтон Дж. Э., Гибсон М. Г. Р., Кинтанилья-Лопес Дж. Э. и др. Ферментация in vitro экстракта красного вина микробиотой кишечника человека: изменения микробных групп и образование фенольных метаболитов. J Agric Food Chem. 2012;60:2136–47.

    ПабМед Статья КАС Google ученый

  • Tzounis X, Vulevic J, Kuhnle GGC, George T, Leonczak J, Gibson GR, et al.Изменения фекальной микрофлоры человека, вызванные мономером флаванола. Бр Дж Нутр. 2008; 99: 782–92.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Мицуока Т. Влияние питания на кишечную флору. Нарунг. 1984; 28: 619–25.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Park JE, Seo JE, Lee JY, Kwon H. Распространение семи N-нитрозаминов в пищевых продуктах.Токсикол Рез. 2015; 31: 279–88.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Sanz Y. Влияние безглютеновой диеты на микробиоту кишечника и иммунную функцию у здоровых взрослых людей. Кишечные микробы. 1:135–7.

  • Bonder MJ, Tigchelaar EF, Cai X, Trynka G, Cenit MC, Hrdlickova B, et al. Влияние кратковременной безглютеновой диеты на микробиом кишечника человека. Геном Мед. 2016;8:45.Доступно по адресу: http://genomemedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13073-016-0295-y.

  • Ву Г.Д., Компхер С., Чен Э.З., Смит С.А., Шах Р.Д., Биттингер К. и др. Сравнительная метаболомика у веганов и всеядных выявляет ограничения на выработку метаболитов кишечной микробиоты в зависимости от диеты. Кишка. 2014.

  • Zimmer J, Lange B, Frick J-S, Sauer H, Zimmermann K, Schwiertz A, et al. Веганская или вегетарианская диета существенно изменяет фекальную микробиоту толстой кишки человека.Eur J Clin Nutr. 2012;66:53–60.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Лопес-Легарреа П., Фуллер Н.Р., Зулет М.А., Мартинес Дж.А., Caterson ID. Влияние средиземноморской, углеводной и высокобелковой диеты на состав микробиоты кишечника при лечении ожирения и связанного с ним воспалительного состояния. Asia Pac J Clin Nutr. 2014; 23:360–8.

    КАС пабмед Google ученый

  • Furet JP, Kong LC, Tap J, Poitou C, Basdevant A, Bouillot JL, et al.Дифференциальная адаптация микробиоты кишечника человека к потере веса, вызванной бариатрической хирургией: связь с маркерами метаболического и слабовыраженного воспаления. Диабет. 2010;59:3049–57.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Клементе-Постиго М., Кейпо-Ортуно М.И., Мурри М., Бото-Ордонес М., Перес-Мартинес П., Андрес-Лакуева С. и др. Повышение уровня эндотоксинов после перегрузки жиром связано с постпрандиальной гипертриглицеридемией у пациентов с морбидным ожирением.J липидный рез. 2012;53:973–8.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Коловероу Э., Панайотакос Д.Б., Питсавос С., Хрисохоу С., Георгусопулу Э.Н., Грекас А. и др. Приверженность средиземноморской диете и заболеваемость диабетом за 10 лет (2002–2012 гг.): корреляция с биомаркерами воспалительного и окислительного стресса в когортном исследовании ATTICA. Diabetes Metab Res Rev. 2016; 32:73–81.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Scher JU, Ubeda C, Artacho A, Attur M, Isaac S, Reddy SM, et al.Снижение бактериального разнообразия характеризует измененную микробиоту кишечника у пациентов с псориатическим артритом, напоминающую дисбактериоз при воспалительном заболевании кишечника. Артрит Ревматолог. 2015;67:128–39.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Ридаура В.К., Фейт Дж.Дж., Рей Ф.Е., Ченг Дж., Дункан А.Е., Кау А.Л. и др. Микробиота кишечника от близнецов, диссонирующих по ожирению, модулирует метаболизм у мышей. Наука. 2013;341:1241214.Доступно по адресу: http://www.sciencemag.org/cgi/doi/10.1126/science.1241214.

  • Сяо Э.Ю., Макбрайд С.В., Сянь С., Шэрон Г., Хайд Э.Р., МакКью Т. и др. Микробиота модулирует поведенческие и физиологические отклонения, связанные с нарушениями развития нервной системы. Клетка. 2013; 155:1451–63.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Манджола Ф., Яниро Г., Франчески Ф., Фаджуоли С., Гасбаррини Г., Гасбаррини А.Микробиота кишечника при аутизме и расстройствах настроения. Мир J Гастроэнтерол. 2016;22:361–8.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Хаверсон К., Рехакова З., Синкора Дж., Свер Л., Бейли М. Развитие иммунитета в слизистой оболочке тощей кишки после колонизации выбранными комменсальными кишечными бактериями: исследование на безмикробных свиньях. Вет Иммунол Иммунопатол. 2007; 119: 243–53.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Иванов И.И., Атараши К., Манель Н., Броди Э.Л., Шима Т., Караоз У. и другие.Индукция кишечных клеток Th27 сегментированными нитчатыми бактериями. Клетка. 2009; 139: 485–98.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Delcenserie V, Martel D, Lamoureux M, Amiot J, Boutin Y, Roy D. Иммуномодулирующее действие пробиотиков на кишечный тракт. Curr выпускает Mol Biol. 2008; 10:37–54.

    КАС пабмед Google ученый

  • Kwon HK, Lee CG, So JS, Chae CS, Hwang JS, Sahoo A и др.Генерация регуляторных дендритных клеток и CD4 + Foxp3 + Т-клеток при введении пробиотиков подавляет иммунные нарушения. Proc Natl Acad Sci USA. 2010;107:2159–64.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Andrade MER, Araújo RS, de Barros PAV, Soares ADN, Abrantes FA, Generoso S, de Vasconcelos Generoso S, et al. Роль иммуномодуляторов в гомеостазе кишечного барьера в экспериментальных моделях.Клин Нутр. 2015;34:1080–7.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Тилг Х, Мошен АР. Пища, иммунитет и микробиом. Гастроэнтерология. 2015; 148:1107–19.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Арпайя Н., Кэмпбелл С., Фан Х., Дикий С., ван дер Векен Дж., ДеРоос П. и др. Метаболиты, продуцируемые комменсальными бактериями, способствуют образованию периферических регуляторных Т-клеток.Природа. 2013; 504:451–5.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Фурусава Ю., Обата Ю., Фукуда С., Эндо Т.А., Накато Г., Такахаши Д. и др. Бутират комменсального микробного происхождения индуцирует дифференцировку регуляторных Т-клеток толстой кишки. Природа. 2013; 504:446–50.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Trompette A, Gollwitzer ES, Yadava K, Sichelstiel AK, Sprenger N, Ngom-Bru C, et al.Метаболизм пищевых волокон микробиотой кишечника влияет на аллергические заболевания дыхательных путей и кроветворение. Нат Мед. 2014;20:159–66.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Ремели М. и др. Влияние бактерий, продуцирующих короткоцепочечные жирные кислоты, на эпигенетическую регуляцию FFAR3 при диабете 2 типа и ожирении. Ген. 2014; 537:85–92.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Ремели М. и др.Микробиота и эпигенетическая регуляция медиаторов воспаления при диабете 2 типа и ожирении. Польза микробов. 2014;5:33–43.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Лей Р.Э., Тернбо П.Дж., Кляйн С., Гордон Дж.И. Микробная экология: кишечные микробы человека, связанные с ожирением. Природа. 2006; 444:1022–3.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Карлссон Ф., Тремароли В., Нильсен Дж., Бекхед Ф.Оценка микробиоты кишечника человека при метаболических заболеваниях. Диабет. 2013;62:3341–9.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Кумар Х. и др. Микробиота кишечника как эпигенетический регулятор: пилотное исследование, основанное на анализе метилирования всего генома. МБио. 2014;5:e02113–14. http://mbio.asm.org/content/5/6/e02113-14.short.

  • Аллер Р., Де Луис Д.А., Изаола О., Конде Р., Гонсалес Саградо М., Примо Д. и др.Влияние пробиотика на аминотрансферазы печени у пациентов с неалкогольной жировой болезнью печени: двойное слепое рандомизированное клиническое исследование. Eur Rev Med Pharmacol Sci. 2011;15:1090–5.

    КАС пабмед Google ученый

  • Нардоне Г., Сравните Д., Лигуори Э., Ди Мауро В., Рокко А., Бароне М. и др. Защитные эффекты Lactobacillus paracasei F19 на крысиной модели окислительного и метаболического повреждения печени. Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol.2010; 299:G669–76.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Сравните D, Coccoli P, Rocco A, Nardone OM, De Maria S, Cartenì M, et al. Ось кишечник-печень: влияние микробиоты кишечника на неалкогольную жировую болезнь печени. Nutr Metab Cardiovasc Dis. 2012;22:471–6.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Dao MC, Everard A, Aron-Wisnewsky J, Sokolovska N, Prifti E, Verger EO, ​​et al.Akkermansia muciniphila и улучшение метаболического здоровья во время диетического вмешательства при ожирении: связь с богатством кишечного микробиома и экологией. Кишка. 2015.

  • Бекхед Ф., Манчестер Дж. К., Семенкович С. Ф., Гордон Дж. И. Механизмы, лежащие в основе устойчивости к диетическому ожирению у безмикробных мышей. Proc Natl Acad Sci USA. 2007; 104: 979–84.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • Tian Z, Liu J, Liao M, Li W, Zou J, Han X и др.Благотворное влияние трансплантации фекальной микробиоты на язвенный колит у мышей. Dig Dis Sci. 2016.

  • Padua D, Pothoulakis C. Новые подходы к лечению Clostridium difficile -ассоциированного колита. Эксперт Преподобный Гастроэнтерол Гепатол. 2016;10:193–204.

  • Lee CH, Steiner T, Petrof EO, Smieja M, Roscoe D, Nematallah A, et al. Трансплантация замороженной и свежей фекальной микробиоты и клиническое разрешение диареи у пациентов с рецидивирующей инфекцией Clostridium difficile : рандомизированное клиническое исследование.ДЖАМА. 2016; 315:142–9.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Konturek PC, Haziri D, Brzozowski T, Hess T, Heyman S, Kwiecien S, et al. Новая роль терапии фекальной микробиотой в лечении желудочно-кишечных и экстрагастроинтестинальных заболеваний. J Physiol Pharmacol. 2015;66:483–91.

    КАС пабмед Google ученый

  • Вризе А., Ван Нуд Э., Холлеман Ф., Салоярви Дж., Кутте Р.С., Бартельсман Дж.Ф.В.М. и др.Перенос кишечной микробиоты от худощавых доноров повышает чувствительность к инсулину у лиц с метаболическим синдромом. Гастроэнтерология. 2012;143:913.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Goodrich JK, et al. Генетика человека формирует микробиом кишечника. Клетка. 2014; 159:789–99.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Западная Северная Каролина, Паури Ф.Иммунотерапия не работает? проверьте свою микробиоту. Раковая клетка. 2015; 28: 687–9.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Vétizou M, Pitt JM, Daillère R, Lepage P, Waldschmitt N, Flament C, et al. Противораковая иммунотерапия блокадой CTLA-4 зависит от микробиоты кишечника. Наука. 2015; 350:1079–84.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • фон Шварценберг Джамперц.Р., Тернбо П.Дж. Сири, что мне есть? Клетка. 2015; 163:1051–2.

    Артикул КАС Google ученый

  • Сиддхарт Дж., Холуэй Н., Паркинсон С.Дж. Экологический модуль западной диеты, идентифицированный по «гуманизированной» микробиоте мышей, позволяет предсказать диету взрослых и искусственное вскармливание детей. ПЛОС ОДИН. 2013;8:e83689. http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0083689.

  • Pinzone MR, Celesia BM, DiRosa M, Cacopardo B, Nunnari G.Микробная транслокация при хронических заболеваниях печени. Int J Microbiol. 2012;2012:694629.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Schwiertz A, Taras D, Schäfer K, Beijer S, Bos NA, Donus C, et al. Микробиота и SCFAs у здоровых людей с худощавым телом и избыточным весом. Ожирение. 2010;18:190–5.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Chen X, Fruehauf J, Goldsmith JD, Xu H, Katchar KK, Koon H-W, et al. Saccharomyces boulardii ингибирует передачу сигналов рецептора EGF и рост кишечной опухоли у мышей Apc(min). Гастроэнтерология. 2009; 137: 914–23.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Вентури А., Гионкетти П., Риццелло Ф., Йоханссон Р., Зуккони Э., Бриджиди П. и др. Влияние на состав фекальной флоры нового пробиотического препарата: предварительные данные по поддерживающей терапии больных язвенным колитом.Алимент Фармакол Тер. 1999; 13:1103–8.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Райш Дж., Далмассо Г., Боннет Р., Барнич Н., Боннет М., Брингер М.-А. Как некоторые комменсальные бактерии могут усугубить колоректальный канцерогенез? мед. наук. 2016;32:175–82.

    Google ученый

  • Lucke K. Распространенность Bacteroides и Prevotella spp. при язвенном колите.J Med Microbiol. 2006; 55: 617–24. http://jmm.microbiologyresearch.org/content/journal/jmm/10.1099/jmm.0.46198-0.

  • Wexler HM. Bacteroides: хороший, плохой и конкретный. Clin Microbiol Rev. 2007;20:593–621. http://cmr.asm.org/cgi/doi/10.1128/CMR.00008-07.

  • Prindiville T. Bacteroides fragilis Последовательности генов энтеротоксина у пациентов с воспалительными заболеваниями кишечника. Эмердж. Заразить Дис. 2000;6:171–4. http://www.cdc.gov/ncidod/eid/vol6no2/prindiville.хтм.

  • Раутио М., Ээрола Э., Вяйсянен-Тункельротт М.Л., Молиторис Д., Лоусон П., Коллинз М.Д. и др. Реклассификация Bacteroides putredinis (Weinberg et al., 1937) в новый род alistipes gen. nov., as Alistipes putredinis гребенка. nov., и описание Alistipes Finegoldii sp. nov., из человеческих источников. Сист Appl Microbiol. 2003; 26: 182–8.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Барон Э.Дж.Bilophila wadsworthia: уникальная грамотрицательная анаэробная палочка. Анаэроб. 1997; 3:83–86.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Камада Н., Сео С.У., Чен Г.Ю., Нуньес Г. Роль кишечной микробиоты в иммунитете и воспалительных заболеваниях. Нат Рев Иммунол. 2013;13:321–35. http://www.nature.com/doifinder/10.1038/nri3430.

  • Барон С. Клостридиум. Барон Мед. микробиол. 4-е изд. Галвестон: Медицинское отделение Техасского университета; 1996.

    Google ученый

  • Габорио-Рутьо В., Ракотобе С., Лекуйер Э., Малдер И., Лан А., Бридонно С. и др. Ключевая роль сегментированных нитчатых бактерий в скоординированном созревании ответов кишечных хелперов Т-клеток. Иммунитет. 2009; 31: 677–89.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Элоэ-Фадрош Э.А., Брэди А., Крэбтри Дж., Драбек Э.Ф., Ма Б., Махуркар А. и др.Функциональная динамика микробиома кишечника у пожилых людей при употреблении пробиотиков. МБио. 2015;6:e00231.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • Barcenilla A, Pryde SE, Martin JC, Duncan SH, Stewart CS, Henderson C, et al. Филогенетические взаимоотношения бактерий, продуцирующих бутират, из кишечника человека. Appl Environ Microbiol. 2000;66:1654–61.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Шнайдер Х., Симмеринг Р., Хартманн Л., Пфорте Х., Блаут М.Деградация кверцетин-3-глюкозида у гнотобиотических крыс, связанная с кишечными бактериями человека. J Appl Microbiol. 2000; 89: 1027–37.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Фишер К., Филлипс К. Экология, эпидемиология и вирулентность энтерококков. Микробиология. 2009; 155:1749–57.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Микель С., Мартин Р., Росси О., Бермудес-Умаран Л., Шатель Дж., Сокол Х. и др. Faecalibacterium prausnitzii и здоровье кишечника человека. Curr Opin Microbiol. 2013;16:255–61.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Уолтерс В.А., Сюй З., Найт Р. Мета-анализ кишечных микробов человека, связанных с ожирением и ВЗК. ФЭБС лат. 2014; 588:4223–33.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • van Passel MWJ, Kant R, Zoetendal EG, Plugge CM, Derrien M, Malfatti SA, et al.Геном Akkermansia muciniphila, специального разрушителя кишечного муцина, и его использование для изучения кишечных метагеномов. ПЛОС ОДИН. 2011;6:e16876.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Раллабханди П., Авомойи А., Томас К.Е., Фалипон А., Фуджимото Ю., Фукасе К. и др. Дифференциальная активация TLR4 человека липополисахаридом Escherichia coli и Shigella flexneri 2a: комбинированное влияние состояния ацилирования липида A и полиморфизмов TLR4 на передачу сигналов.Дж Иммунол. 2008; 180:1139–47.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Тодар К. Патогенные E coli. Электронный учебник бактериологии. Висконсин: Университет Висконсин-Мэдисон, факультет бактериологии; 2007. с. 11–30.

    Google ученый

  • Darfeuille-Michaud A, Boudeau J, Bulois P, Neut C, Glasser A-L, Barnich N, et al.Высокая распространенность адгезивно-инвазивной Escherichia coli , связанная со слизистой оболочкой подвздошной кишки при болезни Крона. Гастроэнтерология. 2004; 127:412–21.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Кустерс Дж. Г., ван Влит АХМ, Куйперс Э. Дж. Патогенез инфекции Helicobacter pylori . Clin Microbiol Rev. 2006;19:449–90.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Чанг А.Х., Парсоннет Дж.Роль бактерий в онкогенезе. Clin Microbiol Rev. 2010; 23:837–57.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Паттерсон М. Стрептококк. В: Барон С., редактор. Барон Мед Микробиол. 4-е изд. Галвестон: Медицинское отделение Техасского университета.

  • Дель Кьерико Ф., Вернокки П., Даллапиккола Б., Путиньяни Л. Средиземноморская диета и здоровье: влияние пищи на микробиоту кишечника и контроль заболеваний.Int J Mol Sci. 2014;15:11678–99.

  • De Palma G, Nadal I, Collado MC, Sanz Y. Влияние безглютеновой диеты на микробиоту кишечника и иммунную функцию у здоровых взрослых людей. Бр Дж Нутр. 2009;102:1154.

    ПабМед Статья КАС Google ученый

  • Лоренцо Писарелло М.Дж., Винтини Э.О., Гонсалес С.Н., Пагани Ф., Медина М.С. Снижение лактобактерий в кишечной микробиоте детей с целиакией при безглютеновой диете и отбор потенциально пробиотических штаммов.Может J Microbiol. 2015;61:32–7.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Ваклин П., Лаурикка П., Линдфорс К., Коллин П., Салми Т., Ляхдеахо М.Л. и др. Измененный состав микробиоты двенадцатиперстной кишки у пациентов с глютеновой болезнью, страдающих стойкими симптомами на длительной безглютеновой диете. Am J Гастроэнтерол. 2014; 109:1933–41.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Люди несут больше бактериальных клеток, чем человеческие

    Мы навязчиво моем руки, обрызгиваем столешницы и гримасничаем, когда кто-то рядом с нами чихает — на самом деле, мы делаем все возможное, чтобы избежать ненужных встреч с микробным миром.Но правда в том, что мы практически ходячие чашки Петри, изобилующие бактериальными колониями от нашей кожи до самых глубоких уголков нашего кишечника.

    Все бактерии, живущие внутри вас, заполнили бы полгаллонную банку; По словам Кэролин Бохач, микробиолога из Университета Айдахо (У.И.), в вашем теле в 10 раз больше бактериальных клеток, чем клеток человека, наряду с другими оценками, полученными в результате научных исследований. (Несмотря на их огромное количество, бактерии не занимают так много места, потому что бактерии намного меньше человеческих клеток.) Хотя это звучит довольно грубо, на самом деле это очень хорошая вещь.

    Заражение начинается при рождении: младенцы проглатывают бактерии во время родов и подхватывают гораздо больше с кожи и молока матери — во время грудного вскармливания молочные железы заселяются бактериями. «Наше взаимодействие с матерью — это самый большой всплеск микробов, который мы получаем», — говорит Гэри Хаффнэгл, микробиолог и терапевт из Мичиганского университета в Анн-Арборе. И это только для начала: на протяжении всей нашей жизни мы потребляем бактерии с пищей и водой «и кто знает, где еще», — говорит Хаффнэгл.

    Начиная со рта, носа или других отверстий, эти микробы проходят через пищевод, желудок и/или кишечник — места, где большинство из них разбивает лагерь. Хотя, по оценкам, более 500 видов живут одновременно во взрослом кишечнике, большинство из них принадлежит к двум типам: Firmicutes (которые включают Streptococcus, Clostridium и Staphylococcus ) и Bacteroidetes (которые включают Flavobacterium ).

    Долгое время ученые предполагали, что эти бактерии, несмотря на их численность, не принесли нам ни большого вреда, ни пользы. Но в последнее десятилетие или около того исследователи изменили свою точку зрения.

    Во-первых, бактерии производят химические вещества, которые помогают нам использовать энергию и питательные вещества из пищи, объясняет Хаффнэгл. Безмикробные грызуны должны потреблять почти на треть больше калорий, чем нормальные грызуны, чтобы поддерживать свою массу тела, и когда те же самые животные позже получали дозу бактерий, уровень жира в их организме подскакивал, даже если они не ели больше, чем у них было раньше.

    Кишечные бактерии также поддерживают здоровье нашей иммунной системы. Несколько исследований показывают, что микробы регулируют популяцию и плотность кишечных иммунных клеток, способствуя развитию связанных с кишечником лимфоидных тканей, которые опосредуют различные иммунные функции.

    По-видимому, бактерии также влияют на функцию иммунных клеток, таких как дендритные клетки, Т-клетки и В-клетки, хотя ученые пока не знают точных механизмов. И одно химическое вещество, выделяемое бактерией Bacteroides fragilis , способно управлять созреванием развивающейся иммунной системы.

    Кроме того, было показано, что пробиотики — пищевые добавки, содержащие потенциально полезные микробы, — повышают иммунитет. Кишечные бактерии не только «помогают защитить от других болезнетворных бактерий, которые могут поступать с пищей и водой», — говорит Хаффнэгл, — «они действительно представляют собой еще одно звено иммунной системы».

    Конечно, они не могут защитить от любого нападения, поэтому мы все еще должны зависеть от антибиотиков, чтобы избавить нас от некоторых болезнетворных инфекций. Но антибиотики уничтожают не только «плохие» микробы, но и «хорошие».Вот почему использование антибиотиков может вызвать диарею и расстройство желудка: лекарства нарушают баланс нашей бактериальной флоры, вызывая у нас заболевания, объясняет Хаффнэгл.

    Но бактериальное тело сделало еще один вклад в наше человечество — гены. Вскоре после того, как проект «Геном человека» опубликовал свои предварительные результаты в 2001 году, группа ученых объявила, что горстка человеческих генов — по общему мнению, около 40 — имеют бактериальное происхождение.

    Однако остается вопрос, как именно они туда попали.Некоторые ученые утверждают, что гены, должно быть, были переданы людям от бактерий сравнительно недавно в истории эволюции, потому что гены не обнаружены у наших ближайших предков-животных. Другие утверждают, что они могут быть древними реликвиями эволюционных событий, имевших место в начале истории нашего вида, и по неизвестным причинам гены этих предков были утеряны. На данный момент невозможно знать наверняка.

    «Насколько мне известно, не осталось явных случаев, когда человеческие гены были недавно получены от бактерий», — говорит Седрик Фешотт, биолог из Техасского университета в Арлингтоне.«Это не значит, что их нет, но они плохо задокументированы».

    Одно можно сказать наверняка: наша жизнь и даже наша личность более тесно связаны с микробным миром, чем мы думаем. Бактерии многое делают для нашего здоровья, и ученые только начинают раскрывать их ценные секреты. Как говорит Бохач из UI: «Мы не до конца понимаем влияние нашей бактериальной флоры на наше здоровье и физиологию».

    Как микробные сообщества влияют на здоровье человека? — ScienceDaily

    По оценкам, количество бактерий, живущих в теле среднего здорового взрослого человека, превышает число человеческих клеток в соотношении 10 к 1.Изменения в этих микробных сообществах могут быть причиной расстройств пищеварения, кожных заболеваний, болезней десен и даже ожирения. Несмотря на их жизненно важное значение для здоровья и болезней человека, эти сообщества, живущие внутри нас, остаются в значительной степени неизученными, и необходимо предпринять согласованные исследовательские усилия, чтобы лучше понять их, заявили исследователи 3 июня на 108-м общем собрании Американского общества микробиологии в Бостоне.

    «Это может стать основой совершенно нового взгляда на болезнь.Чтобы понять, как изменения в нормальных бактериальных популяциях влияют на болезни или на них влияют, мы сначала должны установить, что такое норма и существует ли норма вообще», — говорит Маргарет Макфолл Нгай из Университета Висконсина, Мэдисон.

    Исследователи уже давно подозревали и изучали роль, которую полезные микробные сообщества внутри человека, известные под общим названием микробиом человека, играют в здоровье и болезни, но только недавно молекулярные технологии достигли точки, когда они действительно могут начать идентифицировать и охарактеризовать все виды, которые составляют микробиом человека.

    Мартин Блазер из Нью-Йоркского университета работает над идентификацией различных бактерий, которые живут на коже человека и помогают формировать защитный барьер снаружи. До того, как он начал свои исследования, было подсчитано, что на коже обитало менее 100 различных видов бактерий. Используя относительно новые методы секвенирования на основе ДНК, он и его коллеги попытались идентифицировать виды бактерий на предплечьях здоровых людей.

    Первоначальное исследование шести субъектов выявило 182 вида бактерий.Последующие исследования продолжали добавлять новые виды до такой степени, что, по оценкам Блейзера, количество различных видов бактерий, живущих на коже, может приближаться к 500.

    Несмотря на эти цифры, Блазер отмечает, что преобладают только около 10 видов, что составляет примерно 50% от общей популяции.

    «Что было интересно в отношении некоторых других видов с меньшими популяциями, так это то, что они были специфичны для хозяина. Мы могли идентифицировать их только на одном хозяине.Вполне возможно, что у каждого может быть уникальная бактериальная подпись», — говорит Блазер, во многом так же, как у каждого человека есть уникальная ДНК-сигнатура или уникальный отпечаток пальца.

    Blaser также начинает изучать роль, которую они могут играть в кожных заболеваниях, и эти исследования могут окупиться. Первоначальные исследования пациентов с псориазом предполагают различия в популяциях бактерий кожи между пациентами, у которых есть заболевание, и теми, у кого его нет.

    Даниэль Франк из Университета Колорадо, Боулдер, является частью команды, которая изучает роль бактериальных сообществ в пищеварительном тракте человека, которые могут играть роль в воспалительных заболеваниях кишечника.Они собирают и сравнивают микробные сообщества в образцах от людей с болезнью Крона, людей с язвенным колитом и здоровых добровольцев.

    «Некоторые исследователи изучают роль определенного организма, такого как E. coli, в развитии воспалительного заболевания кишечника. Наша задача состояла в том, чтобы взглянуть шире. Какие микробы мы видим в целом в кишечнике и как могут ли эти популяции измениться в связи с болезнью», — говорит Франк.

    Вместо какого-либо одного конкретного организма, связанного с воспалительными заболеваниями кишечника, они наблюдали значительные сдвиги в микробных популяциях между здоровыми и больными субъектами, включая потерю обычно защитных бактериальных популяций.

    Бактерии пищеварительного тракта также могут играть роль в развитии ожирения. Рут Лей из Вашингтонского университета в Сент-Луисе является частью команды, которая изучает взаимосвязь между бактериями в кишечнике и весом. Несколько лет назад они обнаружили, что ожирение связано с изменениями относительной численности определенных видов бактерий в пищеварительном тракте.

    Из-за их огромного количества, того факта, что их побочные продукты могут быть обнаружены в большинстве жидкостей человека, и доказательств их потенциальной роли в здоровье и болезни, вполне возможно, что картирование и понимание микробиома человека могут быть столь же или более важными. к пониманию здоровья человека, чем картирование и понимание генома человека, — говорит Макфолл Нгаи.В любом случае, учитывая сложность системы, это определенно будет сложнее.

    Признавая его важность, Национальные институты здравоохранения в декабре 2007 года объявили о проекте «Микробиом человека» в рамках своей «Дорожной карты» для медицинских исследований, выделив гранты на сумму более 100 миллионов долларов в течение следующих пяти лет. Исследователи будут использовать новые комплексные лабораторные технологии для характеристики микробных сообществ, присутствующих в образцах, взятых у здоровых людей-добровольцев, даже для микробов, которые невозможно вырастить в лаборатории.Образцы будут взяты из пяти областей тела, которые, как известно, населены микробными сообществами: пищеварительный тракт, рот, кожа, нос и женский мочеполовой тракт. Впоследствии будут финансироваться исследовательские проекты для сбора образцов микробиома у добровольцев с определенными заболеваниями. Это позволит исследователям сопоставить связь между изменениями в микробиоме, присутствующими в определенном участке тела, и конкретным заболеванием.

    .

    Написать ответ

    Ваш адрес email не будет опубликован.