На форму и размеры кристаллов могут влиять возраст, матрица и другие факторы. Величина кристаллов определяет удельную поверхность минерала кости, которая влияет на скорость обменных процессов. Кристаллы заполняют меж волокнистые пространства, находятся в тесной связи фибриллами. Кристаллы, расположенные на поверхности фибрилл, ориентированы вдоль их длинных осей. Аморфная фаза характеризуется наличием в основном фосфата кальция, который является первым минералом, образующимся в костной ткани, и предшественником кристаллического. Соотношение кристаллической и аморфной фаз в костной ткани меняется с возрастом. Существуют некоторые различия в химическом составе минерального компонента в разных костях одного скелета, а также возрастные различия в химическом составе одной и той же кости. Остеоны костной ткани характеризуются разной степенью минерализации, что связано с возрастом остеонов. Наиболее минерализованными структурами являются зрелые остеоны и промежуточные пластинки. Содержание кальция и фосфора в остеонах меньше, чем в промежуточных пластинках. В зрелых остеонах, как правило, кальций и фосфор равномерно распределены по радиусу гаверсовой системы. Характерной особенностью костного матрикса является наличие в нем большого количества лимонной кислоты. В основном веществе кости содержатся холестерин, липиды, гликопротеиды. Наиболее распространенным глюкоза костной ткани.